no 'build' directory found on skesa branch in tools/skesa

[pcantalupo]

Hello,
I'm trying to install skesa. I cloned the repo as per README.md. Then had to checkout the skesa branch (which is not in the readme). Now I cannot find the build directory in the tools/skesa folder. Am I missing something? Thank you Paul

[kwrodarmer]

apt-get update
apt-get install -y git gcc g++ make libboost-all-dev

git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git
git clone https://github.com/ncbi/ngs.git

( cd ngs ; ./configure ; make ; make install )
( cd ncbi-vdb ; ./configure ; make ; make install )

git clone https://github.com/ncbi/ngs-tools.git
cd ngs-tools
./configure

git checkout skesa
cd tools/skesa
export BOOST_LIBPATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu
export NGS_LIBPATH=/usr/local/ngs/ngs-sdk/lib64
export NCBI_LIBPATH=/usr/local/ncbi/ncbi-vdb/lib64
make skesa

Note that you have to have boost available...

[kwrodarmer]

I have updated the README.skesa file with these instructions.

[pcantalupo]

Thanks for the quick update! I hope to try this tonight

[NRCScientificIT]

Hello,
I tried the install/compliation as described here but I still have an error with the "make skesa" command:

/usr/include/boost/variant/detail/initializer.hpp:104:24: note: no known conversion for argument 2 from ‘std::remove_referenceDeBruijn::IntegerTemplate&::type {aka DeBruijn::IntegerTemplate}’ to ‘boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::initializer_root, 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make: *** [skesa.o] Error 1

[bioinfoacademy]

I get the same error like @NRCScientificIT.
@kwrodarmer could you please help ?
Thanks in advance.