You signed in with another tab or window. Reload to refresh your session.You signed out in another tab or window. Reload to refresh your session.You switched accounts on another tab or window. Reload to refresh your session.Dismiss alert
Since there was a 503 error (#230) I was advised by the Help Desk team to try multiple connections.
The multiple connection argument does not seem to be applied and downloads happen with only 1 connection.
$ pyega3 -c 4 -cf ./ega_cred.json fetch EGAD00001005039 --output-dir .
[2024-07-15 11:25:17 -0700]
[2024-07-15 11:25:17 -0700] pyEGA3 - EGA python client version 5.2.0 (https://github.com/EGA-archive/ega-download-client)
[2024-07-15 11:25:17 -0700] Parts of this software are derived from pyEGA (https://github.com/blachlylab/pyega) by James Blachly
[2024-07-15 11:25:17 -0700] Python version : 3.12.4
[2024-07-15 11:25:17 -0700] OS version : Darwin Darwin Kernel Version 23.5.0: Wed May 1 20:09:52 PDT 2024; root:xnu-10063.121.3~5/RELEASE_X86_64
[2024-07-15 11:25:17 -0700] MacOS version : 10.16
[2024-07-15 11:25:17 -0700] Server URL: https://ega.ebi.ac.uk:8443/v2
[2024-07-15 11:25:17 -0700] Session-Id: 868711876
[2024-07-15 11:25:30 -0700]
[2024-07-15 11:25:30 -0700] Authentication success for user
[2024-07-15 11:26:24 -0700] File Id: 'EGAF00002464835'(6365930 bytes).
[2024-07-15 11:26:24 -0700] Total space : 233.47 GiB
[2024-07-15 11:26:24 -0700] Used space : 136.59 GiB
[2024-07-15 11:26:24 -0700] Free space : 96.87 GiB
[2024-07-15 11:26:24 -0700] Download starting [using 1 connection(s), file size 6365914 and chunk length 104857600]...
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 6.37M/6.37M [01:59<00:00, 53.2kB/s]
[2024-07-15 11:28:24 -0700] Combining file chunks (this operation can take a long time depending on the file size)
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 6.37M/6.37M [00:00<00:00, 25.5GB/s]
[2024-07-15 11:28:24 -0700] Calculating md5 (this operation can take a long time depending on the file size)
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 6.37M/6.37M [00:00<00:00, 528MB/s]
[2024-07-15 11:28:24 -0700] Verifying file checksum
[2024-07-15 11:28:24 -0700] Saved to : '/EGAF00002464835/SLE_200_49bp_v15_gene_raw_counts.txt.gz'(6365914 bytes, md5=35916eb7594a32c8e866fcb1f862010c)
[2024-07-15 11:28:42 -0700] File Id: 'EGAF00002464836'(5590205 bytes).
[2024-07-15 11:28:42 -0700] Total space : 233.47 GiB
[2024-07-15 11:28:42 -0700] Used space : 136.60 GiB
[2024-07-15 11:28:42 -0700] Free space : 96.87 GiB
[2024-07-15 11:28:42 -0700] Download starting [using 1 connection(s), file size 5590189 and chunk length 104857600]...
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 5.59M/5.59M [01:09<00:00, 80.9kB/s]
[2024-07-15 11:29:51 -0700] Combining file chunks (this operation can take a long time depending on the file size)
100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 5.59M/5.59M [00:00<00:00, 27.6GB/s]
[2024-07-15 11:29:51 -0700] Calculating md5 (this operation can take a long time depending on the file size)
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 5.59M/5.59M [00:00<00:00, 543MB/s]
[2024-07-15 11:29:51 -0700] Verifying file checksum
[2024-07-15 11:29:51 -0700] Saved to : '/EGAF00002464836/SLE_200_49bp_v15_gene_raw_counts_filtered_21851.txt.gz'(5590189 bytes, md5=862f320ee3dca9736f19f81c54a0aa44)
[2024-07-15 11:30:00 -0700] File Id: 'EGAF00002464837'(38590903 bytes).
[2024-07-15 11:30:00 -0700] Total space : 233.47 GiB
[2024-07-15 11:30:00 -0700] Used space : 136.61 GiB
[2024-07-15 11:30:00 -0700] Free space : 96.86 GiB
[2024-07-15 11:30:00 -0700] Download starting [using 1 connection(s), file size 38590887 and chunk length 104857600]...
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 38.6M/38.6M [04:11<00:00, 153kB/s]
[2024-07-15 11:34:11 -0700] Combining file chunks (this operation can take a long time depending on the file size)
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 38.6M/38.6M [00:00<00:00, 168GB/s]
[2024-07-15 11:34:11 -0700] Calculating md5 (this operation can take a long time depending on the file size)
100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 38.6M/38.6M [00:00<00:00, 540MB/s]
[2024-07-15 11:34:11 -0700] Verifying file checksum
[2024-07-15 11:34:11 -0700] Saved to : '/EGAF00002464837/SLE_200_49bp_v15_gene_RPKM.txt.gz'(38590887 bytes, md5=168bce8ba612049ef957f6ae41a25e33)
The text was updated successfully, but these errors were encountered:
Dear EGA Team,
Since there was a 503 error (#230) I was advised by the Help Desk team to try multiple connections.
The multiple connection argument does not seem to be applied and downloads happen with only 1 connection.
The text was updated successfully, but these errors were encountered: