diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/_index.md b/content/english/dashboards/wastewater/_index.md index 2e9c7748e..bcddb5fab 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/_index.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/_index.md @@ -20,7 +20,7 @@ aliases: - /data_types/environment/wastewater/ - /data_types/environment/ - /dashboards/wastewater/introduction/ -dashboards_topics: [COVID-19, Infectious diseases] +dashboards_topics: [COVID-19, Infectious diseases, Enteric viruses] ---
Please note: the wastewater dashboard is undergoing expansion over the next few months. We have now separated the data related to the amount of SARS-CoV-2 in wastewater according to the research group that collected and analysed the data (see below for information about the groups involved). In the coming months, more information and data will be added about SARS-CoV-2 and on other infectious diseases.
@@ -39,6 +39,8 @@ The work on this dashboard is divided according to different topics explored. Se - [**SARS-CoV-2 quantification**](/dashboards/wastewater/covid_quantification/): Data, visualisations, and information related to the quantification of SARS-CoV-2 in wastewater in differnt areas of Sweden. All three groups share data on this topic, and cover diferent areas of Sweden. It is possible to navigate directly to the group(s) providing data on the area(s) of interest to you. +- [**Enteric virus quantification**](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/): Data, visualisations, and information related to the quantification of enteric viruses in wastewater Gothenburg. This data is collected, analysed, and shared by the Norder group at Gothenburg university (GU). + ## Availability of code All code used to produce the visualisations on the tabs on this dashboard is available on [GitHub](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/tree/main/wastewater). The particular scripts used in each case are linked below the individual visualisations. diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_SLU.md b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_SLU.md index c87b29993..44cb683a2 100644 --- a/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_SLU.md +++ b/content/english/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_SLU.md @@ -131,7 +131,7 @@ For most cities represented on this page, raw, untreated wastewater samples that The freshly collected samples are processed according to standard methodologies. For samples collected up to and including week 18 of 2021, viral particles were concentrated using the electronegative filtration method ([Ahmed _et al._, 2020](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S004896972033480X)). Since week 19 of 2021, the viral genomic material has instead been concentrated and extracted by the direct capture method, using the Maxwell RSC Enviro TNA kit (Promega). Absolute quantification of the copy numbers of the SARS-CoV-2 genome is performed using the [SARS-CoV-2 specific N1 assay from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC)](https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-panel-primer-probes.html). To correct for variations in population size and wastewater flow, the group quantifies the pepper mild mottle virus (PMMoV) using a modified version of the assay of [Zhang _et al._ (2006)](https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040003). PMMoV is an abundant RNA virus in human faeces and serves as an estimator of human faecal content ([Symonds _et al._, 2019](https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007639)). For more details about the sample processing method, and the evaluation of the use of the PMMoV normalisation method for Swedish wastewater, please refer to the corresponding publication: [Isaksson _et al._ (2022)](https://www.mdpi.com/2076-3298/9/3/39). -The data in the below graph and datafile represent the ratio of the copy numbers measured by the N1 and PMMoV-assays, multiplied by 104. As N1 copy number is a proxy for SARS-CoV-2 virus content in the wastewater and PMMoV is a proxy of the faecal content (which is related to the contributing population), the ratio of the two can be considered to be a proxy for the prevalence of COVID-19 infections in the population of the wastewater catchment area. +The data in the above graph and datafile represent the ratio of the copy numbers measured by the N1 and PMMoV-assays, multiplied by 104. As N1 copy number is a proxy for SARS-CoV-2 virus content in the wastewater and PMMoV is a proxy of the faecal content (which is related to the contributing population), the ratio of the two can be considered to be a proxy for the prevalence of COVID-19 infections in the population of the wastewater catchment area. ## Archived data diff --git a/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md new file mode 100644 index 000000000..675acff03 --- /dev/null +++ b/content/english/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -0,0 +1,88 @@ +--- +title: Amount of enteric virus in wastewater (GU) +plotly: true +type: wastewater +menu: + wastewater: + name: Enteric virus quantification (GU) + weight: 30 +aliases: + - /dashboards/wastewater/enteric_quant_gu/ +--- + +## Introduction + +Enteric viruses are a large