-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
.gitignore
190 lines (190 loc) · 9.72 KB
/
.gitignore
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
data/acinetobacter_baumannii/SRR11318038.1
data/acinetobacter_baumannii/SRR11318038.1.fastq
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/CHANGES
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/README-blastn
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/README-vdb-config
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/README.md
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/abi-dump
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/abi-dump.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/abi-dump.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/abi-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/abi-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/abi-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/align-info
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/align-info.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/align-info.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/bam-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/bam-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/bam-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/blastn_vdb
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/blastn_vdb.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/blastn_vdb.2.10.1-2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/cache-mgr
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/cache-mgr.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/cache-mgr.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/cg-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/cg-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/cg-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/dump-ref-fasta
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/dump-ref-fasta.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/dump-ref-fasta.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fasterq-dump
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fasterq-dump-orig.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fasterq-dump.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fasterq-dump.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump-orig.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/helicos-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/helicos-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/helicos-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/illumina-dump
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/illumina-dump.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/illumina-dump.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/illumina-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/illumina-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/illumina-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/kar
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/kar.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/kar.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/kdbmeta
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/kdbmeta.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/kdbmeta.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/latf-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/latf-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/latf-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/pacbio-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/pacbio-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/pacbio-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/prefetch
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/prefetch-orig.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/prefetch.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/prefetch.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/rcexplain
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/rcexplain.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/rcexplain.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/remote-fuser
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/remote-fuser.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/remote-fuser.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sam-dump
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sam-dump-orig.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sam-dump.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sam-dump.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sff-dump
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sff-dump.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sff-dump.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sff-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sff-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sff-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-blastn
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-pileup
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-pileup-orig.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-pileup.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-pileup.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-search
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-search.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-search.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-sort
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-sort-cg
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-sort-cg.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-sort-cg.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-sort.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-sort.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-stat
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-stat.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-stat.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sra-tblastn
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/srapath
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/srapath-orig.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/srapath.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/srapath.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/sratools.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/srf-load
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/srf-load.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/srf-load.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/tblastn_vdb
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/tblastn_vdb.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/tblastn_vdb.2.10.1-2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/test-sra
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/test-sra.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/test-sra.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-config
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-config.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-config.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-copy
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-copy.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-copy.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-decrypt
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-decrypt.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-decrypt.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-dump
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-dump-orig.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-dump.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-dump.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-encrypt
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-encrypt.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-encrypt.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-lock
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-lock.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-lock.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-unlock
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-unlock.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-unlock.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-validate
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-validate.2
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/vdb-validate.2.11.0
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/ncbi/certs.kfg
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/ncbi/default.kfg
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/ncbi/vdb-copy.kfg
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/example/perl/base-stats.pl
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/example/perl/dump-reference.pl
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/example/perl/gene-lookup.pl
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/example/perl/mismatch-stats.pl
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/example/perl/quality-stats.pl
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/example/perl/simplefastq.pl
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/example/perl/splitfastq.pl
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/align/align.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/align/mate-cache.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/align/pileup-stats.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/align/qstat.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/align/refseq.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/align/seq.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/csra2/csra2.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/csra2/read.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/csra2/reference.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/csra2/stats.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/insdc/insdc.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/insdc/seq.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/insdc/sra.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/clip.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/ncbi.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/pnbrdb.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/seq-graph.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/seq.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/spotname.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/sra.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/stats.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/trace.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/varloc.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/ncbi/wgs-contig.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/454.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/abi.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/generic-fastq.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/helicos.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/illumina.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/ion-torrent.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/nanopore.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/pacbio.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/sra/pevents.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/vdb/built-in.vschema
sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/schema/vdb/vdb.vschema
data/acinetobacter_baumannii/kmer/SRR11318038.1.res.kmc_pre
data/acinetobacter_baumannii/kmer/SRR11318038.1.res.kmc_suf
workflow/rules/representation/.snakemake
.vscode/settings.json
*.log
.snakemake