On a va étudier les métadonnées des séquences de SARS-CoV-2 prélevées en Afrique, faisant partie des lignées suivantes telles que définies par Pangolin A, A.11, A.12, A.18, A.19, A.21, A.23, A.23.1, A.25, A.27, A.28, A.29, AY.1, AY.100, AY.106, AY.107, AY.108, AY.109, AY.111, AY.112
Elles sont stockées dans le fichier lineages_of_interest.txt et les métadonnées sous forme de tableau sont stockées dans le fichier covid_example_metadata.tsv. Ces métadonnées peuvent être récupérées en exécutant les commandes suivantes sur son terminal. Il faut auparavant avoir activé son environnement conda où son invite de commande ncbi_datasets a été installée :
bash execute_ncbi_lineages_search_africa.sh -i lineages_of_interest.txt -o covid_example_metadata.tsv
Passez la partie installation si c'est déjà fait sur votre ordinateur.
- Installer Jupyter Notebook sur Windows :
Prérequis : Installer Python (via python.org ou Anaconda). Commandes : Ouvrez l'invite de commande (ou terminal Anaconda) et exécutez :
pip install notebook
jupyter notebook
- Installer Jupyter Notebook sur Linux :
Prérequis : Assurez-vous que Python et pip sont installés. Commandes : Ouvrez un terminal et exécutez :
sudo apt update
sudo apt install python3-pip
pip install notebook
jupyter notebook
Dans les deux cas, Jupyter s'ouvrira dans le navigateur par défaut une fois la commande exécutée.
Taper la commande suivante :
jupyter notebook notebook_covid_metadata_example.ipynb
On peut exécuter une cellule du notebook en tapant Ctrl+Entrée sur son clavier ou sur le sigle
Je vous laisse regarder comment on peut traiter nos données en jetant un coup d'oeil au notebook et en l'exécutant.