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2023-02-15 |
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这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。
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彩珠。（via）
这周的话题来自近期一则比较沉重的消息。
近日，23岁研究生王某于西北大学坠亡一事引发广泛关注。
据媒体报道，10月22日下午，王某从实验室所在大楼坠亡，年仅23岁。他是延安大学应用化学专业2019级研究生，导师为延安大学化学与化工学院老师吕某。2020年上半年，王某来到西北大学化学与材料科学学院进行学习和课题研究。
10月19日当天，王某曾给父母、表姐和弟弟分别打了电话。在和父亲的沟通中，王某表达了“不想读书了”的想法。在父亲的追问下，王某只提到实验室压力太大，经常被导师批评。（来源：公众号「科学网」）
这不是近年来来第一次了，为何研究生跳楼频发，为何年轻便科研“至”死？有哪些理由，怎样避免，诸位不妨思考和说道。
封面设计艺术家Alex Cagan在绘制Cell Genomics的首期封面时，试图以抽象和俏皮的方式传达本刊的三大关键支柱——“开放、合作、开拓”，其作品将基因组学领域的旋转符号与科学和开展研究的科学家形象相融合。它们通过舞蹈一样跃动的语言统一了起来，这仿佛也反映了美丽复杂的细胞机制和生命节律，以及正在进行的理解它们的科学之旅。该作品旨在体现这一持续的、充满希望的发现历程。
这是一个开放、合作、开拓的全新基因组学论坛，是基因组学领域致力于开放获取和开放科学的全新研究期刊，我们支持公开分享研究、方法和数据集。
该函数支持按照多个分类变量对一个连续数值变量进行汇总。
3、Proscia 宣布人工智能在黑色素瘤检测方面取得突破，灵敏度为 93%
来自费城的 Proscia 正在加速病理学的数字化转型，以改变我们理解癌症等疾病的方式。其 Concentriq 数字病理学平台和强大的 AI 应用程序正在将具有 150 年历史的研究和诊断标准推向数据驱动的学科，为病理学家提供更好的方法来对抗当今的癌症。
近日，Proscia 分享了一项前瞻性研究的结果，宣布 AI 在黑色素瘤（最致命的皮肤癌形式）检测方面的突破。利用 AI 以高度的准确性自动检测黑色素瘤。这些发现说明了 AI 在病理学常规实践中提供更快诊断、改善患者预后和优化实验室经济性的前景。
该项研究在托马斯杰斐逊大学和佛罗里达大学进行，展示了 AI 在未经筛选的 1,422 个连续皮肤活检组中的真实性能。该技术正确识别侵袭性黑色素瘤和原位黑色素瘤，灵敏度为 93%，特异性为 91%。它还对基底细胞癌和鳞状细胞癌进行了分类，AUC 分别为 0.97 和 0.95，占所有皮肤癌的 97%。本研究验证了对 12,784 张图像进行的多站点回顾性研究的结果。
4、单细胞核糖体测序技术（scRibo-seq）开启单细胞翻译组学研究
近日，荷兰乌得勒支大学医学中心的研究团队在国际顶尖期刊Nature在线发表了题为Single-cell Ribo-seq reveals cell cycle-dependent translational pausing的文章。研究证明，单细胞核糖体测序技术（scRibo-seq）能够实现单密码子的分辨率；极大提高了单细胞核糖体检测的敏感性，使得在单个细胞中对核糖体进行分析成为可能。此外，研究团队还证明，对特定氨基酸的限制会导致核糖体在编码氨基酸的密码子的子集上出现暂停，并且这种现象只在与其细胞周期状态相关的细胞亚群中被观察到。总之，这项技术为确定翻译过程以及对那些看似相同的细胞之间的显著差异的解析提供了近一步的证据。
1、GitHub全球开发者大会重磅更新自动编码工具Copilot
GitHub在其全球开发者大会上，宣布Copilot将增加对包括Neovim和JetBrains IDEs在内的编辑器的支持，重点是JetBrains的IntelliJ IDEA和PyCharm。GitHub还宣布Copilot支持Java、C、C++和C#等语言的多行代码完成。
英文综述的中文大体翻译。
实则是一段视频。
一篇利用blogdown搭建个人博客的详细介绍。
1、postcards - 创建简单漂亮的个人网站。
2、ezcox - Cox模型批处理和可视化
工具已发布到预印本：https://arxiv.org/abs/2110.14232。
Rich 是一个 Python 库，可以为你在终端中提供富文本和漂亮、精美的格式。
使用 Rich API 可以很容易的在终端输出添加各种颜色和不同风格。它可以绘制漂亮的表格，进度条，markdown，突出显示语法的源代码及回溯等等，优秀的功能不胜枚举。
4、tv - 跨平台CSV格式数据展示工具
1、awesome-r-pkgtools - R包开发工具清单
2021年9月，220个R新包收录于CRAN（2021年8月份收录160个），累计收录约19,862个R包！此次选摘了40个R包（14个类别），分布结构如下：
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