Merge branch 'develop' into fdias-2519-change-doi-status-to-registere…

…d-on-deaccession

dataverse-persistence/src/main/resources/Bundle_en.properties

@@ -3078,7 +3078,8 @@ uningest.table.unf=UNF of ingested file
 uningest.table.actions=Action
 uningest.table.uningest.button=Uningest
 uningest.dialog.title=Confirm uningest
-uningest.dialog.text=Do you really want to uningest the file named "{0}"?
+uningest.dialog.text=Do you really want to uningest the selected files?
+uningest.error=Could not uningest the following files
 
 add.dataset.button=Add dataset
 add.dataset.dialog.header=Select dataverse

dataverse-persistence/src/main/resources/Bundle_pl.properties

@@ -2334,8 +2334,8 @@ mydataFragment.errorMessage.NoUserSelected=Przykro mi! U\u017Cytkownik nie zosta
 mydataFragment.errorMessage.UnknownType.Prefix=Przykro mi!  Typ '
 mydataFragment.errorMessage.UnknownType.Suffix=' jest nieznany.
 
-file.provenance=Pochodzenie
-file.editProvenanceDialog=Pochodzenie
+file.provenance=Proweniencja
+file.editProvenanceDialog=Proweniencja
 file.editProvenanceDialog.tip=Proweniencja to zapis \u017Ar\u00F3d\u0142a Twojego pliku danych i wszelkich transformacji, jakie przeszed\u0142. Prze\u015Blij plik JSON z narz\u0119dzia do przechwytywania proweniencji w celu wygenerowania grafu proweniencji swoich danych. Wi\u0119cej informacji mo\u017Cna znale\u017A\u0107 w <a href="{0}/{1}/user/index.html" title="Dataverse User Guide" target="_blank">Podr\u0119czniku u\u017Cytkownika</a>.
 file.editProvenanceDialog.upload.invalidFile=Nie mo\u017Cna przes\u0142a\u0107 pliku. Spr\u00F3buj ponownie u\u017Cywaj\u0105c pliku w formacie JSON.
 file.editProvenanceDialog.uploadSuccess=Przesy\u0142anie uko\u0144czone
@@ -2344,7 +2344,7 @@ file.editProvenanceDialog.noEntitiesError=Przes\u0142any plik z rejestrem prowen
 file.editProvenanceDialog.invalidSchemaError=Przes\u0142any plik z rejestrem proweniencji nie jest zgodny ze standardem PROV W3C.
 file.editProvenanceDialog.bundleFile=Plik z rejestrem proweniencji
 file.editProvenanceDialog.bundleFile.instructions=Plik musi by\u0107 w formacie JSON i spe\u0142nia\u0107 wymogi <a href="https://www.w3.org/Submission/2013/SUBM-prov-json-20130424/" target="_blank">standardu W3C</a>.
-file.editProvenanceDialog.bundleFile.alreadyPublished=Ten plik z rejestrem pochodzenia zosta\u0142 opublikowany i nie mo\u017Cna go zast\u0105pi\u0107 ani usun\u0105\u0107.
+file.editProvenanceDialog.bundleFile.alreadyPublished=Ten plik z rejestrem proweniencji zosta\u0142 opublikowany i nie mo\u017Cna go zast\u0105pi\u0107 ani usun\u0105\u0107.
 file.editProvenanceDialog.bundleEntity=Jednostka (entity) pliku danych
 file.editProvenanceDialog.bundleEntity.placeholder=Po\u0142\u0105cz jednostk\u0119 (entity)\u2026
 file.editProvenanceDialog.bundleEntity.requiredValidation=Warto\u015B\u0107 jest wymagana
@@ -2354,10 +2354,10 @@ file.editProvenanceDialog.bundleEntity.typeHeader=Typ
 file.editProvenanceDialog.bundleEntity.entityHeader=Jednostka (entity)
 file.editProvenanceDialog.selectToAddBtn=Wybierz plik
 file.editProvenanceDialog.description.tip=Mo\u017Cesz r\u00F3wnie\u017C doda\u0107 dokumentacj\u0119 historii Twojego pliku danych, zawieraj\u0105c\u0105 informacje o tym, jak powsta\u0142, jak si\u0119 zmienia\u0142 i kto nad nim pracowa\u0142.
-file.editProvenanceDialog.description=Opis pochodzenia
-file.editProvenanceDialog.description.placeholder=Dodaj opis pochodzenia
-file.confirmProvenanceDialog=Pochodzenie
-file.confirmProvenanceDialog.tip1=Po opublikowaniu tego pliku danych, Twojego pliku z rejestrem pochodzenia nie b\u0119dzie mo\u017Cna edytowa\u0107, ani zast\u0105pi\u0107.
+file.editProvenanceDialog.description=Opis proweniencji
+file.editProvenanceDialog.description.placeholder=Dodaj opis proweniencji
+file.confirmProvenanceDialog=Proweniencja
+file.confirmProvenanceDialog.tip1=Po opublikowaniu tego pliku danych, Twojego pliku z rejestrem proweniencji nie b\u0119dzie mo\u017Cna edytowa\u0107, ani zast\u0105pi\u0107.
 file.confirmProvenanceDialog.tip2=Wybierz "Anuluj" by powr\u00F3ci\u0107 do poprzedniej strony, gdzie mo\u017Cesz obejrze\u0107 podgl\u0105d swojego pliku z rejestrem proweniencji, by potwierdzi\u0107 jego poprawno\u015B\u0107.
 file.metadataTab.provenance.header=Proweniencja pliku
 file.metadataTab.provenance.body=Informacja o proweniencji pliku, kt\u00F3ra pojawi si\u0119 w p\u00F3\u017Aniejszej wersji\u2026
@@ -2370,8 +2370,8 @@ file.provConfirm.empty=Nie dokonano \u017Cadnych zmian.
 file.provAlert.published.json=Zmiany w Twoim pliku z rejestrem proweniencji zosta\u0142y zapisane w zbiorze danych.
 file.provAlert.unpublished.json=Zmiany w Twoim pliku z rejestrem proweniencji zostan\u0105 zapisane w tej wersji zbioru danych po naci\u015Bni\u0119ciu przycisku "Zapisz zmiany".
 file.provAlert.freeform=Zmiany w opisie proweniencji zostan\u0105 zapisane w tej wersji zbioru danych po naci\u015Bni\u0119ciu przycisku "Zapisz zmiany".
-file.provAlert.filePage.published.json=Zmiany w Twoim pliku z rejestrem pochodzenia zosta\u0142y zapisane w zbiorze danych.
-file.provAlert.filePage.unpublished.json=Zmiany w Twoim pliku z rejestrem pochodzenia zosta\u0142y zapisane w tej wersji zbioru danych.
+file.provAlert.filePage.published.json=Zmiany w Twoim pliku z rejestrem proweniencji zosta\u0142y zapisane w zbiorze danych.
+file.provAlert.filePage.unpublished.json=Zmiany w Twoim pliku z rejestrem proweniencji zosta\u0142y zapisane w tej wersji zbioru danych.
 file.provAlert.filePage.freeform=Zmiany w opisie proweniencji zosta\u0142y zapisane w tej wersji zbioru danych.
 
 api.prov.provJsonSaved=Zapisano rejestr proweniencji PROV-JSON dla pliku danych:
@@ -3029,7 +3029,8 @@ uningest.table.unf=UNF zanalizowanego pliku
 uningest.table.actions=Akcje
 uningest.table.uningest.button=Cofnij analiz\u0119
 uningest.dialog.title=Potwierd\u017A cofni\u0119cie analizy
-uningest.dialog.text=Czy na pewno chcesz cofn\u0105\u0107 analiz\u0119 pliku o nazwie "{0}"?
+uningest.dialog.text=Czy na pewno chcesz cofn\u0105\u0107 analiz\u0119 dla zaznaczonych plik\u00F3w?
+uningest.error=Nie uda\u0142o si\u0119 cofn\u0105\u0107 analiz\u0119 dla nast\u0119puj\u0105cych plik\u00F3w
 
 add.dataset.button=Dodaj zbi\u00F3r danych
 add.dataset.dialog.header=Wybierz kolekcj\u0119

dataverse-webapp/src/main/java/edu/harvard/iq/dataverse/DataverseSessionConfigListener.java

@@ -0,0 +1,47 @@
+package edu.harvard.iq.dataverse;
+
+import edu.harvard.iq.dataverse.util.SystemConfig;
+
+import javax.inject.Inject;
+import javax.servlet.ServletContextEvent;
+import javax.servlet.ServletContextListener;
+import javax.servlet.annotation.WebListener;
+import javax.servlet.SessionCookieConfig;
+import java.util.logging.Logger;
+
+@WebListener
+public class DataverseSessionConfigListener implements ServletContextListener {
+    private final SystemConfig systemConfig;
+    private static final Logger logger = Logger.getLogger(DataverseSessionConfigListener.class.getCanonicalName());
+
+    @Inject
+    public DataverseSessionConfigListener(SystemConfig systemConfig) {
+        this.systemConfig = systemConfig;
+    }
+
+    @Override
+    public void contextInitialized(ServletContextEvent sce) {
+        logger.info("Initializing session cookie configuration");
+        SessionCookieConfig sessionCookieConfig = sce.getServletContext().getSessionCookieConfig();
+        String cookieName = systemConfig.getCookieName();
+        if (cookieName != null && !cookieName.isEmpty()) {
+            logger.info("Setting session cookie name to " + cookieName);
+            sessionCookieConfig.setName(cookieName);
+        }
+        String cookieDomain = systemConfig.getCookieDomain();
+        if (cookieDomain != null && !cookieName.isEmpty()) {
+            logger.info("Setting session cookie domain to " + cookieDomain);
+            sessionCookieConfig.setDomain(cookieDomain);
+        }
+        Boolean cookieSecure = systemConfig.getCookieSecure();
+        if (cookieSecure != null && !cookieName.isEmpty()) {
+            logger.info("Setting session cookie secure to " + cookieSecure);
+            sessionCookieConfig.setSecure(cookieSecure);
+        }
+    }
+
+    @Override
+    public void contextDestroyed(ServletContextEvent servletContextEvent) {
+        // nothing to do here
+    }
+}

dataverse-webapp/src/main/java/edu/harvard/iq/dataverse/LoginPage.java

@@ -22,6 +22,7 @@
 import javax.faces.validator.ValidatorException;
 import javax.inject.Inject;
 import javax.inject.Named;
+import java.io.IOException;
 import java.io.UnsupportedEncodingException;
 import java.net.URLDecoder;
 import java.util.ArrayList;
@@ -31,6 +32,7 @@
 import java.util.Random;
 import java.util.logging.Level;
 import java.util.logging.Logger;
+import java.util.regex.Pattern;
 
 /**
  * @author xyang
@@ -184,7 +186,12 @@ public String login() {
             }
 
             logger.log(Level.FINE, "Sending user to = {0}", redirectPage);
-            return redirectPage + (!redirectPage.contains("?") ? "?" : "&") + "faces-redirect=true";
+
+            if(validateIsRedirectUrlAnExternalResource(redirectPage)) {
+                return redirectToExternalResource();
+            } else {
+                return redirectPage + (!redirectPage.contains("?") ? "?" : "&") + "faces-redirect=true";
+            }
         } catch (AuthenticationFailedException ex) {
             numFailedLoginAttempts++;
             op1 = random.nextInt(10);
@@ -212,6 +219,15 @@ public String login() {
         }
     }
 
+    boolean validateIsRedirectUrlAnExternalResource(String urlToValidate) {
+        boolean result = Pattern.compile("^(https?)://[^\\s/$.?#].[^\\s]*$",
+                Pattern.CASE_INSENSITIVE).matcher(urlToValidate).matches();
+        if(!result) {
+            logger.severe("Invalid redirect URL: " + urlToValidate + ". Redirect URL must start with http:// or https://");
+        }
+        return result;
+    }
+
     public void resetFilledCredentials(AjaxBehaviorEvent event) {
         if (selectedCredentialsProvider() == null) {
             return;
@@ -278,6 +294,28 @@ private String redirectToRoot() {
         return "dataverse.xhtml?alias=" + dataverseDao.findRootDataverse().getAlias();
     }
 
+    private String redirectToExternalResource() {
+        try {
+            logger.info("Trying to redirect to external page: " + redirectPage);
+            if(systemConfig.getAllowedExternalRedirectionUrl() == null || systemConfig.getAllowedExternalRedirectionUrl().isEmpty()) {
+                logger.severe("External redirection not allowed.");
+            } else if(redirectPage.startsWith(systemConfig.getAllowedExternalRedirectionUrl())) {
+                FacesContext.getCurrentInstance().getExternalContext().redirect(redirectPage);
+            } else {
+                logger.severe("Chosen redirect page " + redirectPage + " is not allowed. " +
+                        "Allowed pages: " + systemConfig.getAllowedExternalRedirectionUrl());
+            }
+        } catch (IOException e) {
+            logger.severe("Unable to redirect to external page "+ e.getMessage());
+        }
+        // Internal Redirection: Uses navigation handling in JSF, where returning
+        // a string tells JSF which page to navigate to next.
+        // External Redirection: Directly interacts with the HTTP response to send a redirect.
+        // No string return is necessary because the redirection is handled immediately
+        // by the ExternalContext.redirect() method.
+        return "";
+    }
+
     // -------------------- SETTERS --------------------
 
     public void setSelectedSamlIdpId(Long selectedSamlIdpId) {

dataverse-webapp/src/main/java/edu/harvard/iq/dataverse/UningestPage.java

@@ -1,5 +1,6 @@
 package edu.harvard.iq.dataverse;
 
+import edu.harvard.iq.dataverse.common.BundleUtil;
 import edu.harvard.iq.dataverse.ingest.UningestInfoService;
 import edu.harvard.iq.dataverse.ingest.UningestService;
 import edu.harvard.iq.dataverse.persistence.datafile.DataFile;
@@ -11,7 +12,11 @@
 import edu.harvard.iq.dataverse.util.SystemConfig;
 import org.apache.commons.lang.StringUtils;
 import org.omnifaces.cdi.ViewScoped;
+import org.slf4j.Logger;
+import org.slf4j.LoggerFactory;
 
+import javax.faces.application.FacesMessage;
+import javax.faces.context.FacesContext;
 import javax.inject.Inject;
 import javax.inject.Named;
 import java.io.Serializable;
@@ -23,6 +28,7 @@
 @Named("UningestPage")
 public class UningestPage implements Serializable {
 
+    private static final Logger log = LoggerFactory.getLogger(UningestPage.class);
     private UningestService uningestService;
     private DatasetRepository datasetRepository;
     private DataverseSession dataverseSession;
@@ -33,7 +39,7 @@ public class UningestPage implements Serializable {
     private UningestInfoService uningestInfoService;
 
     private List<UningestableItem> uningestableFiles = new ArrayList<>();
-    private UningestableItem toUningest;
+    private List<UningestableItem> selectedFiles = new ArrayList<>();
 
     private Long datasetId;
     private Dataset dataset;
@@ -51,9 +57,9 @@ public Dataset getDataset() {
     public List<UningestableItem> getUningestableFiles() {
         return uningestableFiles;
     }
-    
-    public UningestableItem getToUningest() {
-        return toUningest;
+
+    public List<UningestableItem> getSelectedFiles() {
+        return selectedFiles;
     }
 
     // -------------------- CONSTRUCTORS --------------------
@@ -96,17 +102,33 @@ public String init() {
             return permissionsWrapper.notFound();
         }
         uningestableFiles.addAll(prepareItemList());
+        selectedFiles.clear();
         return StringUtils.EMPTY;
     }
 
     public void uningest() {
-        if (toUningest == null || !dataverseSession.getUser().isAuthenticated()) {
+        if (selectedFiles.isEmpty() || !dataverseSession.getUser().isAuthenticated()) {
             return;
         }
+
         AuthenticatedUser user = (AuthenticatedUser) dataverseSession.getUser();
-        uningestService.uningest(toUningest.getDataFile(), user);
+        List<String> uningestFailedFileNames = new ArrayList<>();
+        selectedFiles.forEach(toUningest -> {
+            try {
+                uningestService.uningest(toUningest.getDataFile(), user);
+            } catch (Exception e) {
+                log.error("Could not uningest data file: {}", toUningest.getDataFile().getId(), e);
+                uningestFailedFileNames.add(toUningest.getFileName());
+            }
+        });
         uningestableFiles = prepareItemList();
-        toUningest = null;
+        selectedFiles.clear();
+
+        if (!uningestFailedFileNames.isEmpty()) {
+            FacesContext.getCurrentInstance().addMessage(null, new FacesMessage(FacesMessage.SEVERITY_ERROR,
+                    BundleUtil.getStringFromBundle("uningest.error"),
+                    uningestFailedFileNames.stream().collect(Collectors.joining(", ", "[", "]. "))));
+        }
     }
 
     public String cancel() {
@@ -127,8 +149,8 @@ public void setDatasetId(Long datasetId) {
         this.datasetId = datasetId;
     }
 
-    public void setToUningest(UningestableItem toUningest) {
-        this.toUningest = toUningest;
+    public void setSelectedFiles(List<UningestableItem> selectedFiles) {
+        this.selectedFiles = selectedFiles;
     }
 
     // -------------------- INNER CLASSES --------------------

dataverse-webapp/src/main/java/edu/harvard/iq/dataverse/settings/SettingsServiceBean.java

@@ -322,6 +322,10 @@ public enum Key {
          * Location and name of Footer customization file
          */
         FooterCustomizationFile,
+        /**
+         * Additional links to be shown in the footer.
+         */
+        FooterAdditionalUrl,
         /**
          * Location and name of CSS customization file (it will be used as an inline style)
          */
@@ -737,7 +741,13 @@ public enum Key {
          * Additional (localized) text to show at the top
          * of the "Add dataset" modal window.
          */
-        SelectDataverseInfo
+        SelectDataverseInfo,
+
+        CookieDomain,
+        CookieName,
+        CookieSecure,
+
+        AllowedExternalRedirectionUrlAfterLogin
         ;
 
 

dataverse-webapp/src/main/java/edu/harvard/iq/dataverse/settings/SettingsWrapper.java

@@ -32,7 +32,8 @@ public class SettingsWrapper implements java.io.Serializable {
     SystemConfig systemConfig;
 
     private final LazyLoaded<Map<String, String>> configuredLocales = new LazyLoaded<>(this::languagesLoader);
-    private final LazyLoaded<Map<String, String>> configuredAboutUrls = new LazyLoaded<>(this::aboutUrlsLoader);
+    private final LazyLoaded<Map<String, String>> configuredAboutUrls = new LazyLoaded<>(() -> urlsLoader(SettingsServiceBean.Key.NavbarAboutUrl));
+    private final LazyLoaded<Map<String, String>> configuredFooterUrls = new LazyLoaded<>(() -> urlsLoader(SettingsServiceBean.Key.FooterAdditionalUrl));
 
     // -------------------- GETTERS --------------------
 
@@ -122,6 +123,10 @@ public Map<String, String> getConfiguredAboutUrls() {
         return configuredAboutUrls.get();
     }
 
+    public Map<String, String> getConfiguredFooterUrls() {
+        return configuredFooterUrls.get();
+    }
+
     public boolean isDataCiteInstallation() {
         String protocol = getEnumSettingValue(SettingsServiceBean.Key.DoiProvider);
         return "DataCite".equals(protocol);
@@ -134,9 +139,9 @@ private Map<String, String> languagesLoader() {
                 .collect(toMap(getKey("locale"), getKey("title"), throwingMerger(), LinkedHashMap::new));
     }
 
-    private Map<String, String> aboutUrlsLoader() {
+    private Map<String, String> urlsLoader(SettingsServiceBean.Key key) {
         String lang = FacesContext.getCurrentInstance().getViewRoot().getLocale().getLanguage();
-        return settingService.getValueForKeyAsListOfMaps(SettingsServiceBean.Key.NavbarAboutUrl).stream()
+        return settingService.getValueForKeyAsListOfMaps(key).stream()
                 .collect(toMap(getKey("url"), getKey("title." + lang), throwingMerger(), LinkedHashMap::new));
     }
 

dataverse-webapp/src/main/java/edu/harvard/iq/dataverse/util/SystemConfig.java

@@ -278,6 +278,23 @@ public String getSelectDataverseInfo(Locale locale) {
         return getLocalizedProperty(SettingsServiceBean.Key.SelectDataverseInfo, locale);
     }
 
+
+    public String getAllowedExternalRedirectionUrl() {
+        return settingsService.getValueForKey(SettingsServiceBean.Key.AllowedExternalRedirectionUrlAfterLogin);
+    }
+
+    public String getCookieName() {
+        return settingsService.getValueForKey(Key.CookieName);
+    }
+
+    public String getCookieDomain() {
+        return settingsService.getValueForKey(Key.CookieDomain);
+    }
+
+    public Boolean getCookieSecure() {
+        return Boolean.parseBoolean(settingsService.getValueForKey(Key.CookieSecure));
+    }
+
     public long getTabularIngestSizeLimit() {
         // This method will return the blanket ingestable size limit, if
         // set on the system. I.e., the universal limit that applies to all