environment.yml

# You can use this file to create a conda environment for this pipeline:
#   conda env create -f environment.yml
name: mpgap-3.2

channels:
- conda-forge
- bioconda
- defaults
- anaconda

dependencies:
## python pip dependencies
- pip

## anaconda main channel
- main::openssl

## anaconda packages
- anaconda::python=3.9
- anaconda::git

## conda-forge packages
# - conda-forge::gcc
- conda-forge::hdf5=1.10 # nanopolish is not loading it
- conda-forge::hdf5-static # nanopolish is not loading it
- conda-forge::zlib # for nanopolish

## bioconda packages
- bioconda::htslib
- bioconda::blast=2.12.0
- bioconda::racon=1.4.20
- bioconda::pilon=1.24
- bioconda::canu=2.2
- bioconda::spades=3.15.3
- bioconda::unicycler=0.5.0
- bioconda::mummer
- bioconda::bowtie2
- bioconda::freebayes
- bioconda::minimap2=2.22
- bioconda::nanopolish=0.13.2
- bioconda::pbgcpp=2.0.2
- bioconda::pbmm2=1.7.0
- bioconda::polypolish=0.5.0
- bioconda::flye=2.9.2
- bioconda::quast>=5.2.0
- bioconda::busco>=5
- bioconda::miniasm=0.3_r179
- bioconda::seqtk=1.3
- bioconda::shovill=1.1.0
- bioconda::shasta=0.11
# - bioconda::trycycler=0.5.4
# - bioconda::haslr=0.8a1
# - biocconda::homopolish=0.4.1
- bioconda::raven-assembler=1.6.1
- bioconda::multiqc==1.20
- bioconda::csvtk=0.23.0
- bioconda::wtdbg=2.5
- bioconda::medaka=1.11.1
- bioconda::hifiasm=0.19.8
# for medaka > 1.4
- bioconda::samtools>=1.11
- bioconda::tabix>=1.11
- bioconda::bcftools>=1.11
- bioconda::mappy