group of viruses including, for example, calicivirus (including norovirus and sapovirus), adenoviruses, and astroviruses. They are transmitted via faecal-oral route, and cause enteric disease (i.e. diseases with symptoms such as nausea, diarrhea, and vomiting). + +Wastewater contains many different types of viruses that infect humans because viruses are shed in the faeces and urine of infected individuals. The Norder group at the University of Gothenburg showed that the relative levels of some enteric viruses in wastewater could be used to predict upcoming outbreaks ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). Indeed, previous studies by the Norder group have shown that the levels of noroviruses in wastewater increase 1-2 weeks before larger outbreaks in nursing homes and hospital wards. + +In 2017, and since 2020, the Norder group at the University of Gothenburg (GU) conducted weekly monitoring of the levels of some enteric viruses in wastewater. They quantify the levels of enteroviruses (including poliovirus), adenoviruses, GG2 (a norovirus causing winter vomiting disease), astroviruses, sapoviruses and also pepper molt mild virus (PMMoV). This page details the [methods used in monitoring](#methods), as well as [brief summary information about the viruses](#basic-virus-information), and [information about the data collected](#dataset). Only the data collected since 2023 are included on this page. + +The enteric virus monitoring by the Norder group was done alongside their ongoing monitoring of SARS-CoV-2 in wastewater, the data for which is [also shared on this portal](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). + +The project is led by Professor Heléne Norder (University of Gothenburg, GU), and supported by co-workers from the University of Gothenburg and Sahlgrenska University Hospital (Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Hao Wang, Fredy Saguti, and Kristina Nyström). The wastewater sample collections are performed by Lucica Enache at Ryaverket, Gryaab AB, Gothenburg. + +The data and visualisations on this page will be updated approximately weekly. + +## Wastewater collection sites + +The wastewater samples for virus analysis are collected at Ryaverket's wastewater treatment plant in Gothenburg (see the methods section below for details). The Ryaverket treatment plant receives wastewater from all of the households in Gothenburg, which includes 790,000 inhabitants, as well as from industry in the area. Wastewater is also received from industry and residents in surrounding municipalities, including Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal, and Partille, and also from storm and snowmelt water from older parts of Gothenburg. + +## Visualisations + +
Last updated:
+ +Please see [the section with summary information about the viruses](#basic-virus-information) for more information on each of the viruses for which data is being collected. + +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
+
+ +**Code used to produce plot:** [Script to produce plot](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). + +## Commentary from the research group + +
Date:
Commentary:
+ +{{< ww_dynamic_content >}} +
+ +## Dataset + +###### **Download the data:** + +[Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results are available for SARS-CoV-2 from week 7 of 2020 (with a small gap over winter 2022-2023), and for enteric viruses from week 2 of 2023. Updated weekly. + +**Contact:** + +###### **How to cite the dataset:** + +Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). + +###### **How to cite method:** + +Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). + +Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). + +Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +## Methods + +Samples of wastewater are collected using a fixed-site sampler that collects 30ml per 10,000m3 of the incoming wastewater. For the purposes of analysis, seven samples (each representing a 24 hour period) were pooled to create a weekly sample. Part of this weekly sample was sent to the Clinical Microbiology Laboratory at Sahlgrenska University Hospital for analysis. The amount of sample sent varies between 1.5-15l of wastewater depending on the flow, which is determined in large part by the weather. Whilst the amount of wastewater from households and industry is generally reasonably constant over time, the overall levels of wastewater are affected by weather conditions. For example, the levels are higher when the levels of rainfall are high. In order to account for this during analysis, the samples to be analysed for viruses are flow-weighted. This means that the amount of wastewater collected and analysed relates to the flow of incoming wastewater. More information on this can be found in [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) and [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +At the Clinical Microbiology Laboratory, viruses are concentrated to a final volume of 2.5ml using a method that was developed in-house. This method uses the NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) as the primary means of concentration, and then ultracentrifugation as secondary concentration method ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nucleic