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numpy
pandas
Pillow
scikit-image
ipympl
matplotlib
imageio[ffmpeg]
imageio[pyav]
# correction CNN training requirements
torchmetrics==0.8.2 # DO NOT change version here, otherwise it will break the training (complaints about Accuracy())
# labelme2coco requirements below
sahi>=0.8.19
jsonschema>=2.6.0
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# Segmentation
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pycocotools
# conda install pytorch torchvision -c pytorch
# [TODO] remove later: required by CSN (correct segmentation network)
pytorch-lightning==2.1.0
# note we need to use multitracker in cv2 legacy
Augmentor
# Segmentation evaluation
# # miseval # TODO: make it optional
cellpose
opencv-contrib-python
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# Tracking
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# For sort tracker
# lap[alldeps]
filterpy
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# Trajectory
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mahotas
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# Visualization
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seaborn
umap-learn
napari[all]