diff --git a/R/annotations.R b/R/annotations.R index 47ad07d..b8380f5 100644 --- a/R/annotations.R +++ b/R/annotations.R @@ -177,7 +177,7 @@ annotations <- function(proteins = NULL, wide = FALSE, ...){ #' #' @noRd import_omnipath_annotations <- function(...){ - .Deprecated('import_omnipath_annotations') + .Deprecated('annotations') annotations(...) } @@ -216,7 +216,7 @@ annotation_resources <- function(dataset = NULL, ...){ #' #' @noRd get_annotation_resources <- function(...){ - .Deprecated('get_annotation_resources') + .Deprecated('annotation_resources') annotation_resources(...) } diff --git a/R/complexes.R b/R/complexes.R index 3ecf600..b7f4217 100644 --- a/R/complexes.R +++ b/R/complexes.R @@ -59,7 +59,7 @@ complexes <- function(...){ #' #' @noRd import_omnipath_complexes <- function(...){ - .Deprecated('import_omnipath_complexes') + .Deprecated('complexes') complexes(...) } @@ -96,6 +96,6 @@ complex_resources <- function(dataset = NULL){ #' #' @noRd get_complex_resources <- function(...){ - .Deprecated('get_complex_resources') + .Deprecated('complex_resources') complex_resources(...) } diff --git a/R/complexes_genes.R b/R/complexes_genes.R index 2605e20..12e0b74 100644 --- a/R/complexes_genes.R +++ b/R/complexes_genes.R @@ -90,6 +90,6 @@ complex_genes <- function( #' #' @noRd get_complex_genes <- function(...){ - .Deprecated('get_complex_genes') + .Deprecated('complex_genes') complex_genes(...) } diff --git a/R/enz_sub.R b/R/enz_sub.R index 108364f..8169678 100644 --- a/R/enz_sub.R +++ b/R/enz_sub.R @@ -67,7 +67,7 @@ enzyme_substrate <- function(...){ #' #' @noRd import_omnipath_enzsub <- function(...){ - .Deprecated('import_omnipath_enzsub') + .Deprecated('enzyme_substrate') enzyme_substrate(...) } @@ -104,7 +104,7 @@ enzsub_resources <- function(dataset = NULL){ #' #' @noRd get_enzsub_resources <- function(...){ - .Deprecated('get_enzsub_resources') + .Deprecated('enzsub_resources') enzsub_resources(...) } diff --git a/R/interactions.R b/R/interactions.R index 2c94ae5..02d618e 100644 --- a/R/interactions.R +++ b/R/interactions.R @@ -150,7 +150,7 @@ omnipath_interactions <- function(...){ #' #' @noRd import_omnipath_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_omnipath_interactions') + .Deprecated('omnipath_interactions') omnipath_interactions(...) } @@ -238,7 +238,7 @@ pathwayextra <- function(...){ #' #' @noRd import_pathwayextra_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_pathwayextra_interactions') + .Deprecated('pathwayextra') pathwayextra(...) } @@ -284,7 +284,7 @@ kinaseextra <- function(...){ #' #' @noRd import_kinaseextra_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_kinaseextra_interactions') + .Deprecated('kinaseextra') kinaseextra(...) } @@ -329,7 +329,7 @@ ligrecextra <- function(...){ #' #' @noRd import_ligrecextra_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_ligrecextra_interactions') + .Deprecated('ligrecextra') ligrecextra(...) } @@ -370,7 +370,7 @@ post_translational <- function(...){ #' #' @noRd import_post_translational_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_post_translational_interactions') + .Deprecated('post_translational') post_translational(...) } @@ -428,7 +428,7 @@ dorothea <- function(dorothea_levels = c('A', 'B'), ...){ #' #' @noRd import_dorothea_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_dorothea_interactions') + .Deprecated('dorothea') dorothea(...) } @@ -474,7 +474,7 @@ tf_target <- function(...){ #' #' @noRd import_tf_target_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_tf_target_interactions') + .Deprecated('tf_target') tf_target(...) } @@ -524,7 +524,7 @@ transcriptional <- function(dorothea_levels = c('A', 'B'), ...){ #' #' @noRd import_transcriptional_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_transcriptional_interactions') + .Deprecated('transcriptional') transcriptional(...) } @@ -599,7 +599,7 @@ mirna_target <- function(...){ #' #' @noRd import_mirnatarget_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_mirnatarget_interactions') + .Deprecated('mirna_target') mirna_target(...) } @@ -642,7 +642,7 @@ tf_mirna <- function(...){ #' #' @noRd import_tf_mirna_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_tf_mirna_interactions') + .Deprecated('tf_mirna') tf_mirna(...) } @@ -685,7 +685,7 @@ lncrna_mrna <- function(...){ #' #' @noRd import_lncrna_mrna_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_lncrna_mrna_interactions') + .Deprecated('lncrna_mrna') lncrna_mrna(...) } @@ -732,7 +732,7 @@ small_molecule <- function(...){ #' #' @noRd import_small_molecule_protein_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_small_molecule_protein_interactions') + .Deprecated('small_molecule') small_molecule(...) } @@ -802,7 +802,7 @@ all_interactions <- function( #' #' @noRd import_all_interactions <- function(...){ - .Deprecated('import_all_interactions') + .Deprecated('all_interactions') all_interactions(...) } @@ -853,7 +853,7 @@ interaction_resources <- function(dataset = NULL){ #' #' @noRd get_interaction_resources <- function(...){ - .Deprecated('get_interaction_resources') + .Deprecated('interaction_resources') interaction_resources(...) } diff --git a/R/intercell.R b/R/intercell.R index 438dd72..b7578c3 100644 --- a/R/intercell.R +++ b/R/intercell.R @@ -176,7 +176,7 @@ intercell <- function( #' #' @noRd import_omnipath_intercell <- function(...){ - .Deprecated('import_omnipath_intercell') + .Deprecated('intercell') intercell(...) } @@ -350,7 +350,7 @@ intercell_resources <- function(dataset = NULL){ #' #' @noRd get_intercell_resources <- function(...){ - .Deprecated('get_intercell_resources') + .Deprecated('intercell_resources') intercell_resources(...) } @@ -665,7 +665,7 @@ intercell_network <- function( #' #' @noRd import_intercell_network <- function(...){ - .Deprecated('import_intercell_network') + .Deprecated('intercell_network') intercell_network(...) } @@ -1261,7 +1261,7 @@ intercell_categories <- function(){ #' #' @noRd get_intercell_categories <- function(...){ - .Deprecated('get_intercell_categories') + .Deprecated('intercell_categories') intercell_categories(...) } @@ -1325,7 +1325,7 @@ intercell_generic_categories <- function(){ #' #' @noRd get_intercell_generic_categories <- function(...){ - .Deprecated('get_intercell_generic_categories') + .Deprecated('intercell_generic_categories') intercell_generic_categories(...) } diff --git a/R/resources.R b/R/resources.R index fc579fa..f9552b1 100644 --- a/R/resources.R +++ b/R/resources.R @@ -94,7 +94,7 @@ resources <- function( #' #' @noRd get_resources <- function(...){ - .Deprecated('get_resources') + .Deprecated('resources') resources(...) }