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冷戦後、国連は平和維持任務を飛躍的に拡大し、10年間で過去40年間を上回る数のミッションを担当した。1988年から2000年までの間に、安全保障理事会決議の採択件数は2倍以上に増え、平和維持予算は10倍以上に増加した。国連はサルバドール内戦の終結を交渉し、ナミビアで平和維持ミッションを成功させ、アパルトヘイト後の南アフリカとクメール・ルージュ後のカンボジアで民主的な選挙を監督した。1991年、国連は、イラクのクウェート侵攻を撃退するための米国主導の連合を承認した。1971年から1985年まで国連事務次長を務めたブライアン・アークハートは、後に、これらの成功によってもたらされた希望を、その後のミッションがより困難なものであったことを考えると、国連にとっては「偽りのルネッサンス」であると評した。国連憲章は、ある国による他国への侵略を防ぐことを主な目的として書かれていたが、1990年代初頭、国連はソマリア、ハイチ、モザンビーク、旧ユーゴスラビアなど、各国内の同時多発的で深刻な危機に直面していた。ソマリアでの国連ミッションは、モガディシュの戦いでの犠牲者を受けて米国が撤退した後、失敗との見方が広まり、ボスニアでの国連ミッションは、民族浄化に直面する中で優柔不断かつ混乱したミッションであったことから「世界的に嘲笑された」。1994年、国連ルワンダ支援ミッションは、安全保障理事会での優柔不断さの中で、ルワンダ虐殺への介入に失敗した。冷戦時代の最後の数十年間から、アメリカやヨーロッパの国連批判者たちは、国連の不適切な管理と腐敗を非難してきた。1984年には、米国のロナルド・レーガン大統領が、不適切な管理の疑惑を理由にユネスコ（1946年に設立された国連教育科学文化機関）からの資金提供を取りやめ、英国とシンガポールがそれに続いた。1992年から1996年まで事務局長を務めたブトロス・ブトロス＝ガーリは、事務局の改革に着手し、組織の規模を幾分縮小した。後任のコフィ・アナン事務総長（1997年～2006年）は、米国からの国連分担金の差し止めの脅しに直面し、更なる運営改革に着手した。1990年代後半から2000年代にかけて、国連が認めた国際介入はより多様な形で行われた。1991年から2002年にかけてのシエラレオネ内戦での国連ミッションは英国海兵隊によって補完され、2001年のアフガニスタン侵攻はNATOによって監督された。2003年には、国連安全保障理事会の承認決議が通らなかったにもかかわらず、米国がイラクに侵攻したことで、組織の有効性が改めて問われることになった。潘基文第8代事務総長のもと、国連はスーダンのダルフール紛争やコンゴ民主共和国のキブ紛争などの危機に平和維持要員とともに介入し、シリア内戦には監視団や化学兵器検査官を派遣してきた。2013年には、2009年のスリランカ内戦の最終戦における国連の行動についての内部レビューが行われ、組織は「全面的失敗」に陥ったと結論づけられた。2010年のハイチ地震では国連職員101人が死亡し、組織史上最悪の犠牲者を出した。ミレニアム・サミットは、21世紀における国連の役割を議論するために2000年に開催された。この3日間の会議は、世界の指導者が集う史上最大の会議であり、貧困削減、男女平等、公衆衛生などの分野で国際的な開発を達成するためのコミットメントであるミレニアム開発目標（MDGs）を全加盟国が採択して閉会した。2015年までに達成されることになっていたこれらの目標に向けた進捗は、最終的には不均衡なものとなった。2005年の世界サミットでは、国連が開発、平和維持、人権、世界安全保障の推進に重点を置いていることが再確認された。2015年には、ミレニアム開発目標の後継として「持続可能な開発目標」が打ち出された。国連は、地球規模の課題に取り組むことに加え、市民社会との関わりを深め、グローバルな構成員を育成することで、説明責任と民主的な正統性の向上を目指してきた。透明性を高める努力の一環として、2016年、同組織は事務総長候補者同士の初の公開討論会を開催した。2017年1月1日には、以前に国連難民高等弁務官を務めたポルトガルの外交官アントニオ・グテーレス氏が第9代事務総長に就任した。グテーレス氏は組織運営に対するいくつかの重要な目標として、紛争予防のための外交の重視、より効果的な平和維持活動、グローバルなニーズへの対応力と汎用性を高めるために組織を合理化することなどを強調している。