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"chr111" to indicate synthetic contig +// # concatenate wt and synthetic reference (in that order) +// cat ${wt_reference} <(sed 's/^>chr11/>chr111/' ${syn_reference}) > wt-syn-chr11-ref.fasta - # concatenate wt and synthetic reference - cat ${wt_reference} ${syn_reference} > wt_syn_chr11_ref.fasta +// # Change chromosome and gene names in synthetic GFF +// # Replace "chr11" with "chr111" to indicate synthetic chromosome +// sed 's/chr11/chr111/g' ${syn_gff} > tmp-syn.gff +// # Add "x." prefix to synthetic GFF "ID=" column to indicate synthetic genes +// awk -F'\t' -v OFS='\t' '{ sub(/ID=/, "ID=x.", $9); sub(/Name=/, "Name=x.", $9); print }' tmp-syn.gff > modified-syn-chr11.gff - # concatenate wt and synthetic annotation - cat ${wt_gff} ${syn_gff} > wt_syn_chr11_ref.gff - """ +// # concatenate wt and synthetic annotation +// cat ${wt_gff} modified-syn-chr11.gff > wt-syn-chr11-ref.gff +// """ - stub: - """ - touch wt_syn_chr11_ref.fasta - touch wt_syn_chr11_ref.gff - """ +// stub: +// """ +// touch wt-syn-chr11-ref.fasta +// touch wt-syn-chr11-ref.gff +// """ -} +// } process TRIM_READS { @@ -65,6 +69,7 @@ process TRIM_READS { touch ${read2.simpleName}.trimmed.fastq.gz touch ${sample}.fastp.json """ + } process GENERATE_GENOME_INDEX { @@ -261,8 +266,8 @@ workflow { .splitCsv(header: true) .map{ record -> tuple(record.sample, file(record.read1), file(record.read2)) } - // build reference - BUILD_REFERENCE_TRANSCRIPTOME(file(params.reference.wt), file(params.reference.syn), file(params.annotation.wt), file(params.annotation.syn)) + // // build reference + // BUILD_REFERENCE_TRANSCRIPTOME(file(params.reference.wt), file(params.reference.syn), file(params.annotation.wt), file(params.annotation.syn)) // preprocess reads TRIM_READS(samples_ch) @@ -283,3 +288,16 @@ workflow { SUMMARIZE_TO_GENE(samplesheet_file, SALMON_QUANT.out.collect()) } + +workflow TEST { + + // sample channels + samplesheet_file = file(params.samplesheet) + samples_ch = channel.from(samplesheet_file) + .splitCsv(header: true) + .map{ record -> tuple(record.sample, file(record.read1), file(record.read2)) } + + // preprocess reads + TRIM_READS(samples_ch) + +} diff --git a/nextflow.config b/nextflow.config index 95917ba..42cde96 100644 --- a/nextflow.config +++ b/nextflow.config @@ -3,13 +3,20 @@ params { // general resultsDir = "./results/" - samplesheet = "" + samplesheet = "data/metadata/samplesheet.csv" - // genome files - reference.wt = "data/BY4742-genome/contigs/BY4742.chr11.fasta" - reference.syn = "data/synthetic_yeast/contigs/yeast_chr11_3_39.ref.fasta" - annotation.wt = "data/BY4742-genome/annotation/BY4742.chr11.gff" - annotation.syn = "data/synthetic_yeast/annotation/yeast_chr11_3_39.ref.gff" + // source genome files + reference_wt = "data/genome/BY4742-genome/BY4742.fasta" + annotation_wt = "data/genome/BY4742-genome/BY4742.gff" + reference_syn = "data/genome/syn-yeast-genome/contigs/yeast_chr11_3_39.ref.fasta" + annotation_syn = "data/genome/syn-yeast-genome/annotation/yeast_chr11_3_39.ref.gff" + + // combined genome files + reference = "data/genome/wt-syn-genome/wt-syn-chr11-ref.fasta" + annotation = "data/genome/wt-syn-genome/wt-syn-chr11-ref.gff" + + // TRIM_READS parameters + fastp.args = "" } diff --git a/testdata/metadata/samplesheet.csv b/testdata/metadata/samplesheet.csv new file mode 100644 index 0000000..baad48e --- /dev/null +++ b/testdata/metadata/samplesheet.csv @@ -0,0 +1,10 @@ +Sample,Reference,Condition,read1,read2 +x-dCre-Sir2-plus4,syn_BY4742,dCre-sir2_induced,data/reads/x-dCre-Sir2-plus4_R1_001.fastq.gz,data/reads/x-dCre-Sir2-plus4_R2_001.fastq.gz +x-dCre-Sir2-plus5,syn_BY4742,dCre-sir2_induced,data/reads/x-dCre-Sir2-plus5_R1_001.fastq.gz,data/reads/x-dCre-Sir2-plus5_R2_001.fastq.gz +x-dCre-Sir2-plus6,syn_BY4742,dCre-sir2_induced,data/reads/x-dCre-Sir2-plus6_R1_001.fastq.gz,data/reads/x-dCre-Sir2-plus6_R2_001.fastq.gz 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file mode 100644 index 0000000..47b0a75 Binary files /dev/null and b/testdata/reads/x-dCre-plus4_R2_001.fastq.gz differ diff --git a/testdata/reads/x-dCre-plus5_R1_001.fastq.gz b/testdata/reads/x-dCre-plus5_R1_001.fastq.gz new file mode 100755 index 0000000..b6a8aa9 Binary files /dev/null and b/testdata/reads/x-dCre-plus5_R1_001.fastq.gz differ diff --git a/testdata/reads/x-dCre-plus5_R2_001.fastq.gz b/testdata/reads/x-dCre-plus5_R2_001.fastq.gz new file mode 100755 index 0000000..305a34a Binary files /dev/null and b/testdata/reads/x-dCre-plus5_R2_001.fastq.gz differ diff --git a/testdata/reads/x-dCre-plus6_R1_001.fastq.gz b/testdata/reads/x-dCre-plus6_R1_001.fastq.gz new file mode 100644 index 0000000..fbea81f Binary files /dev/null and b/testdata/reads/x-dCre-plus6_R1_001.fastq.gz differ diff --git a/testdata/reads/x-dCre-plus6_R2_001.fastq.gz b/testdata/reads/x-dCre-plus6_R2_001.fastq.gz new file mode 100644 index 0000000..8151a48 Binary files /dev/null and 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