acids are extracted from 1ml of the concentrated sample using the QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Real-time quantitative PCR (RT-qPCR) is performed to detect and quantify the viral genomes Details about the method of calculation are provided in [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +### Basic virus information + +**Enterovirus** is the largest genus of enteric viruses infecting humans. It includes 15 species with several types classified within each species. In two of these species, enteroviruses (EV) and rhinoviruses (RV), there are around 300 types infecting humans (112 EV-A to -D types (including polioviruses) and 169 RV-A to -C types). Immunity to one type does not confer immunity to another (i.e. there is no cross-immunity). EV infections are usually seen in children and young adults. Infections can cause flu-like symptoms, conjunctivitis, myocarditis, meningitis, encephalitis, and flaccid paralysis. These viruses can cause larger outbreaks. About every 5 to 7 years, there is an outbreak of meningitis among young people in Europe caused by an EV type belonging to EV-A-C. RV infections are common in all ages, especially in winter. Infections are usually mild, but can also cause flu-like symptoms, diseases of the lower respiratory tract, and/or worsen chronic diseases (e.g. asthma). + +**Adenoviruses** belong to the _Adenoviridae_ family. There are 88 types of human adenoviruses, classified into 7 species (HAdV-A to -G). Different types infect different organs or organ systems (i.e. they have different tissue tropisms). In humans, adenoviruses often cause respiratory diseases. Symptoms can be flu-like (i.e. sore throat, acute bronchitis, and pneumonia (HAdV-B and C)) but can also include conjunctivitis (HAdV-B and D) and gastroenteritis (HAdV-F and G). Serious complications after an adenovirus infection are rare. Children under the age of 9 are at greatest risk of symptomatic infection, but adults may also be affected (mainly by eye inflammation and gastroenteritis). These viruses do not cause epidemics but can spread between adults in crowded environments such as hospitals and military installations, or in swimming pools. + +**Norovirus**, including GG2 (more commonly known as “winter vomiting disease virus”), belong to the _Caliciviridae_ family. The number of norovirus cases usually peaks in the winter (January/February). The infection can cause serious complications among the immunosuppressed and the elderly (see [Folkhälsomyndigheten](https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/smittsamma-sjukdomar/calicivirus-noro-och-sapovirus/) for more information). GG2 is highly contagious and spreads rapidly in environments where individuals are in close contact. The incubation period is short, between 12 and 48 hours. Although GG2-infected individuals recover quickly, they may be infectious for 2 days after recovery. Immunity is short-lived and because there are several GG2 genotypes, so an individual can get sick multiple times. + +**Astroviruses** belong to the _Astroviridae_ family and infect birds and mammals. Those infecting humans (HAst) are part of the _Mamastrovirus_ genus, they form 8 species (HAst1 to 8) and an additional 7 unclassified types. HAst mainly cause illness in children and the elderly. Most often they cause gastroenteritis, but can also cause headache, nausea, vomiting, low-grade fever, and (in rare cases) encephalitis. The incubation period is 1-4 days and infections usually resolve in 2-4 days. In temperate climates, astrovirus infections are most common in winter and spring. Most children have developed immunity by the age of 10, so infections are uncommon in immunocompetent adults. However, immunity tends to wane over time, so older people can be at risk of symptomatic infection. Outbreaks are often seen in daycare centers and nursing homes. + +**Sapovirus**, like norovirus, belongs to the _Calicivirdae_ family and infect both humans and animals. Sapporovirus (SaV) is the only species of sapovirus. There are five genogroups of SaV (GI to GV), with GI, GII, GIV, and GV infecting humans and being one of the most common causes of acute gastroenteritis (along with norovirus). Symptoms include diarrhea and vomiting, which are often accompanied by fever, nausea, and stomach cramps. The incubation period is similar to GG2 (12-48 hours), but symptoms are usually milder and last 2-6 days. In the past, SaV was thought to exclusively infect children, but there is increasing evidence that most age groups can be infected. Outbreaks of SaV have been reported from schools, childcare, adult long-term care, and hospitals, often due to contaminated food. + +**Pepper mild mottle virus (PMMoV)** is a plant virus infecting plants in the genus _Capsicum_, such as peppers, chili peppers, cayenne peppers, etc. When humans consume any of these plants, which are often infected with PMMoV, the virus is excreted in the faeces. This virus is often used as an indicator of faecal contamination of water (e.g. recreational waters and raw water). In commercial assays for SARS-CoV-2 detection, quantification of PMMoV is used as an indicator of the number of people contributing to the wastewater; inherently assuming that people consume the same amount of peppers