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File metadata and controls

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环境配置

涉及的安装包

VSCode

校内加速链接：VSCode https://share.319.ccsn.dev/d/安装包/VSCodeUserSetup-x64-1.77.1.exe

直接下载链接：https://code.visualstudio.com/sha/download?build=stable&os=win32-x64-user

Micromamba

校内镜像：micromamba https://share.319.ccsn.dev/d/%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%8C%85/micromamba.exe 校外镜像：micromamba https://share.ccsn.dev/d/%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%8C%85/micromamba.exe 不用安装，直接复制到与本文件同目录下即可

微软会弹病毒，进入windows安全中心-病毒和威胁防护-管理设置-添加排除项目，将其加入排除项

Git

校内加速连接 Git （2.40.1）

其他的一些配置

打开VSCODE

页面最下端往上拉，选择终端输入下列代码

设置源为清华源，配置如下

cp .condarc ~/.condarc

创建环境、安装依赖

.\micromamba.exe  env create --file environment.yml

如果报错xxx is missing，关杀毒软件特别是360后重试。

数据库选择

来源：UCSC Xena (xenabrowser.net)，只勾选右侧TCGA Hub，使用其中含有exon expression RNAseq的数据，将数据库右侧括号内名字放入dataset_name，可以使用两个数据库，method一般使用为normal，对比两个数据库差异时为diff

dataset_name = ['LUAD']
method = 'normal'

数值调整

绘图代码中可更改该行代码右侧['n'] <= 的数值来控制筛选出靶标miRNA的最大数量

select = results_sorted_found_coef[results_sorted_found_coef['reproduce'] == True][results_sorted_found_coef['n'] <= 6].copy().iloc[0]

训练模型中可以更改max_run_num的值来控制运行次数，次数越大越准确但耗时更长

max_run_num = 600

运行程序

点击左侧tcga，选择内核igem(Python 3.8.16),点击上侧全部运行

最下方结果图下侧会出现靶标以及对应的权重