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title: "Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798"
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# Apresentação
Olá!
Obrigado pelo interesse em participar da disciplina "Boas Práticas e Ferramentas da Ciência Aberta na Ecologia - BIE5798", que será ministrada entre os dias **08, 10, 12, 15 e 17 de Julho de 2024** no Departamento de Ecologia, IB-USP, São Paulo. Nesta disciplina serão abordados conceitos teóricos, tendências e ferramentas práticas para desenvolver pesquisas que vão ao encontro dos princípios e movimento da ciência aberta.
Este sítio servirá como um guia para nossas aulas. Nele vocês encontrarão os materiais necessários ([dados](https://github.com/GabrielNakamura/USP_reproducibility_BIE5798)) bem como os scripts que utilizaremos durante as aulas para as atividades práticas. Ah! O site continuará funcionando após o término da disciplina, portanto, sempre que tiver alguma dúvida é só voltar aqui e revisitar o que vimos nas aulas.
# Ministrantes
O curso será ministrado por Melina Leite e Gabriel Nakamura.
## Melina
```{r echo=FALSE,eval=TRUE,out.width="20%"}
knitr::include_graphics("figs/melina-foto.png")
```
Sou ecóloga e cientista de dados no departamento de Ecologia da USP. Tenho graduação em biologia (UFRJ), mestrado (UFRJ) e doutorado em Ecologia (USP). Acumulei também um MBA em Gestão Ambiental (Poli-USP) e MBA em Ciência de Dados (ESALQ-USP). Ao longo dos anos trabalhei em diferentes áreas da ecologia e biologia da conservação como ecologia da paisagem, de comunidades, de populações e ecologia aplicada. Tenho bastante interesse na aplicação métodos estatísticos para descobertas ecológicas (modelos mistos são meu xodó). Adoro escalada, trilhas e esportes de aventura no geral! Ah, e sou uma entusiasta do movimento da **Ciência Aberta**!!
Para me achar e saber mais sobre mim, veja meu [site](https://melinaleite.weebly.com/).
## Gabriel
```{r echo=FALSE,eval=TRUE,out.width="20%"}
knitr::include_graphics("figs/gabriel-avatar.jpg")
```
Gabriel é formado em licenciatura em Ciências Biológicas (apesar da dúvida entre Ciências Sociais e História), fez algumas andanças de difícil reprodutibilidade para obter o mestrado (Ecologia e Conservação UFMS) e doutorado (Ecologia UFRGS). Após um tempo fora (posdoc Texas A&M University), a saudade do pequi e da guariroba do cerrado falou mais alto e retornou como posdoc da Universidade Federal de Goiás no INCT-EECBio. Atualmente é posdoc na Universidade de São Paulo. Vem desenvolvendo métodos e ferramentas estatísticas em ecologia de comunidades, macroecologia e macroevolução. Tem interesse também em entender os viéses da dinâmica de produção científica. [Aqui](http://lattes.cnpq.br/2456515948049565) um pouquinho mais do que venho desenvolvendo.
# Cronograma das aulas
Abaixo está o cronograma das aulas que iremos seguir. Algumas coisas podem mudar (mais ou menos tempo gasto) dependendo do andamento das atividades práticas.
```{r, eval=T, echo=FALSE}
library(glue)
link_org_local <- glue::glue("`[link aula](https://gabrielnakamura.github.io/USP_BIE5798_apresentacoes/#21)`")
```
```{r, eval=T, echo=FALSE}
crono <- suppressWarnings(read.csv("cronograma.csv", header = T, sep = ","))
rownames(crono) <- c("Manhã \n 9-12h", "Tarde \n 14-17h")
colnames(crono) <- paste(c(8, 10, 12, 15, 17), ("Jul"), sep = " ")
crono[1, 1] <- c("Ciência Aberta + Apresentação da disciplina")
crono[2, 1] <- c("Dados abertos: plano de gestão, organização, metadados, publicação")
crono[1, 2] <- c("Organização local de projetos: pastas, scripts limpos")
crono[2, 2] <- c("Controle de versão")
crono[1, 3] <- c("Git, Github, integração")
crono[2, 3] <- c("Prática em controle de versão/ Ações básicas")
#crono[1, 4] <- c("Prática em controle de versão/ Forks, commits, pull requests")
#crono[2, 4] <- c("Prática em controle de versão/ Forks, commits, pull requests/ Pacotes")
crono[1, 4] <- c("Literate programming/ Rmarkdown/Quarto")
crono[2, 4] <- c("Revisão de código")
crono[1, 5] <- c("Publicação: Preprints, tipos de acesso aberto")
crono[2, 5] <- c("Extra: Dockers e Target / Finalização")
#DT::datatable(crono, editable = "cell")
```
```{r, eval=T, echo=FALSE}
crono |>
htmlTable::addHtmlTableStyle(col.columns = rep(c("#E6E6F0","none"), 3)) |>
htmlTable::htmlTable()
```
**OBS 1**: O início das aulas matinais será aberto para dúvidas e discussões em grupo sobre assuntos de dias anteriores.
**OBS 2**: O fim das aulas vespertinas (16-17h) também serão livres para discussões e dúvidas de projetos individuais.
# Preparação pré-aula e materiais para práticas
Aqui algumas informações sobre os materiais utilizados durante esta aula, os pacotes estatísticos necessários para realizar as atividades práticas e algumas coisas importantes para fazer antes do primeiro dia de aula.
## Programas/platarformas utilizadas:
Você precisará ter instalado previamente a última versão do [R](https://cran.r-project.org/) e [Rstudio Desktop](https://posit.co/downloads/), e também deverá ter uma conta no [GitHub](https://github.com/pricing). Todas as ferramentas são gratuitas ou têm versão gratuita. Traga seu computador para as aulas **TODOS OS DIAS**!
## Dados
Com o intuito de manter o foco na compreensão dos conceitos e processos que serão ensinados, preferimos utilizar um material único compartilhado com toda turma. Para tanto vamos utilizar conjuntos de dados disponíveis em outros tutoriais como o [Living Norway Project](https://livingnorway.github.io/LivingNorwayR/articles/LNWorkshopExample_TOV-E.html), os dados do pacote [EML](https://github.com/ropensci/EML/tree/master/inst/examples) e um conjunto de dados chamado **Palmer Penguins**. Todos os dados já estão presentes no repositório deste curso, portanto, tudo que você deve fazer é o download deste repositório para o seu computador.
Para fazer o download deste repositório é só clicar neste botão
```{r echo=FALSE,eval=TRUE}
downloadthis::download_link(
link = "https://github.com/GabrielNakamura/USP_reproducibility_BIE5798/archive/refs/heads/master.zip",
button_label = "Download do repositório",
button_type = "danger",
has_icon = TRUE,
icon = "fa fa-save",
self_contained = FALSE
)
```