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Scripts and databases for amplicon and metagenome

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软件和数据库清单(db)

扩增子、宏基因组分析常用软件、数据库、脚本文件

Scripts and databases for amplicon and metagenome

版本:EasyMetagenome v1.11

更新时间:2021/5/19

软件

  • linux:Linux系统下分析软件
    • microbiome_helper:metaphlan2结果转换STAMP格式(metaphlan_to_stamp),picurst结果功能组成绘图(plot_metagenome_contributions.R)
    • Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh:Conda安装程序
    • qiime2-2021.2.tar.gz:QIIME2安装包,解压至conda的envs目录可用
    • qiime2-2021.2-py36-linux-conda.yml:QIIME2软件安装清单,使用conda在线安装
    • sparcc.zip:sparcc网络分析python脚本
    • usearch:扩增子分析流程
    • vsearch:扩增子分析流程(免费64位版usearch)
  • mac:Mac系统下分析软件
    • csvtk:表格分析工具
    • iqtree:进化树构建
    • qiime2-2021.2-py36-osx-conda.yml:QIIME2软件安装清单,使用conda在线安装
    • R-4.0.4.pkg:R语言安装包
    • RStudio-1.4.1106.dmg:RStudio安装包
    • rush:并行管理工具
    • seqkit:序列处理工具
    • taxonkit:NCBI分类处理工具
    • usearch:扩增子分析流程
    • vsearch:扩增子分析流程(免费64位版usearch)
  • win:Windows系统下分析软件
    • STAMP2.1.3:微生物组图形界面差异分析工具
    • 4.0.zip:R语言常用400+包合集,解压至R包安装位置
    • Adobe_Illustrator_CC_2018_v22.1.0.314_x64_zh_CN_Portable.7z:图片拼图、模式图绘制工具
    • csvtk.exe:表格分析工具
    • Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe:网络分析安装包
    • epp510_1828_64bit.exe:文本编辑器
    • FileZilla_3.49.1_win64_sponsored-setup.exe:文件上传下载
    • gephi-0.9.2-windows.exe:网络图绘制工具
    • Git-2.30.2-64-bit.exe:提供Git bash环境
    • iqtree.exe:进化树构建
    • jdk-11.0.7_windows-x64_bin.exe:Java运行环境
    • libiomp5md.dll:动态库,运行中提示缺少时可添加至系统目录
    • muscle.exe:多序列比对工具
    • npp.7.8.9.Installer.x64.exe:文本编辑器NotePad++安装包
    • R-4.0.4-win.exe:R语言安装包
    • RStudio-1.4.1106.exe:RStudio安装包
    • rtools40-x86_64.exe:R源码安装时的编绎工具
    • rush.exe:并行管理工具
    • seqkit.exe:序列处理工具
    • taxonkit.exe:NCBI分类处理工具
    • usearch.exe:扩增子分析流程
    • vsearch.exe:扩增子分析流程(免费64位版usearch)
    • wget.exe:命令行下载工具

数据库

  • gg:GreenGenes细菌16S数据库
    • gg_13_8_otus.tar.gz:13年8月更新OTU数据库,用于usearch有参定量和PICRUSt/BugBase功能预测、QIIME 2制作分类器
  • kegg:KEGG数据库描述信息整理
    • KO_description.txt:KO编号对应的功能描述
    • KO_path.list:KO对应通路(Pathway)
    • ko00001.tsv:KO对应描述、通路、超级通路和分类信息
  • usearch:usearch/vsearch物种分类sintax命令使用数据库
    • rdp_16s_v16_sp.fa.gz:16S的RDP16数据库,usearch作者整理,更16S、ITS和18S数据库见 http://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html
    • rdp_16s_v18.fa.gz:16S的RDP18数据库,易生信团队2021年基于RDP数据库整理
    • utax_reference_dataset_all_04.02.2020.fasta.gz:ITS注释数据库,可从UNITE下载

脚本

  • 使用说明:分析常用脚本类型

    • .R文件为R脚本,使用Rscript命令执行;
    • .sh为Shell脚本,使用/bin/bash命令执行;
    • .pl为Perl脚本,使用perl命令执行;
    • .py为Python脚本,使用python执行,注意还分为python2和python3两种
  • script:微生物组数据分析

    • BugBase:16S扩增子表型预测R脚本和数据库
    • FAPROTAX_1.2.4:16S扩增子元素循环预测Python脚本和数据库
    • table2itol:iTOL进化树注释文件制作R脚本
    • alpha_barplot.R:Alpha多样性指数柱状图+标准差图绘制
    • alpha_boxplot.R:Alpha多样性指数箱线图+统计绘制
    • alpha_rare_curve.R:usearch计算稀释曲线可视化
    • beta_cpcoa.R:基于距离矩阵开展限制性PCoA分析及可视化散点图+分组着色+置信椭圆,要求至少3个分组
    • beta_pcoa.R:基于距离矩阵的主坐标PCoA分析及可视化散点图+分组着色+置信椭圆+组间两两统计
    • BetaDiv.R:更多Beta多样性分析,如PCA、PCoA、NMDS、LDA、CCA、RDA等
    • compare.R:两组比较,支持t.test、wilcox、edgeR三种方法
    • compare_heatmap.R/sh:基于两组比较结果绘制热图
    • compare_manhattan.sh:基于两组比较结果绘制曼哈顿图
    • compare_volcano.R:基于两组比较结果绘制火山图
    • faprotax_report_sum.pl:FARPROTAX分析结果报告整理
    • filter_feature_table.R:按频率过滤OTU表
    • format_dbcan2list.pl:dbcan数据库注释结果整理
    • format2lefse.R:OTU表和物种注释生成LEfSe输入文件
    • format2stamp.R:OTU表和物种注释生成STAMP输入文件
    • kegg_ko00001_htext2tsv.pl:KEGG注释结果整理
    • kraken2alpha.R:Kraken2结果整理、抽平和alpha多样性指数计算
    • mat_gene2ko.R:按类型折叠表格
    • metaphlan_boxplot.R:metaphalan2结果可视化为箱线图
    • metaphlan_hclust_heatmap.R:metaphalan2结果可视化为聚类热图
    • metaphlan_to_stamp.pl:metaphalan2结果转换为STAMP格式
    • otu_mean.R:OTU表统计各组均值
    • otutab_filter_nonBac.R:16S的OTU表按sintax注释结果选择细菌、古菌且过滤叶绿体和线粒体
    • otutab_filter_nonFungi.R:ITS的OTU表选择真菌
    • otutab_freq2count.R:转换频率为伪整数,用于要求整型输入的分析,如多样性、edgeR差异分析等
    • otutab_rare.R:OTU表抽平
    • plot_metagenome_contributions.R:PICRUSt结果物种的功能组成绘制
    • sp_pheatmap.sh:绘制热图
    • sp_vennDiagram.sh:绘制维恩图
    • summarizeAbundance.py:按类型折叠大表,如基因按KEGG的KO合并
    • tax_circlize.R:物种组成圈图
    • tax_maptree.R:物种组成气泡图
    • tax_stackplot.R:物种组成堆叠柱状图

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