and chilies every week. However, according to the experience of the Norder group at GU, the levels of PPMoV in the wastewater in Gothenburg are higher in the summer (indicating that the inhabitants consume more of these plants during this time of year). In their analyses, it is used as a control of the technique. diff --git a/content/english/updates/wastewater_enteric_viruses.md b/content/english/updates/wastewater_enteric_viruses.md new file mode 100644 index 000000000..9c0c9c48c --- /dev/null +++ b/content/english/updates/wastewater_enteric_viruses.md @@ -0,0 +1,17 @@ +--- +title: Update to include data on enteric viruses in wastewater +date: 2023-08-04 +summary: The Portal is happy to announce that the wastewater dashboard now includes data on the quantification of enteric viruses from the Norder group at Gothenburg University (GU). +banner: /dashboard_thumbs/wastewater.jpg +banner_caption: Photo of a Swedeish wastewater treatment plant, by Kari Kohvakka (Stockholm Vatten). +--- + +Today we release the next stage of the ongoing update to our dashboard related to [wastewater-based epidemiology in Sweden](/dashboards/wastewater/introduction/). Specifically, we have relased a new tab for data related to the [quantification of enteric viruses](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/). The data and other information featured on this new tab was collected by the Norder group at Gothenburg University (GU). The data is visualised in a similar way to that on the [SARS-Cov-2 quantification pages](/dashboards/wastewater/covid_quantification/), which have long been a part of that the wastewater epidemiology dashboard. The data on the new [enteric viruses tab](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/) can be used to determine whether there might be a potential outbreak of one or more of the viruses in Gothenburg (which is the area explored by the group). + +Enteric viruses are a large group of viruses including, for example, calicivirus (including norovirus and sapovirus), adenoviruses, and polioviruses. In particular, the Norder group mointors enterovirus, adenoviruses, GG2 (the so-called 'winter vomiting disease' virus), astroviruses, and sapovirus. Basic information about the viruses and the symptoms that they cause is [available on the page](/dashboards/wastewater/enteric_quantification/#basic-virus-information). + +This new section of the wastewater epidemiology dashboard is a part of our work to add data and information about pathogens other than SARS-CoV-2 to our dashboard. It reflects the change in our scope (i.e. to include general pandemic preparedness, rather than focusing ony on COVID-19) as it shows how similar methods can be used to monitor different pathogens, and to handle, analyse, and share data related to different pathogens. In the coming months, we will add more data and information about other pathogens to the Portal, so watch this space! + +The new section is also part of our latest [topic](/topics/), namely [enteric viruses](/topics/enteric-virus/). The 'topics' buttons at the top of our website can be used to filter all of the content for information related to that topic. + +If you would like to contribute to the Portal, or make a suggestion about new content/features, please do not hesitate to [get in touch](/contact/). diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/_index.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/_index.md index 86e60ff30..db1a3ca6b 100644 --- a/content/svenska/dashboards/wastewater/_index.md +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/_index.md @@ -5,21 +5,21 @@ banner: /dashboard_thumbs/wastewater.jpg inline_toc: true type: wastewater menu: - dashboard_menu: - identifier: wastewater - name: Avloppsvattensepidemiologiska analyser i Sverige - other_data: - name: Environment - identifier: environment - weight: 50 - wastewater: - name: Introduktion - weight: 10 + dashboard_menu: + identifier: wastewater + name: Avloppsvattensepidemiologiska analyser i Sverige + other_data: + name: Environment + identifier: environment + weight: 50 + wastewater: + name: Introduktion + weight: 10 plotly: true aliases: - - /sv/data_types/environment/wastewater/ - - /sv/data_types/environment/ - - /sv/dashboards/wastewater/introduction/ + - /sv/data_types/environment/wastewater/ + - /sv/data_types/environment/ + - /sv/dashboards/wastewater/introduction/ ---
Notera: Dashboarden för avloppsvatten kommer att utökas framöver. Vi har nu grupperat mätningarna för mängden av SARS-CoV-2 i avloppsvatten enligt den forskargrupp som samlade in och analyserade respektive data (se nedan för information om de deltagande grupperna). Under kommande månader kommer mer data och information om SARS-CoV-2 och andra infektionssjukdomar att läggas till.
