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update_projecao_leitos.R
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if(!require(optparse)){install.packages("optparse"); library(optparse)}
if(!require(Hmisc)){install.packages("Hmisc"); library(Hmisc)}
if(!require(rprojroot)){install.packages("rprojroot"); library(rprojroot)}
if (sys.nframe() == 0L) {
option_list <- list(
make_option("--dir",
help = ("Caminho até o diretório com os arquivos csv com base sivep gripe"),
default = "../dados/estado_SP/SRAG_hospitalizados/dados",
metavar = "dir"),
make_option("--tipo", default = "srag",
help = ("tipo da internação. Só 'srag' ou 'all', srag e covid"),
metavar = "tipo"),
make_option("--escala", default = "municipio",
help = ("Nível administrativo, um de: municipio, micro, meso, estado, país"),
metavar = "escala"),
make_option("--sigla", default = "SP", # ainda nao estamos usando
help = ("Sigla do estado a ser atualizado"),
metavar = "sigla"),
make_option("--geocode", default = 3550308,
help = ("Geocode de município, micro-mesorregião ou estado"),
metavar = "geocode"),
make_option("--window", type = "integer", default = 40,
help = ("Largura da running window do nowcasting (dias)"),
metavar = "window"),
make_option("--dataBase", default = NULL,
help = ("Data da base de dados, formato 'yyyy_mm_dd'"),
metavar = "dataBase"),
make_option("--dataInicial", default = as.Date("2020-03-08"),
help = ("Data do início dos casos, formato 'yyyy_mm_dd'"),
metavar = "dataInicial"),
make_option("--formatoData", default = "%Y_%m_%d",
help = ("Formato do campo de datas no csv, confome padrão da função as.Date"),#ast antes de tirar checar outras fontes de dados
metavar = "formatoData"),
make_option("--fix_dates", default = TRUE,
help = ("Booleana. Define se as os casos com datas inconsistentes devem ser concertadas (TRUE) ou excluidas (FALSE)"),
metavar = "fix_dates"),
make_option("--out_dir", default = NULL,
help = ("Pasta de saida dos resultados"),
metavar = "out_dir"),
make_option("--n_cores", default = 4,
help = ("Numero de cores usado para a projeção de leitos"),
metavar = "n_cores"),
make_option("--nowcasting", default = TRUE,
help = ("Booleano. Executa ou não nowcasting. Precisa ser feito antes de ajustar os modelos."),
metavar = "nowcasting"),
make_option("--fit_models", default = TRUE,
help = ("Booleano. Ajusta ou não os modelos de projeção. Precisa ser feito antes do relatório."),
metavar = "fit_models"),
make_option("--report", default = TRUE,
help = ("Booleano. Gera ou não relatório automático."),
metavar = "report"),
make_option("--report_dir", default = NULL,
help = ("Paste de saida dos reports."),
metavar = "report_dir"),
make_option("--check_report", default = FALSE,
help = ("Não faz nada se o relatório já existir."),
metavar = "check_report")
# make_option("--updateGit", default = "FALSE",
# help = ("Fazer git add, commit e push?"),
# metavar = "updateGit")
)
parser_object <- OptionParser(usage = "Rscript %prog [Opções] [ARQUIVO]\n",
option_list = option_list,
description = "Script para importar csv da sivep gripe,
executar nowcasting e salvar os resultados")
## aliases
opt <- parse_args(parser_object, args = commandArgs(trailingOnly = TRUE),
positional_arguments = TRUE)
DATAROOT <- opt$options$dir
disease <- opt$options$tipo
escala <- opt$options$escala
sigla <- opt$options$sigla
geocode <- opt$options$geocode
window <- opt$options$window
