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#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nf-core/raredisease
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/nf-core/raredisease
Website: https://nf-co.re/raredisease
Slack : https://nfcore.slack.com/channels/raredisease
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
params.fasta = getGenomeAttribute('fasta')
params.fai = getGenomeAttribute('fai')
params.bwa = getGenomeAttribute('bwa')
params.bwamem2 = getGenomeAttribute('bwamem2')
params.bwameme = getGenomeAttribute('bwameme')
params.call_interval = getGenomeAttribute('call_interval')
params.cadd_resources = getGenomeAttribute('cadd_resources')
params.gcnvcaller_model = getGenomeAttribute('gcnvcaller_model')
params.gens_interval_list = getGenomeAttribute('gens_interval_list')
params.gens_pon_female = getGenomeAttribute('gens_pon_female')
params.gens_pon_male = getGenomeAttribute('gens_pon_male')
params.gens_gnomad_pos = getGenomeAttribute('gens_gnomad_pos')
params.gnomad_af = getGenomeAttribute('gnomad_af')
params.gnomad_af_idx = getGenomeAttribute('gnomad_af_idx')
params.intervals_wgs = getGenomeAttribute('intervals_wgs')
params.intervals_y = getGenomeAttribute('intervals_y')
params.known_dbsnp = getGenomeAttribute('known_dbsnp')
params.known_dbsnp_tbi = getGenomeAttribute('known_dbsnp_tbi')
params.mobile_element_references = getGenomeAttribute('mobile_element_references')
params.mobile_element_svdb_annotations = getGenomeAttribute('mobile_element_svdb_annotations')
params.ml_model = getGenomeAttribute('ml_model')
params.mt_fasta = getGenomeAttribute('mt_fasta')
params.par_bed = getGenomeAttribute('par_bed')
params.ploidy_model = getGenomeAttribute('ploidy_model')
params.reduced_penetrance = getGenomeAttribute('reduced_penetrance')
params.readcount_intervals = getGenomeAttribute('readcount_intervals')
params.rtg_truthvcfs = getGenomeAttribute('rtg_truthvcfs')
params.sample_id_map = getGenomeAttribute('sample_id_map')
params.sequence_dictionary = getGenomeAttribute('sequence_dictionary')
params.score_config_mt = getGenomeAttribute('score_config_mt')
params.score_config_snv = getGenomeAttribute('score_config_snv')
params.score_config_sv = getGenomeAttribute('score_config_sv')
params.sdf = getGenomeAttribute('sdf')
params.svdb_query_bedpedbs = getGenomeAttribute('svdb_query_bedpedbs')
params.svdb_query_dbs = getGenomeAttribute('svdb_query_dbs')
params.target_bed = getGenomeAttribute('target_bed')
params.variant_catalog = getGenomeAttribute('variant_catalog')
params.variant_consequences_snv = getGenomeAttribute('variant_consequences_snv')
params.variant_consequences_sv = getGenomeAttribute('variant_consequences_sv')
params.vep_filters = getGenomeAttribute('vep_filters')
params.vep_filters_scout_fmt = getGenomeAttribute('vep_filters_scout_fmt')
params.vcf2cytosure_blacklist = getGenomeAttribute('vcf2cytosure_blacklist')
params.vcfanno_extra_resources = getGenomeAttribute('vcfanno_extra_resources')
params.vcfanno_resources = getGenomeAttribute('vcfanno_resources')
params.vcfanno_toml = getGenomeAttribute('vcfanno_toml')
params.vcfanno_lua = getGenomeAttribute('vcfanno_lua')
params.vep_cache = getGenomeAttribute('vep_cache')
params.vep_plugin_files = getGenomeAttribute('vep_plugin_files')
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
IMPORT FUNCTIONS / MODULES / SUBWORKFLOWS / WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { RAREDISEASE } from './workflows/raredisease'
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_raredisease_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_raredisease_pipeline'
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOWS FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Run main analysis pipeline depending on type of input
//
workflow NFCORE_RAREDISEASE {
take:
samplesheet // channel: samplesheet read in from --input
main:
//
// WORKFLOW: Run pipeline
//
RAREDISEASE (
samplesheet
)
emit:
multiqc_report = RAREDISEASE.out.multiqc_report // channel: /path/to/multiqc_report.html
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
workflow {
main:
//
// SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
//
PIPELINE_INITIALISATION (
params.version,
params.help,
params.validate_params,
params.monochrome_logs,
args,
params.outdir,
params.input
)
//
// WORKFLOW: Run main workflow
//
NFCORE_RAREDISEASE (
PIPELINE_INITIALISATION.out.samplesheet
)
//
// SUBWORKFLOW: Run completion tasks
//
PIPELINE_COMPLETION (
params.email,
params.email_on_fail,
params.plaintext_email,
params.outdir,
params.monochrome_logs,
params.hook_url,
NFCORE_RAREDISEASE.out.multiqc_report
)
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// Get attribute from genome config file e.g. fasta
//
def getGenomeAttribute(attribute) {
if (params.genomes && params.genome && params.genomes.containsKey(params.genome)) {
if (params.genomes[ params.genome ].containsKey(attribute)) {
return params.genomes[ params.genome ][ attribute ]
}
}
return null
}