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restrained.mdp
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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; MDP Parameters for restrained simulations of string-method ::::::::::::::::::::::::::::
; These parameters are not recomended to be modified.
; Of course do so if you know what you are doing.
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
integrator = md
nsteps = 15000
nstxtcout = 5000
nstlog = 0
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstcalcenergy = 100
nstenergy = 0
nstdisreout = 0
cutoff-scheme = Verlet
gen-vel = no
gen-seed = -1
ld-seed = -1
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
; These parameters should be adapted to your MD simulation
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
; If df!=0.002 might need to change number of steps
dt = 0.002
nstlist = 20
rlist = 1.2
coulombtype = pme
rcoulomb = 1.2
vdwtype = Cut-off
vdw-modifier = Force-switch
rvdw_switch = 1.0
rvdw = 1.2
;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
; We recommend the use of a stochastic thermostat like V-rescale
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;
tcoupl = V-rescale
;
tc_grps = protein waters_or_ions lipids
tau_t = 1.0 1.0 1.0
ref_t = 300. 300. 300.
gen-temp = 300.
;
pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 5.0
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5
ref_p = 1.0 1.0
DispCorr = no ; account for cut-off vdW scheme
;
constraints = h-bonds
constraint_algorithm = LINCS
continuation = yes
;
nstcomm = 100
comm_mode = linear
comm_grps = protein waters_or_ions lipids
;
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
; At this point the pull simulation parameters will be added by input_maker.ipynb
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;start pull