@@ -38,9 +38,11 @@ Forskningen som visas på den här dashboarden är uppdelat efter de olika patho - [**SARS-CoV-2 kvantifiering**](/sv/dashboards/wastewater/covid_quantification): Data, visualiseringar och information kopplad till kvantifiering av SARS-CoV-2 i avloppsvatten från olika delar av Sverige. Alla tre forskargrupperna delar data relaterat till SARS-CoV-2 I avloppsvatten, deras mätningar täcker olika områden i Sverige. Det går att navigera direkt till den grupp(er) som tillhandahåller data för ett geografiskt områden som är av intresse. +- [**Enteriska virus kvantifiering**](/sv/dashboards/wastewater/enteric_quantification/): Data, visualiseringar och information kopplad till kvantifiering av enteriska virus i avloppsvatten från Göteborg. Dessa data har samlats in, analyserats och delats av Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU). + ## Tillgänglighet av källkod -All källkod som skapats för visualiseringarna under de olika flikarna på denna dashboard finns öppet tillgänglig på [GitHub](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/tree/main/wastewater). Skript som används för respektive visualisering finns tillgängligt under respektive visualisering. +All källkod som skapats för visualiseringarna under de olika flikarna på denna dashboard finns öppet tillgänglig på [GitHub](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/tree/main/wastewater). Skript som används för respektive visualisering finns tillgängligt under respektive visualisering. ## Karta över platser där prover samlas in @@ -54,9 +56,9 @@ Nedan finns en karta som visar de avloppsreningsverk (på engelska wastewater tr ## Bakgrund: Avloppsvattenbaserad epidemiologi -Många genom från patogener, inklusive SARS-CoV-2, kan med hjälp av metoden polymeraskedjereaktion (PCR) detekteras i avföringsprov som har samlats in från infekterade individer (t.ex. COVID-19-patienter) [Wu *et al*. (2020)](https://doi.org/10.1016/S2468-1253(20)30083-2). Övervakning av nivåerna av patogener (t.ex. SARS CoV-2) i avloppsvatten från samhällen kan därför ge en tidig indikation på sjukdomsprevalensen på befolkningsnivå, så kallad avloppsvattenbaserad epidemiologi ([Corpuz *et al.*, 2020](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.140910)). +Många genom från patogener, inklusive SARS-CoV-2, kan med hjälp av metoden polymeraskedjereaktion (PCR) detekteras i avföringsprov som har samlats in från infekterade individer (t.ex. COVID-19-patienter) [Wu _et al_. (2020)](). Övervakning av nivåerna av patogener (t.ex. SARS CoV-2) i avloppsvatten från samhällen kan därför ge en tidig indikation på sjukdomsprevalensen på befolkningsnivå, så kallad avloppsvattenbaserad epidemiologi ([Corpuz _et al._, 2020](https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.140910)). -Avloppsvatten av består spillvatten, dagvatten och kylvatten. Dagvatten kommer från hushåll och fastigheter, exempelvis från kök, toaletter och duschar. Det kan också inkludera vatten från regn och från industriellt bruk. Prover tas regelbundet vid avloppsreningsanläggningar, vilket gör det möjligt att jämföra virusbelastningen över tid. Det har tidigare visats att mängden SARS-CoV-2-virus i avloppsvatten kan ge en indikation på ökad smittspridning bland befolkningen och även att mängden SARS-CoV-2 i avloppsvatten korrelerar med antal fall av COVID-19 och antal patienter som behöver sjukhusvård, se [Peccia *et al.* (2020)](https://doi.org/10.1038/s41587-020-0684-z). Nyligen visade också [Wang *et al.* (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/) att nivån av SARS-CoV-2 i avloppsvatten ökade 1-2 veckor innan det fanns en ökning av antalet COVID-19-patienter i behov av sjukhusvård. Under COVID-19-pandemin har övervakning av nivån av SARS-CoV-2 i avloppsvatten blivit en vanlig metod för att följa och förutsäga smittspridning. +Avloppsvatten av består spillvatten, dagvatten och kylvatten. Dagvatten kommer från hushåll och fastigheter, exempelvis från kök, toaletter och duschar. Det kan också inkludera vatten från regn och från industriellt bruk. Prover tas regelbundet vid avloppsreningsanläggningar, vilket gör det möjligt att jämföra virusbelastningen över tid. Det har tidigare visats att mängden SARS-CoV-2-virus i avloppsvatten kan ge en indikation på ökad smittspridning bland befolkningen och även att mängden SARS-CoV-2 i avloppsvatten korrelerar med antal fall av COVID-19 och antal patienter som behöver sjukhusvård, se [Peccia _et al._ (2020)](https://doi.org/10.1038/s41587-020-0684-z). Nyligen visade också [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/) att nivån av SARS-CoV-2 i avloppsvatten ökade 1-2 veckor innan det fanns en ökning av antalet COVID-19-patienter i behov av sjukhusvård. Under COVID-19-pandemin har övervakning av nivån av SARS-CoV-2 i avloppsvatten blivit en vanlig metod för att följa och förutsäga smittspridning. Analyser av avloppsvatten ska i första hand ses som ett övervakningssystem. Tillsammans med annan data, t.ex. infektionstestning, intensivvårdsinläggningar etc. kan analyser av avloppsvatten hjälpa till att förstå den regionala dynamiken i sjukdomsutbrott. diff --git a/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md new file mode 100644 index 000000000..6e813316f --- /dev/null +++ b/content/svenska/dashboards/wastewater/enteric_quantification/_index.md @@ -0,0 +1,84 @@ +--- +title: Mängd enteriska virus i avloppsvatten (GU) +plotly: true +type: wastewater +menu: + wastewater: + name: Enteriska virus kvantifiering + weight: 30 +--- + +## Introduktion + +Enteriska virus tillhör en större grupp virus som inkluderar calicivirus (norovirus och sapovirus), adenoviruses, och astroviruses. Dessa virus sprids via fekal-orala smittvägar och orsakar gastroenterit (som känneteckas av symptom som illamående, diarré och