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title: "LatinR 2020 ReproHack!"
output:
html_document:
theme: flatly
css: reprohack.css
params:
title: "LatinR 2020 ReproHack!"
room_location: "Blackboard Collaborate"
address: "Evento online"
date: "8 de octubre de 2020"
time: "10:00am - 17:00pm UTC - 3"
bannerurl: "latinr_banner.png"
registration_url: https://www.eventbrite.com.ar/o/reprohack-en-latinr-31351318695
hackpad_url: http://bit.ly/reprohack_latinr2020
submission_url: https://forms.gle/vMk25vCevMg2QiYQ9
reprohack_repo_url: https://github.com/reprohack/LatinR-ReproHack
submission_form_title: "ReproHack Paper Submission Form - n8"
feedback_form_title: "ReproHack feedback form - n8"
runtime: shiny
---
# **`r params$title`**
## _Hackatón de Reproducibilidad de un día_
<br>
#### **`r shiny::icon("clock")` `r params$time`**
#### **`r shiny::icon("calendar")` `r params$date`**
#### **`r shiny::icon("map-marker-alt")` `r params$room_location`**
#### **`r shiny::icon("map-marked-alt")` `r params$address`**
`r shiny::icon("language")` [`r emo::ji("uk")`](https://sheffield-university.shinyapps.io/latinr2020-reprohack/)<div class='selected-language'>[`r emo::ji("es")`](https://sheffield-university.shinyapps.io/latinr2020-reprohack-es/)</div>
```{r, echo = F, results='asis'}
if(!is.null(params$registration_url)){
cat(paste0("### [**REGISTER**](", params$registration_url, ")"))
}
```
[](https://reprohack-autoinvite.herokuapp.com/)
##### [ReproHack hackpad](`r params$hackpad_url`): contiene detalles para los participantes
***
# **Bienvenido a `r emo::ji("wave")` **
Estamos muy felices por el progreso logrado por muchos autores para **hacer que sus artículos sean reproducibles asociando código y datos**.
Sabemos que puede ser muy desafiante por eso **queremos destacar el valor de la práctica**, tanto para los autores originales y como una experiencia de aprendizaje para quienes intentan reproducir el trabajo.
## **Formato del evento**:
Durante un ReproHack, **los participantes intentan reproducir investigaciones publicadas de una lista de artículos propuestos que tiene públicamente disponible código y datos asociados**. Los particpantes trabajan con el material de otras personas en un ambiente de baja presion y registran sus experiencias en varios aspectos claves, que incluyen reproducibilidad, transparencia y reutilización de materiales. Al final del día nos reagrupamos, compartimos nuestras experiencias y le damos una devolución a los autores.
Es indispensable destacar que **ReproHacks no son de ningún modo un intento de criticar o desacreditar trabajos**. Creemos que reproducir trabajos es **una actividad científica beneficiosa en sí misma**, con resultados útiles para los autores y expretiencias de aprendizaje valioso para los participantes y la comunidad científica-académica.
***
## **Maneras para participar**
<br>
### `r shiny::icon("newspaper")` **Propone un artículo**
##### Haz puesto mucho esfuerzo en lograr que tu trabajo sea reproducible. ¡Ahora dejemos que la gente aprenda de él y se involucre!
Beneficios para los autores:
- **Feedback** sobre la reproducibilidad de tu trabajo.
- **Reconocimiento** por tus esfuerzo para hacer que tu trabajo sea reproducible.
- Oportunidad para que **otros se invoucren con tu investigación**.
<br>
### `r shiny::icon("redo-alt")` **Reproduce**
##### Únete al ReproHack y empieza a trabajar con el material de otras personas.
Beneficios para los participantes:
- **Experiencia práctica en reproducibilidad** con materiales reales publicados y la oportunidad de explorar diversas herramientas y estrategias.
- **Inspiración** al trabajar con códigos y datos de otras personas.
- El reconocimiento de que la **reproducibilidad no es trivial** sino que ampliar tu trabajo hacia mas personas que se involucren es el mejor modo para poder mejorarlo.
- Una aprecición que la **reproducibilidad tiene valor comunitario que va más allá de solo validación de resultados**. Por ejemplo, acceso a tales materiales aumenta el potencial de que se reutilize y se comprenda el trabajo.
**Beneficio para la comunidad que trabaja en investigación:**
- Apreciación de cuan los artículos reproducibles son ‘out of the box’.
- Evaluar como son las practicas actuales existosas y que propósitos tienen
- Identificar qué funciona y donde se encuentran las debilidades mas marcadas en nuestros enfoques.
<br>
Mantenete al tanto de discusiones y links a los resultados de nuestras sesiones en el evento [**hackpad**](`r params$hackpad_url`)
***
# **PROPONE**
### **Nomina un artículo para ser reproducido:**
Invitamos nominaciones para trabajos que tengan asociados **código** y **datos** disponibles públicamente. También fomentamos los análisis basados en herramientas de código abierto, ya que no podemos garantizar que los participantes tengan acceso a softwares con licencias especializadas.
