TOOL TO CREATE DYNAMIC DATABASES FROM FASTA FILES FOR WEB INTERFACE
PRÉ-REQUIS
- MYSQL doit être installé et peut être lancé dans le Terminal
- Votre session MYSQL est de la forme : mysql -u root (le mot de passe est vide)
LANCEMENT
Dans un premier temps ouvrir votre Terminal et placez vous dans le répertoire que vous souhaitez. Lancer la commande suivante:
git clone https://github.com/ahmedkeceli/BigData_project.git
Cette commande vous permettra de récupérer l'ensemble du workflow avec tous les scripts permettant de structurer vos données.
Une fois que le téléchargement est terminé, lancer la commande suivante vous permettant de vous rendre dans le répertoire BigData_project:
cd BigData_project
Vous êtes maintenant prêt à créer votre Base de données.
Création de la BD
- PRÉ-REQUIS
- Avoir tous vos fichiers .fasta et .txt
Pour créer votre BD, il vous faut entrer la commande suivante
python Scripts/master.py <nom_espèce_à_ajouter> <path/to/file1.FASTA> <path/to/file2.FASTA> ... <path/to/fileN.FASTA>
Par exemple: Créer une Base de donnée spécifique à l'éspèce Botrytis Cinerea
python Scripts/master.py Botrytis keceli/Desktop/Botrytis/gene.fasta keceli/Desktop/Botrytis/prot.fasta keceli/Desktop/Botrytis/contig.fasta keceli/Desktop/Botrytis/trans.fasta keceli/Desktop/Botrytis/summary_gene.fasta
Visualiser de la BD
Maintenant que vous avez créé votre Base de donnée vous pouvez vous connecter à mysql est observer votre Base de donnée liée à l'espèce.