kräkningar). + +Avloppsvatten innehåller många olika typer av virus som infekterar allt levande även människor eftersom infekterade individer utsöndrar viruspartiklar i avföring och urin. Nordergruppen vid Göteborgs universitet har genom sin forsknings påvisat att nivåer av vissa enteriska virus i avloppsvatten kan förutsäga kommande virusutbrott, som att nivåerna av norovirus i avloppsvatten ökar 1-2 veckor innan större utbrott sker på äldreboenden och sjukhusavdelningar ([Hellmér _et al._, 2014](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/)). De visade även att olika hepatit A virusstammar som inte hade identifierats av smittskyddet cirkulerade, vilket visade att det finns personer med hepatit A som inte söker sjukvård. Dessa studier verifierades under 2017 då gruppen även kunde påvisa höga mängder av ett nytt hepatit E virus och av andra virus som orsakar magsjuka hos människa, men som inte undersöks för på mikrobiologiska laboratorierna. + +Från starten av COVID-19 pandemin och alltjämt utför Nordergruppen vid Göteborgs universitet (GU) veckovis samtidig övervakning av SARS-CoV-2 och ett antal enteriska virus i avloppsvattnet. Gruppen kvantifierar nivåerna av virus arvsmassa av enterovirus (inklusive poliovirus), adenovirus, GG2 (ett norovirus), astrovirus, sapovirus och som kontroll ett växtvirus, Pepper Mild Mottle virus (PMMoV). Om andra virus misstänkts orsaka utbrott kommer även dessa att övervakas. Se nedan för mer om [metoderna som används vid övervakning](#metoder), [kort sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation), och [information om insamlad data](#dataset). + +Den enteriska virusövervakningen av Norder-gruppen sker parallellet med gruppens pågående övervakning av SARS-CoV-2 nivåer i avloppsvatten. SARS-CoV-2 data delas [på denna sida](/dashboards/wastewater/covid_quantification/covid_quant_gu/). + +Projektet leds av professor Heléne Norder (Göteborgs universitet, GU), och stöds av medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Hao Wang, Fredy Saguti, och Kristina Nyström). Provtagningarna av avloppsvatten utförs av Lucica Enache på Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg. + +Data och visualiseringar på denna sida kommer att uppdateras ungefär en gång i veckan. + +## Insamlingsplatser för avloppsvattenprov + +Avloppsvattenprover för virusanalys samlas in vid Ryaverkets avloppsreningsverk i Göteborg (se metodavsnittet nedan för detaljer). Ryaverkets reningsverk tar emot avloppsvatten från samtliga hushåll i Göteborg, vilket omfattar 790 000 invånare, samt industrin i området. Avloppsvatten tas även emot från industri och boende i kringliggande kommuner, bland annat Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från storm- och snösmältvatten från äldre delar av Göteborg. + +
Last updated:
+ +Vänligen se [avsnittet med sammanfattande information om virusen](#grundläggande-virusinformation) för mer information om vart och ett av de virus som data samlas in för. + +
+
{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/enteric_graph_gu.json" height="550px" >}}
+
+ +**Källkod som avvänts för att generera visualiseringar:** [Källskod](https://github.com/ScilifelabDataCentre/covid-portal-visualisations/blob/main/wastewater/enteric_viruses_gu.py). + +## Kommentarer från forsksargruppen + +
Date:
Commentary:
+ +{{< ww_dynamic_content >}} +
+ +## Dataset + +###### **Nedladdning av data:** + +[Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 och enteriska virus i avloppsvatten](https://blobserver.dckube.scilifelab.se/blob/wastewater_data_gu_allviruses.xlsx). Results för SARS-CoV-2 mätningar är tillgängliga från vecka 7 2020 (med ett avbrott vintern 2022-2023), och för enteriska virus från vecka 2 2023. Uppdatering sker varje vecka. + +**Kontakt:** + +###### **För att citera datasetet:** + +Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. [https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501](https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501). + +###### **För att citera metoden som används:** + +Hellmér, M., Paxéus, N., Magnius, L., Enache, L., Arnholm, B., Johansson, A., Bergström, T., and Norder, H. (2014). Detection of pathogenic viruses in sewage provided early warnings of hepatitis A virus and norovirus outbreaks. [https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14). + +Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. [https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620). + +Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. [https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +## Metoder + +Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover, varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn). En del av detta prov skickas till Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Mängd prov som skickas varje vecka varierar mellan 1.5-15l beroende på vattenflödet, vilket till stor del beror på väderleken. Mängd avloppsvatten från hushåll och industri är relativt konstant över tid, men mängd avloppsvatten beror även på väderleksförhållandena, exempelvis ökar mängd avloppsvatten vid regnväder. För att ta hänsyn till detta under analysen är proverna som ska analyseras för virus flödesviktade. Det betyder att mängd avloppsvatten som samlas in och analyseras relaterar till flödet av inkommande avloppsvatten. Mer information om detta finns i [Hellmér _et al._ (2014)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25172863/) och [Wang _et al._ (2022)](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035197/). + +På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset koncentreras proverna till en volym av 2.5ml med hjälp av en metod som utvecklas inom forskargruppen. Denna metod använder NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna, följt av ultracentrifugering som sekundär metod ([Saguti et al., 2021](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620)). Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids- PCR (RT-qPCR) användes för att detekter och kvantifiera mängd virusgenom. Mer information om metoden som används för att beräkna virusmängd finns i [Hellmér et al. (2014)](https://doi.org/10.1128/AEM.01981-14), [Saguti et al. (2021)](https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620), and [Wang et al. (2022)](https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000). + +### Grundläggande virusinformation + +**Enterovirus** är det största släktet med flest olika virus som infekterar människor. Det omfattar 15 arter, med flertal typer inom varje art. Totalt är de drygt 300 olika virus typer som infekterar människa. I arterna enterovirus A-D (EV-A-EV-D) återfinns av 112 typer (inklusive poliovirus i EV-C)) och arterna rhinovirus A-C (RV-A-RV-C) återfinns 169 typer. Immunitet mot en typ ger inte immunitet mot en annan (dvs. det finns ingen korsimmunitet). Infektioner med enterovirus är ofta asymtomatiska, EV-infektioner är vanliga hos barn och unga vuxna. De kan ge influensaliknande symtom, konjunktivit (ögoninflammation), myokardit (hjärtmuskelinflammation), meningit (hjärnhinneinflammation), encefalit (hjärninflammation) och förlamning. Dessa virus kan orsaka större utbrott. Ungefär vart 5:e till 7:e år inträffar utbrott av hjärnhinneinflammation bland unga i Europa orsakade av en EV-typ som tillhör EV-A-C. RV-infektioner är mycket vanliga i alla åldrar, särskilt på vintern. De är oftast milda, men kan även ge influensaliknande symtom, sjukdomar i nedre luftvägarna och/eller förvärra kroniska sjukdomar t.ex. astma. + +**Adenovirus** tillhör _adenoviridae-familjen_. Det finns 88 typer av humana adenovirus, klassificerade i 7 arter (HAdV-A till -G). Olika typer infekterar olika organ eller organsystem (dvs de har olika vävnadstropismer). Hos människa orsakar adenovirus ofta luftvägssjukdomar. Symtomen kan vara influensaliknande, halsont, akut bronkit och lunginflammation (HAdV-B och C), konjunktivit (ögoninflammation orsakad av HAdV-B och D) och gastroenterit (HAdV-F och G).Allvarliga komplikationer efter en adenovirus infektion är sällsynt. Barn under 9 år löper störst risk för symptomatisk infektion, men även vuxna drabbas främst av ögoninflammationer och magsjuka orsakat av adenovirus. Dessa virus orsakar inte epidemier men kan spridas mellan vuxna i trånga miljöer som på sjukhus och militäranläggningar eller i simbassänger. + +**Norovirus**, inklusive GG2 (mer allmänt känt som “vinterkräksjukevirus”), tillhör familjen _Calicivirus_. Antalet fall av norovirus når vanligtvis sin topp på vintern ( januari/februari). Infektionen kan orsaka allvarliga komplikationer bland immunosupprimerade och äldre (se [Folkhälsomyndigheten](https://www.folkhalsomyndigheten.se/smittskydd-beredskap/smittsamma-sjukdomar/calicivirus-noro-och-sapovirus/) för mer information). GG2 är mycket smittsamt och sprider sig snabbt i miljöer där individer är i nära kontakt som skolor. Inkubationstiden är kort, mellan 12 och 48 timmar. Trots att GG2-infekterade individer återhämtar sig snabbt, kan de vara smittsamma under 2 dagar efter tillfrisknandet. Immuniteten är kortlivad och eftersom det finns flera GG2-genotyper kan en individ bli sjuk flera gånger. + +**Astrovirus** som infekterar människor är en del av _Mamastrovirus_-släktet inom _Astroviridae-familjen_. Det finns 8 arter av humana astrovirus (HAst1 till 8) och ytterligare 7 oklassificerade typer. Virusen orsakar sjukdomar främst hos barn och äldre. Oftast orsakar de gastroenterit, men kan också huvudvärk, illamående, kräkningar, låggradig feber och (i sällsynta fall) hjärninflammation. Inkubationstiden är 1-4 dagar och infektioner brukar gå över på 2-4 dagar. I tempererade klimat är astrovirusinfektioner vanligast på vintern och våren. De flesta barn har blvit smittade tidigt och har utvecklar immunitet vid 10 års ålder, så infektioner är ovanliga hos immunkompetenta vuxna. Men immuniteten tenderar att avta med tiden, så äldre människor kan vara i riskzonen. Utbrott ses ofta på daghem och äldreboenden. + +**Sapovirus** är en av de vanligaste orsakerna till akut gastroenterit hos människor och djur (vid sidan av norovirus). Symtom inkluderar diarré och kräkningar, som ofta åtföljs av feber, illamående och magkramper. Sapporovirus (SaV) är den enda arten av sapovirus. Den i fem genogrupper av SaV (GI till GV), där GI, GII, GIV och GV infekterar människa. Inkubationstiden liknar GG2 (12-48 timmar), men symtomen är vanligtvis lindrigare och varar 2-6 dagar. Förr ansågs SaV uteslutande smitta barn, men det finns allt fler bevis för att alla åldersgrupper kan bli sjuka. Utbrott av SaV ses exempelvis