data_date <- if(is.null(opt$options$dataBase)) {NULL} else as.Date(opt$options$dataBase, format("%Y_%m_%d"))
initial_date <- as.Date(opt$options$dataInicial)
formato.data <- opt$options$formatoData
fix_missing_dates <- opt$options$fix_dates
n_cores <- opt$options$n_cores
make_report <- opt$options$report
fit_models <- opt$options$fit_models
nowcasting <- opt$options$nowcasting
out.root <- if(is.null(opt$options$out_dir)) {"../site/dados"} else opt$options$out_dir
report.dir <- opt$options$report_dir
check_report <- opt$options$check_report
}
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### to run INTERACTIVELY:
#You only have to set up the variables that are not already set up above or the ones that you would like to change #
#geocode <- "3550308" # municipio SP
# geocode <- "3509502" # municipio Campinas
# DATAROOT <- "../dados/municipio_campinas/SRAG_hospitalizados/dados/"
# intial_date <- as.Date("2020-03-16")
#data <- "2020_05_16"
#DATAROOT = "../dados/SIVEP-Gripe"
# initial_date = as.Date("2020-03-08")
# data_date = as.Date("2020_05_27", format = "%Y_%m_%d")
#escala = "estado"
#sigla = "GO"
#geocode = 52
# out.root = "../dados/estado_SP/SRAG_hospitalizados/outputs/"
# nowcasting = FALSE
# fit_models = FALSE
# make_report = TRUE
# report.dir = "~/Desktop"
#######################################################
if(exists("PRJROOT")){
if(!is.null(PRJROOT))
PRJROOT = rprojroot::find_root(criterion=rprojroot::is_git_root)
} else
PRJROOT = rprojroot::find_root(criterion=rprojroot::is_git_root)
P = function(...) file.path(PRJROOT, ...)
source(P("_src/funcoes.R"))
name_path <- check.geocode(escala = escala, geocode = geocode, sigla = sigla)#ast falta checar outras escalas e fontes de dados e destinos para push
label_escala = check.geocode(geocode = geocode, escala = escala, sigla = sigla, nonascii = FALSE)
output.dir <- file.path(out.root, "projecao_leitos", name_path)
if (!file.exists(output.dir))
dir.create(output.dir, showWarnings = TRUE, recursive = TRUE)
if (!file.exists(file.path(output.dir, "hospitalizados")))
dir.create(file.path(output.dir, "hospitalizados"), showWarnings = TRUE, recursive = TRUE)
if (!file.exists(file.path(output.dir, "curve_fits")))
dir.create(file.path(output.dir, "curve_fits"), showWarnings = TRUE, recursive = TRUE)
if(make_report){
if(is.null(report.dir))
report.dir = file.path(output.dir, "relatorios")
if (!file.exists(report.dir))
dir.create(report.dir, showWarnings = TRUE, recursive = TRUE)
}
update_site = FALSE
if (is.null(data_date)) {
data_date <- as.Date(get.last.date(DATAROOT), format = "%Y_%m_%d")
}
say(paste("Data date is set to:", format(data_date, "%d %B %Y"), "\nScale:", escala, "\nLocal:", label_escala, geocode), "cow")
if(check_report){
if(any(grepl(data_date, dir(report.dir)))){
say(paste("Report exisist for date", format(data_date, "%d %B %Y")), "yoda")
quit(save="no")
}
}
registerDoMC(n_cores)
O = function(...) file.path(output.dir, ...)
P = function(...) file.path(PRJROOT, ...)
CODEROOT = paste0(PRJROOT, "/_src/projecao_leitos")
C = function(...) file.path(CODEROOT, ...)
if(nowcasting){
fix_missing_dates = FALSE
source(C("00-read_process_SIVEP_CSV.R"))
source(C("01-nowcast_inHospital_byAge.R"))
}
if(fit_models)
source(C("02-runFits_generalized_Exponential_Logistic_fit.R"))
if(make_report)
source(C("03-report_ExpLogistfit.R"))
if(update_site){
setwd(file.path("../site/_src"))
source("update_modelogro.R")
}