```{r, echo=FALSE}
library("shiny")
wellPanel(a("Nominar Artículo", class = "btn btn-primary btn-md",
href = params$submission_url))
```
## **Artículos propuestos:**
<br>
```{r, echo=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, eval=require('googlesheets4')}
library(googlesheets4)
options(gargle_oauth_cache = ".secrets",
gargle_oauth_email = "[email protected]")
#googlesheets4::sheets_auth()
googledrive::drive_auth()
```
```{r, echo=FALSE}
print_contact_links <- function(responses, i){
row <- responses[i, ]
twitter <- if(!is.na(row[,"Twitter handle (optional)"])){
twitter_url <- paste0("https://twitter.com/", gsub(" *@ *", "", row[,"Twitter handle (optional)"]))
paste0("[<i class='fa fa-twitter'/>](", twitter_url,")")}else{NULL}
github <- if(!is.na(row[,"GitHub username (optional)"])){
github_url <- paste0("https://github.com/", gsub(" *@ *", "", row[,"GitHub username (optional)"]))
paste0("[<i class='fa fa-github'/>](", github_url,")")}else{NULL}
feedback <- if(row[, "Would you like to receive a copy of any feedback on the paper?"] == "Yes"){
"<i class='fa fa-comment-dots'/>"}else{NULL}
public <- if(row[,"Can feedback on your paper be made public?"] == "Yes"){
"<i class='fa fa-globe'/>"}else{NULL}
return(paste(twitter, github, feedback, public))
}
```
```{r, message=FALSE, results='asis', warning=FALSE, echo=FALSE}
match_length <- 45
responses_gs <- sheets_find(paste(params$submission_form_title))
responses <- sheets_read(responses_gs) %>%
dplyr::mutate(match_name = stringr::str_trunc(.data$`Paper title`, match_length) )
# load feedback
feedback_gs <- sheets_find(paste(params$feedback_form_title))
feedback <- sheets_read(feedback_gs) %>%
dplyr::mutate(match_name = stringr::str_trunc(.data$`Which paper did you attempt?`, match_length) )
responses_joined <- fuzzyjoin::stringdist_left_join(feedback, responses,
by = c(match_name = "match_name"),
max_dist = 10,
method = "qgram",
#method = "cosine",
ignore_case = TRUE) %>%
dplyr::select(.data$`Paper title`,
.data$`Which paper did you attempt?`, dplyr::everything()) %>%
assertr::verify(!is.na(.data$`Which paper did you attempt?`))
stats <- dplyr::group_by(responses_joined, .data$`Paper title`) %>%
dplyr::summarise(no_attempts = dplyr::n(),
mean_repro = mean(.data$`On a scale of 1 to 10, how much of the paper did you manage to reproduce?`) %>%
round())
responses <- dplyr::left_join(responses, stats)
row_n <- nrow(responses)
set.seed(12345)
if(row_n > 0){
random_ids <- sample.int(row_n)
for(j in seq_len(row_n)){
i <- random_ids[j]
cat("<div class='card'>")
cat('\n')
cat('\n')
cat('\n')
cat("### **", j,". ", as.character(responses[i, "Paper title"]), "**", "\n", "\n", sep = "")
cat("**", gsub("\n", "", gsub("[*]", "", as.character(responses[i, "Paper citation"]))), "\n**", "\n", "\n", sep = "")
cat("##### *submitted by ", as.character(responses[i, "Name"]), print_contact_links(responses, i), "*", "\n")
if(!is.na(responses[i, "no_attempts"])){
cat("*No. attempts <i class='fa fa-recycle'/>* ", as.character(responses[i, "no_attempts"]), "\n")
cat("*Mean Repro Score <i class='fas fa-check-circle' />* ", as.character(responses[i, "mean_repro"]), "/10 \n\n")
}
cat('\n')
cat('\n')
cat("**Why should we attempt to reproduce this paper?**", "\n", "\n")
cat(as.character(responses[i, "Why should we attempt to reproduce this paper?"]), "\n")
cat('\n')
cat("**Paper URL:** [", as.character(responses[i, "Paper URL"]),"](",as.character(responses[i, "Paper URL"]) ,")", "\n")
cat('\n')
cat("**Data URL:**", as.character(responses[i, "Data URL"]), "\n")
cat('\n')
cat("**Code URL:**", as.character(responses[i, "Code URL"]), "\n")
cat('\n', "\n")
cat("**Useful programming skills:**", as.character(responses[i, "Useful programming skills"]), "\n")
cat("</div>")
cat('\n', "\n",'\n')
}
}
```
```{r, echo=FALSE}
wellPanel(a("Actualizar lista de Artículos", class = "btn btn-primary btn-md",
href = "javascript:history.go(0)"))
```
***
#### Si quieres ser anfitrión de un ReproHack en tu institución, ¡por favor contactanos!
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### Contacto
Chatea con nosotros por [Slack](https://reprohack-autoinvite.herokuapp.com/) o correo electrónico [[email protected]](mailto:[email protected]).
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