på sjukhus, skolor, oftast via förorenat livsmedel pga dålig handhygien hos livsmedelsarbetare. + +**Pepper mild mottle virus (PMMoV)** är ett växtvirus som infekterar växter inom släktet _Capsicum_, som paprika, chilipeppar, cayennepeppar mfl. När människor konsumerar någon av dessa växter, som ofta är smittade med PMMoV, utsöndras viruset i avföringen. PMMoV används därför ofta som en känslig indikator på fekal kontaminering av vatten (t.ex. råvatten som ska bli dricksvatten). Nivåerna av PMMoV i avloppsvattenprov kan användas för att standardisera för antalet personer som bidrar till provet (detta används i kommersiella analyser för kvantifiering av SARS-CoV-2 i avloppsvatten). En sådan standardisering förutsätter att människor utsöndrar samma mängd PMMoV under hela året. Men enligt erfarenheten från Norder-gruppen vid GU är halterna av PPMoV i avloppsvattnet i Göteborg högre på sommaren (vilket tyder på att invånarna konsumerar mer av dessa växter under denna årstid). diff --git a/data/available_datasets.json b/data/available_datasets.json index 4a790f583..b627cae01 100644 --- a/data/available_datasets.json +++ b/data/available_datasets.json @@ -1,6 +1,120 @@ { - "last_updated": "2023-06-12", + "last_updated": "2023-07-31", "datasets": [ + { + "doi": "10.1101/2023.07.05.23292245", + "available_items": [ + { + "type": "data", + "repo_name": "GitHub", + "accession_number": "", + "description": "Data used in modelling, including location and population size.", + "data_type": [ + "Biochemistry data", + "Serology data", + "Health data" + ], + "data_url": "https://github.com/covid19-forecast-hub-europe/aggregation-info-loss/tree/main/data" + }, + { + "type": "code", + "repo_name": "GitHub", + "accession_number": "", + "description": "Data processing code in R is available on Github", + "data_type": [ + "Biochemistry data", + "Serology data", + "Health data" + ], + "data_url": "https://github.com/covid19-forecast-hub-europe/aggregation-info-loss/tree/main/code" + } + ], + "title": "Characterising information loss due to aggregating epidemic model outputs", + "issue": "", + "volume": "", + "publisher": "Cold Spring Harbor Laboratory", + "published": "2023-07-07", + "author": [ + "Sherratt K.", + "Srivastava A.", + "Ainslie K.", + "Singh D. E.", + "Cublier A." + ] + }, + { + "doi": "10.1016/j.lanepe.2023.100646", + "available_items": [ + { + "type": "data", + "repo_name": "GitHub", + "accession_number": "", + "description": "Data processing code in R is available on Github", + "data_type": [ + "Health data", + "Serology data", + "Public health data", + "Biochemistry data" + ], + "data_url": "https://github.com/johanssonresearch/Correlate-of-vaccine-protection-against-fatal-COVID-19" + } + ], + "title": "Vaccine-induced correlate of protection against fatal COVID-19 in older and frail adults during waves of neutralization-resistant variants of concern: an observational study", + "issue": "", + "volume": "30", + "publisher": "Elsevier BV", + "published": "2023-07-03", + "author": [ + "Vikström L.", + "Fjällström P.", + "Gwon Y.", + "Sheward D. J.", + "Wigren-Byström J." + ] + }, + { + "doi": "10.1101/2023.06.14.23290814", + "available_items": [ + { + "type": "data", + "repo_name": "Figshare", + "accession_number": "", + "description": "Clinical data and biobanks samples from 250 critically ill COVID-19 patients. Appropriate permits are required for access.", + "data_type": [ + "Genomics & transcriptomics data", + "Biochemistry data", + "Serology data", + "Health data" + ], + "data_url": "https://doi.org/10.17044/scilifelab.14229410.v1" + }, + { + "type": "data", + "repo_name": "BQC-19", + "accession_number": "", + "description": "Data from the BQC-19 repository is available after appropriate permissions and data access agreements", + "data_type": [ + "Genomics & transcriptomics data", + "Biochemistry data", + "Serology data", + "Health data" + ], + "data_url": "https://en.quebeccovidbiobank.ca/" + } + ], + "title": "Sustained IFN signaling is associated with delayed development of SARS-CoV-2-specific immunity", + "issue": "", + "volume": "", + "publisher": "Cold Spring Harbor Laboratory", + "published": "2023-06-20", + "author": [ + "Brunet-Ratnasingham E.", + "Morin S.", + "Randolph H. E.", + "Labrecque M.", + "Bélair J." + ] + }, { "doi": "10.3389/fpsyg.2023.1124627", "available_items": [ diff --git a/layouts/index.html b/layouts/index.html index 4e760e68c..91a09eaaa 100644 --- a/layouts/index.html +++ b/layouts/index.html @@ -4,8 +4,6 @@
-
{{ if eq $.Site.Language.LanguageName "Svenska" }}Teamet bakom den svenska dataportalen för COVID-19 och pandemisk beredskap önskar er alla en glad sommar. Mer begränsad support kommer att finnas tillgänglig under juli, men vi svarar på alla epost så snart som möjligt.{{ else }}The team behind the Swedish COVID-19 and Pandemic Preparedness Portal wishes everyone a great summer. More limited support will be available during July, but the team will reply to any contact ASAP.{{ end }}
- {{ range .Site.Menus.homepage_dashboards }}
diff --git a/layouts/shortcodes/ww_dynamic_content.html b/layouts/shortcodes/ww_dynamic_content.html index b258ba857..38489b122 100644 --- a/layouts/shortcodes/ww_dynamic_content.html +++ b/layouts/shortcodes/ww_dynamic_content.html @@ -1,51 +1,63 @@