sortie rmd

[gdauby]

Voici un bout de code pour l'exportation des résultats par espèce.

L'idéal serait de retrouver dans cet onglet la possibilité de sélectionner une espèce et donc d'exporter un rapport pour cette espèce.

### exportation d'un rapport espèce par espèce
if (isTruthy(input$taxa) && !identical(input$taxa, "All")) {
  
  data <- dplyr::filter(data, .__taxa == input$taxa)
  
  ### pas sur que ce soit ça pour appeler les données spatiales validées
  data_sf <- reactive(rv$spatial_data) %>% dplyr::filter(data, .__taxa == input$taxa)
  
  tax <- input$taxa
  
  rmarkdown::render(
  'conrapli_report.Rmd',
  params = list(
    tax = tax,
    data = data, ## 
    data_sf = data_sf,
    res_aoo = aoo_res$AOO_poly %>% filter(tax == !!tax), ### sortie du module critère B - rv$aoo_res
    res_eoo = eoo_res$spatial %>% filter(tax == !!tax), ### sortie du module critère B - rv$eoo_res
    res_loc = locations$locations_poly %>% filter(tax == !!tax), ### sortie du module critère B - rv$locations
    threat_sig = spatial_data, ### sortie du module mapping - rv$spatial_data
    parameters = parameters, ### nouvelle sortie du module critère B - rv$results
    results = results ### sortie du module critère B - rv$results
  ),
  output_file = paste0("report_conr_", gsub(" ", "_", tax), '.html')
)
  
}

[gdauby]

[gdauby]

Voici le modèle Rmd pour commencer

[gdauby]

@pvictor est ce que tu as pu voir les proposition ci dessus pour implémenter la sortie ?

[gdauby]

@pvictor je suis en train de mettre à jour la sortie Rmd en locale, je vais pusher la nouvelle version directement sur la branche principale

[pvictor]

Hello Gilles, ça me parait bien tout ça, je m'en occupe dans la semaine !

[gdauby]

8d16997

[gdauby]

Il y aura deux sorties Rmd :

• La première (ci dessus) est une sortie pour une espèce sélectionnée.

• La deuxième est un rapport pour toutes les espèces. Je viens de pusher une première version de ce deuxième Rmd.
  122dc7b

Pour ce Rmd, les paramètres d'entrée sont les sorties d'analyse du critère B et les données importées, y inclus le shapefile
(soit importée shp_r <- data_shapefile_server(id = "shp"), soit créé).

[pvictor]

A quoi correspond le paramètre res_loc dans le rapport species_report.Rmd ?

[gdauby]

C'est la sortie locations de criterion_b

[gdauby]

donc si la sortie dans de conr-server.R est telle que je l'ai proposé, ca devrait être quelque chose comme
criterion_b$locations$locations_poly %>% filter(tax == !!tax), filtré pour avoir l'espèce sélectionné. J'espère que c'est clair.

[pvictor]

Ok, mon problème est avec ces filtres :

conrappli/inst/reports/species_report.Rmd

Line 130 in 94e1a38

if (nrow(params$res_loc %>% filter(threat == "not_threatened")) > 0) {

Je ne trouve pas la variable threat

[gdauby]

Je vérifie. Est ce que tu as installé la dernière version @devel de ConR ?

[gdauby]

Je peux modifier le Rmd ?

[pvictor]

ok d'ac, yes tu peux modifier

[gdauby]

Voila ca devrait être bon.

Pour la sortie du rapport, je sais pas si c'était clair ci dessus, mais l'idée serait d'avoir un menu déroulant sur les espèces identiques à celui qu'on voit dans le module-critrerion-b ou l'utilisateur peut choisir une espèce ou toutes les espèces. Et selon l'un ou l'autre, c'est l'un ou l'autre rapport qui est généré.

[pvictor]

good 👍

[pvictor]

ok! je comprend, je fait ça