diff --git a/src/CMakeLists.txt b/src/CMakeLists.txt index 9035116..4805039 100644 --- a/src/CMakeLists.txt +++ b/src/CMakeLists.txt @@ -92,7 +92,7 @@ target_include_directories(CabanaMD PUBLIC ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR} #------------------------------------------------------------ -target_link_libraries(CabanaMD Cabana::cabanacore Cabana::Cajita) +target_link_libraries(CabanaMD Cabana::Core Cabana::Grid) if(CabanaMD_ENABLE_NNP AND N2P2_DIR) target_include_directories(CabanaMD PUBLIC ${N2P2_DIR}/include) diff --git a/src/system.h b/src/system.h index 4af29a4..5185f1f 100644 --- a/src/system.h +++ b/src/system.h @@ -50,7 +50,7 @@ #define SYSTEM_H #include -#include +#include #include #include @@ -90,7 +90,8 @@ class SystemCommon T_X_FLOAT local_mesh_hi_x, local_mesh_hi_y, local_mesh_hi_z; T_X_FLOAT ghost_mesh_lo_x, ghost_mesh_lo_y, ghost_mesh_lo_z; T_X_FLOAT ghost_mesh_hi_x, ghost_mesh_hi_y, ghost_mesh_hi_z; - std::shared_ptr>> + std::shared_ptr< + Cabana::Grid::LocalGrid>> local_grid; // Only needed for current comm @@ -129,11 +130,11 @@ class SystemCommon std::array high_corner ) { // Create the MPI partitions. - Cajita::DimBlockPartitioner<3> partitioner; + Cabana::Grid::DimBlockPartitioner<3> partitioner; ranks_per_dim = partitioner.ranksPerDimension( MPI_COMM_WORLD, {} ); // Create global mesh of MPI partitions. - auto global_mesh = Cajita::createUniformGlobalMesh( + auto global_mesh = Cabana::Grid::createUniformGlobalMesh( low_corner, high_corner, ranks_per_dim ); global_mesh_x = global_mesh->extent( 0 ); @@ -142,7 +143,7 @@ class SystemCommon // Create the global grid. std::array is_periodic = { true, true, true }; - auto global_grid = Cajita::createGlobalGrid( + auto global_grid = Cabana::Grid::createGlobalGrid( MPI_COMM_WORLD, global_mesh, is_periodic, partitioner ); for ( int d = 0; d < 3; d++ ) @@ -152,24 +153,25 @@ class SystemCommon // Create a local mesh int halo_width = 1; - local_grid = Cajita::createLocalGrid( global_grid, halo_width ); - auto local_mesh = Cajita::createLocalMesh( *local_grid ); - - local_mesh_lo_x = local_mesh.lowCorner( Cajita::Own(), 0 ); - local_mesh_lo_y = local_mesh.lowCorner( Cajita::Own(), 1 ); - local_mesh_lo_z = local_mesh.lowCorner( Cajita::Own(), 2 ); - local_mesh_hi_x = local_mesh.highCorner( Cajita::Own(), 0 ); - local_mesh_hi_y = local_mesh.highCorner( Cajita::Own(), 1 ); - local_mesh_hi_z = local_mesh.highCorner( Cajita::Own(), 2 ); - ghost_mesh_lo_x = local_mesh.lowCorner( Cajita::Ghost(), 0 ); - ghost_mesh_lo_y = local_mesh.lowCorner( Cajita::Ghost(), 1 ); - ghost_mesh_lo_z = local_mesh.lowCorner( Cajita::Ghost(), 2 ); - ghost_mesh_hi_x = local_mesh.highCorner( Cajita::Ghost(), 0 ); - ghost_mesh_hi_y = local_mesh.highCorner( Cajita::Ghost(), 1 ); - ghost_mesh_hi_z = local_mesh.highCorner( Cajita::Ghost(), 2 ); - local_mesh_x = local_mesh.extent( Cajita::Own(), 0 ); - local_mesh_y = local_mesh.extent( Cajita::Own(), 1 ); - local_mesh_z = local_mesh.extent( Cajita::Own(), 2 ); + local_grid = Cabana::Grid::createLocalGrid( global_grid, halo_width ); + auto local_mesh = + Cabana::Grid::createLocalMesh( *local_grid ); + + local_mesh_lo_x = local_mesh.lowCorner( Cabana::Grid::Own(), 0 ); + local_mesh_lo_y = local_mesh.lowCorner( Cabana::Grid::Own(), 1 ); + local_mesh_lo_z = local_mesh.lowCorner( Cabana::Grid::Own(), 2 ); + local_mesh_hi_x = local_mesh.highCorner( Cabana::Grid::Own(), 0 ); + local_mesh_hi_y = local_mesh.highCorner( Cabana::Grid::Own(), 1 ); + local_mesh_hi_z = local_mesh.highCorner( Cabana::Grid::Own(), 2 ); + ghost_mesh_lo_x = local_mesh.lowCorner( Cabana::Grid::Ghost(), 0 ); + ghost_mesh_lo_y = local_mesh.lowCorner( Cabana::Grid::Ghost(), 1 ); + ghost_mesh_lo_z = local_mesh.lowCorner( Cabana::Grid::Ghost(), 2 ); + ghost_mesh_hi_x = local_mesh.highCorner( Cabana::Grid::Ghost(), 0 ); + ghost_mesh_hi_y = local_mesh.highCorner( Cabana::Grid::Ghost(), 1 ); + ghost_mesh_hi_z = local_mesh.highCorner( Cabana::Grid::Ghost(), 2 ); + local_mesh_x = local_mesh.extent( Cabana::Grid::Own(), 0 ); + local_mesh_y = local_mesh.extent( Cabana::Grid::Own(), 1 ); + local_mesh_z = local_mesh.extent( Cabana::Grid::Own(), 2 ); } void slice_all()