update

02_sesion1.Rmd

@@ -137,7 +137,7 @@ Este es un título breve pero descriptivo para el paquete.
 
 Todos los paquetes de Bioconductor utilizan un esquema de versión x.y.z. Cuando se envía por primera vez a Bioconductor, un paquete debe tener la versión 0.99.0.
 
-Se aplican las siguientes reglas:
+- Se aplican las siguientes reglas:
 
     - x es normalmente 0 para paquetes que aún no han sido liberados.
     - y es par para paquetes liberados, e impar para paquetes en desarrollo. Generalmente, no se debe aumentar este número en el pre-release.
@@ -181,14 +181,13 @@ Para paquetes que incluyen datos, se recomienda NO incluir LazyData: TRUE. Inclu
 
 Todos los paquetes deben estar disponibles a través de biocViews o CRAN de Bioconductor; el uso del campo Remotes: no es soportado, por lo tanto las dependencias sólo disponibles en otros repositorios (e.g. GitHub) no están permitidas.
 
-Un paquete puede ser listado sólo una vez entre Depends, Imports, Suggests, o Enhances. 
-
+- Un paquete puede ser listado sólo una vez entre Depends, Imports, Suggests, o Enhances: 
 
     - Imports: es para paquetes que proporcionan funciones, métodos o clases que se usan dentro del código del paquete. La mayoría de los paquetes están listados aquí.
-
     - Depends: es para paquetes que proporcionan funcionalidad esencial para los usuarios del paquete, por ejemplo, el paquete GenomicRanges se enumera en el campo Depends: de GenomicAlignments. Es poco común que más de tres paquetes aparezcan como Depends:.
-
     - Suggests: es para paquetes usados en viñetas, ejemplos y código condicional. Comúnmente, los paquetes de anotaciones y experimentos (por ejemplo, TxDb*) usados en viñetas y código de ejemplo se incluyen en este campo, evitando así una descarga costosa. 
+    - Enhances: es para paquetes como parallel que mejoran el rendimiento del paquete, pero no son estrictamente necesarios para su funcionalidad.
+
 
 En el caso de que se requiera una función única externa para el código del paquete, la disponibilidad y el uso del paquete pueden hacerse a través de:
 
@@ -198,7 +197,7 @@ if (!requireNamespace('suggPKG', quietly = TRUE))
 suggPKG::function()
 ```
 
-    - Enhances: es para paquetes como parallel que mejoran el rendimiento del paquete, pero no son estrictamente necesarios para su funcionalidad.
+
 
 - biocViews
 

docs/compilación-e-instalación-de-paquetes.html

@@ -304,9 +304,9 @@ <h2><span class="header-section-number">9.2</span> Metadatos de una paquetería<
 <h3><span class="header-section-number">9.2.1</span> Description<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#description" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
 <p>El campo Description describe lo que hace tu paquetería. Suele ser extenso, si requieres escribir múltiples líneas, deben estar indentadas.</p>
 <p>Por ejemplo:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb61"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb61-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb61-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Description: Este paquete contiene todas las funciones generadas en el curso </span></span>
-<span id="cb61-2"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb61-2" tabindex="-1"></a><span class="co">#   de escritura de paqueterías en R. También contiene las funciones que cada </span></span>
-<span id="cb61-3"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb61-3" tabindex="-1"></a><span class="co">#   participante propuso para solucionar un problema relacionado con su trabajo.</span></span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb58"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb58-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb58-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Description: Este paquete contiene todas las funciones generadas en el curso </span></span>
+<span id="cb58-2"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb58-2" tabindex="-1"></a><span class="co">#   de escritura de paqueterías en R. También contiene las funciones que cada </span></span>
+<span id="cb58-3"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb58-3" tabindex="-1"></a><span class="co">#   participante propuso para solucionar un problema relacionado con su trabajo.</span></span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="dependencias" class="section level3 hasAnchor" number="9.2.2">
 <h3><span class="header-section-number">9.2.2</span> Dependencias<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#dependencias" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
@@ -323,14 +323,14 @@ <h3><span class="header-section-number">9.2.2</span> Dependencias<a href="compil
 <p><strong>Nota Importante</strong></p>
 <p>Se recomienda listar los paquetes necesarios para el funcionamiento de nuestro paquete en <em>Imports</em> porque cuando se ponen en <em>Depends</em> se cargan los paquetes completos y probablemente solamente requerimos una o dos funciones.</p>
 <p>Cargar demasiados paquetes completos, sin ser necesario, sólo hace que nuestro paquete se vuelva pesado y lento. Es mejor llamar particularmente a las funciones usando la sintaxis explícita:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb62"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb62-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb62-1" tabindex="-1"></a>Biostrings<span class="sc">::</span><span class="fu">translate</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb59"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb59-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb59-1" tabindex="-1"></a>Biostrings<span class="sc">::</span><span class="fu">translate</span>()</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="cómo-añadir-dependencias" class="section level3 hasAnchor" number="9.2.3">
 <h3><span class="header-section-number">9.2.3</span> ¿Cómo añadir dependencias?<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cómo-añadir-dependencias" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
 <ul>
 <li>Usando usethis:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb63"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb63-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb63-1" tabindex="-1"></a>usethis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_package</span>(<span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>, <span class="at">type =</span> <span class="st">&quot;Imports&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb60"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb60-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb60-1" tabindex="-1"></a>usethis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_package</span>(<span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>, <span class="at">type =</span> <span class="st">&quot;Imports&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Editando manualmente el archivo DESCRIPTION.</li>
 </ul>
@@ -374,22 +374,22 @@ <h2><span class="header-section-number">9.6</span> Instalando la última versió
 <ul>
 <li>Si el paquete se encuentra depositado en CRAN podemos usar la función</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb64"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb64-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb64-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb61"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb61-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb61-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de dplyr usaremos el comando</p>
-<div class="sourceCode" id="cb65"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb65-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb65-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;dplyr&quot;</span>) </span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb62"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb62-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb62-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;dplyr&quot;</span>) </span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Si el paquete se encuentra en Bioconductor usaremos la siguiente función:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb66"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb66-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb66-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb63"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb63-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb63-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de regutools, el paquete desarrollado por miembros de la CDSB, usaremos el comando</p>
-<div class="sourceCode" id="cb67"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb67-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb67-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;regutools&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb64"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb64-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb64-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;regutools&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="instalando-paquetes-desde-github" class="section level2 hasAnchor" number="9.7">
 <h2><span class="header-section-number">9.7</span> Instalando paquetes desde GitHub<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#instalando-paquetes-desde-github" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
 <p>Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio.</p>
-<div class="sourceCode" id="cb68"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb68-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb68-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;usuario/repositorio&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb65"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb65-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb65-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;usuario/repositorio&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar el paquete starwarssay desarrollado por Erick Cuevas (Erickcufe) utilizaremos el siguiente comando:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb69"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb69-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb69-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;Erickcufe/starwarssay&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb66"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb66-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb66-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;Erickcufe/starwarssay&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Independientemente de si el paquete se encuentra en CRAN, Bioconductor, o ninguno de ellos, podemos instalar un paquete depositado en una cuenta de GitHub.</p>
 <p>Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio donde se encuentra depositado el paquete. Con esta información usaremos la siguiente función:</p>
 </div>
@@ -399,15 +399,15 @@ <h2><span class="header-section-number">9.8</span> Instalando un paquete local<a
 <li><p>Paso 1: Abre el proyecto del paquete que estás desarrollando.</p></li>
 <li><p>Paso opcional: Ejecuta la documentación si realizaste algún cambio.</p></li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb70"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb70-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb70-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">document</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb67"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb67-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb67-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">document</span>()</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Paso 2: Construye el paquete:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb71"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb71-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb71-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">build</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb68"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb68-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb68-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">build</span>()</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Paso 3: Instala el paquete desde tu proyecto actual:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb72"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb72-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb72-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">install</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb69"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb69-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb69-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">install</span>()</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="contribuyendo-código" class="section level2 hasAnchor" number="9.9">
 <h2><span class="header-section-number">9.9</span> Contribuyendo código<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#contribuyendo-código" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>

docs/creación-de-viñetas.html

@@ -314,11 +314,11 @@ <h2><span class="header-section-number">8.3</span> Características de una vigne
 </div>
 <div id="cómo-consultar-la-viñeta-de-un-paquete" class="section level2 hasAnchor" number="8.4">
 <h2><span class="header-section-number">8.4</span> ¿Cómo consultar la viñeta de un paquete?<a href="creación-de-viñetas.html#cómo-consultar-la-viñeta-de-un-paquete" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
-<div class="sourceCode" id="cb58"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb58-1"><a href="creación-de-viñetas.html#cb58-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">browseVignettes</span>(<span class="at">package =</span> <span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb55"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb55-1"><a href="creación-de-viñetas.html#cb55-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">browseVignettes</span>(<span class="at">package =</span> <span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="cómo-crear-una-viñeta" class="section level2 hasAnchor" number="8.5">
 <h2><span class="header-section-number">8.5</span> ¿Cómo crear una viñeta?<a href="creación-de-viñetas.html#cómo-crear-una-viñeta" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
-<div class="sourceCode" id="cb59"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb59-1"><a href="creación-de-viñetas.html#cb59-1" tabindex="-1"></a>biocthis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_bioc_vignette</span>(<span class="st">&quot;mi_vignette&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb56"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb56-1"><a href="creación-de-viñetas.html#cb56-1" tabindex="-1"></a>biocthis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_bioc_vignette</span>(<span class="st">&quot;mi_vignette&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Esta función tendrá tres efectos:</p>
 <ul>
 <li>Generar el directorio vignettes en caso que no exista.</li>
@@ -329,7 +329,7 @@ <h2><span class="header-section-number">8.5</span> ¿Cómo crear una viñeta?<a
 <div id="cómo-guardar-y-actualizar-la-viñeta" class="section level2 hasAnchor" number="8.6">
 <h2><span class="header-section-number">8.6</span> ¿Cómo guardar y actualizar la viñeta?<a href="creación-de-viñetas.html#cómo-guardar-y-actualizar-la-viñeta" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
 <p>Una vez que se ha generado el archivo vignettes/mi_vignette.Rmd se hacen las modificaciones necesarias. Puedes usar el comando:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb60"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb60-1"><a href="creación-de-viñetas.html#cb60-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">edit_file</span>(<span class="st">&quot;vignettes/mi_vignette.Rmd&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb57"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb57-1"><a href="creación-de-viñetas.html#cb57-1" tabindex="-1"></a><span class="fu">edit_file</span>(<span class="st">&quot;vignettes/mi_vignette.Rmd&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Para guardar los cambios debes hacer click en el botón Knit o utiliza la combinación de teclas Ctrl/Cmd-Shift-K.</p>
 </div>
 <div id="veamos-un-ejemplo" class="section level2 hasAnchor" number="8.7">