Installation de R et RStudio Desktop au MTE
Pour disposer d'une configuration R sur un PC du ministère, il recommandé de suivre les étapes suivantes :
- installer le langage et le logiciel R,
- installer RStudio, l'environnement d'utilisation de R,
- paramétrer le proxy et l'encodage,
- installer les packages les plus courants,
- enjoy ! 🚀
R est à la fois un logiciel dédié aux datasciences et un langage de programmation.
Pour une installation sous Windows, rendez-vous sur cette page : http://cran.r-project.org/bin/windows/base/ et suivez le premier lien pour télécharger l'exécutable d’installation.
Lancez le ensuite avec la configuration par défaut proposée.
RStudio est un environnement d'utilisation du logiciel R. On appelle cela une IDE pour Integrated Development Environment.
Il propose un ensemble d’outils et une interface graphique qui facilitent l’utilisation de R, par exemple l’écriture d’un code, son exécution, son débogage, ou encore la visualisation des résultats.
L'utilisation de RStudio est particulièrement recommandée pour favoriser le partage et la reproductibilité des projets. Également, plusieurs langages de programmation, comme le SQL ou Python sont exécutables depuis cet environnement.
RStudio est téléchargeable depuis https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download.
Choisissez la dernière version stable de RStudio Desktop (version open source et individuelle du produit) et suivez les instructions du programme d’installation.
RTools est nécessaire pour compiler sous Windows les packages disponibles uniquement sous forme de source. Pour l'installer, il faut installer la version de RTools correspondante à la version de R : https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/.
Habituellement, RTools est installé dans le dossier C:\rtoolsXX où XX correspond à la version de RTools. Il faut laisser les options par défaut.
Passer à la partie Ajout de la variable RTOOLS_HOME
Pour installer RTools, il est préférable de l'installer dans le dossier : C:\Users\<UTILISATEUR>\AppData\Local\Programs
Décocher l'ensemble des options par défaut, notamment les options qui écrivent dans le registre.
Passer à la partie Ajout de la variable RTOOLS_HOME
Il faut ajouter la variable RTOOLS_HOME dans le fichier .Renviron pour indiquer à R où est installé Rtools.
Pour se faire, lancer dans la console Rstudio :
file.edit("~/.Renviron")
Puis ajouter les lignes (exemple avec la version 4.2 de RTools):
- Si Rtools est installé sous
C:\rtools42
RTOOLS_HOME="C:\rtools42"
PATH="${RTOOLS_HOME}\usr\bin;${RTOOLS_HOME}\mingw64\bin;${PATH}"- Si Rtools est installé sous
C:\Users\<UTILISATEUR>\AppData\Local\Programs\rtools42
USER="UTILISATEUR"
RTOOLS_HOME="C:\Users\${USER}\AppData\Local\Programs\rtools42"
PATH="${RTOOLS_HOME}\usr\bin;${RTOOLS_HOME}\mingw64\bin;${PATH}"Enfin sauvegarder le fichier .Renvironet redémarrer RStudio pour prendre en compte les changements
Pour accéder aux ressources web avec R, comme les packages, les fonds de carte, il est nécessaire de lui déclarer le proxy à travers lequel nos PC accèdent à internet. Pour cela, deux manière de faire :
-
Ouvrir RStudio et naviguez dans le menu Tools -> Global Options / Packages : cliquez sur "Use Internet Explorer library/proxy for HTTP".
-
Si des problèmes d'accès web persistent, créer un fichier texte appelé .Renviron à mettre dans le répertoire de travail par défaut de RStudio, avec les informations ci-dessous. Pour ce faire, vous pouvez utiliser la commande
usethis::edit_r_environ()après avoir installé le package{usethis}viainstall.packages("usethis").
http_proxy=URL_du_proxy
https_proxy=URL_du_proxy
Pour obtenir l'url de votre proxy, utiliser la commande
curl::ie_get_proxy_for_url()
Ce package package permet de passer d'un environnement de travail avec ou sans proxy (en télétravail par exemple). https://gitlab.com/dreal-datalab/configproxyr/
# install.packages("remotes")
remotes::install_gitlab("dreal-datalab/configproxyr"){configproxyr} contient les fonctions suivantes :
-
check_proxy()vous informe de la configuration de votre proxy dans les fichiers.Renviron,.gitconfiget.ssh/config. -
activate_proxy()active le proxy dans les fichiers.Renviron,.gitconfiget.ssh/config. -
deactivate_proxy()désactive le proxy dans les fichiers.Renviron,.gitconfiget.ssh/config. -
explain_proxy()explique les étapes de configuration du proxy
Afin de pouvoir aisément partager des scripts avec d’autres personnes utilisant des systèmes d’exploitation différents du vôtre (sans avoir de problèmes, par exemple, avec les accents et autres caractères spéciaux), il est recommandé de demander à RStudio d’encoder les scripts par défaut en UTF-8 (encodage universel) : Tools > Global Options > Code > Saving > Default text encoding et choisir UTF-8.
Comme beaucoup de logiciels open source, R est modulaire. C'est à dire qu'on peut augmenter ses fonctionnalités en installant de nouvelles bibliothèques de fonctions, autrement dénommées packages. Nulle question ici pour l'instant de tenir une liste des packages les plus utilisés au ministère. Nous indiquerons juste qu'installer les packages du tidyverse et la librairie {sf} spécifiques pour les objets géographiques est incontournable.
install.packages("tidyverse")
install.packages("sf")Une liste de packages spécifiques aux francophones est tenue à jour ici : https://frrrenchies.github.io/frrrenchies/
Un manière d'installer rapidement de nombreux packages de base est d'en installer quelques-uns qui présentent de nombreuses dépendances, comme {propre.rpls}, qui fournira un environnement complet pour le traitement de données statistiques et leur valorisation au format HTML :
# install.packages("remotes")
remotes::install_gitlab("rdes_dreal/propre.rpls")Pour mettre à jour R sous Windows, la procédure la plus simple est d'utiliser le package {installR} qui permet d'automatiser l'ensemble de la mise à jour.