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Repositório para manter dados sumarizados do SI-PNI Covid-19

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Repositório para manter dados sumarizados do SI-PNI Covid-19

Descrição dos arquivos

Na pasta doses_estados, os arquivos são separados por estado, e cada um tem os seguintes campos:

campo descrição tipo
vacina fabricante da vacina char: um de "AZ" "Coronavac" "Janssen" "Pfizer"
agegroup faixa etária, representando a faixa etária para uma das duas possíveis divisões (ag_10 ou ag_child) int de 1 a 11
data data de vacinação Date, formato YYYY-MM-DD
doses qual dose do esquema vacinal - primeira, segunda, primeira dose com Janssen, reforço, e adicional char: um de "D1" "D2" "D" "R" "DA"
ag_10 número de vacinas aplicadas para divisão etária de 10 em 10 anos int
ag_child número de vacinas aplicadas para divisão etária considerando faixas especiais para crianças int

Observação: o antigo código "DU" (Dose Única) para a vacina Janssen foi atualizado para "D", representando somente "D", quando a Janssen é a primeira vacina a ser aplicada.

Os códigos das faixas etárias se traduzem:

código ag_10 ag_child
1 0-9 anos 0-4 anos
2 10-19 anos 5-11 anos
3 20-29 anos 12-17 anos
4 30-39 anos 18-29 anos
5 40-49 anos 30-39 anos
6 50-59 anos 40-49 anos
7 60-69 anos 50-59 anos
8 70-79 anos 60-69 anos
9 80-89 anos 70-79 anos
10 90+ anos 80-89 anos
11 90+ anos

Arquivos de saída

Na pasta principal (main), existem cinco arquivos de saída.

  • doses_cobertura_proporcao_mes.csv
  • doses_cobertura_proporcao_semana.csv
  • doses_cobertura_proporcao_mes_ordem.csv
  • doses_cobertura_proporcao_semana_ordem.csv
  • doses_ordem_uf.csv

Enquanto os arquivos 'doses_cobertura_proporcao_mes.csv' e 'doses_cobertura_proporcao_semana.csv' se baseiam na classificação de doses de acordo com os dados informados pelo SI-PNI, os arquivos 'doses_cobertura_proporcao_mes_ordem.csv' e 'doses_cobertura_proporcao_semana_ordem.csv' classificam as doses de acordo com a ordem de aplicação em um mesmo registro de um indivíduo.

doses_cobertura_proporcao_mes.csv

campo descrição tipo
month primeiro dia do mês após a data de aplicação da dose Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup faixa etária (considerando a divisão ag_child) int de 1 a 11
dose população com determinada classificação de dose (ler mais abaixo) factor, levels: D, D1, D2, D2f, R, D1cum, D2cum, Dcum, Rcum
n tamanho da população com certa classificação de dose int
UF sigla da Unidade Federativa factor

doses_cobertura_proporcao_semana.csv

campo descrição tipo
week último dia da semana epidemiológica da data de aplicação da dose Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup faixa etária (considerando a divisão ag_child) int de 1 a 11
dose população com determinada classificação de dose (ler mais abaixo) factor, levels: D, D1, D2, D2f, R, D1cum, D2cum, Dcum, Rcum
n tamanho da população com certa classificação de dose int
UF sigla da Unidade Federativa factor

Para as classificações na coluna dose, utiliza-se os seguintes códigos:

Dose Descrição Cálculo
D1 variação do No de individuos somente com D1 Soma de novas D1 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D1 para D2
D2 variação do No de individuos com D2+ Soma de indivíduos que passaram de D1 para D2 ou D
D2f variação do No de individuos com D2+ sem registro de D1 Soma de registros de D2 sem registro de D1
R variação do No de individuos com R* Soma de registros de R*
D variação do No de individuos com primeira dose com Janssen (D+) soma de registros de primeira dose D (vacina da marca Janssen)
D1cum total acumulado de individuos com somente D1 no tempo t D1 - D2
D2cum total acumulado de individuos com D2+ no tempo t e sem dose de reforço D2 + D2f - R
Rcum total acumulado de individuos com R no tempo t R
Dcum total acumulado de individuos com somente D+ no tempo t D
  • D2+: Indivíduos com ao menos a segunda dose (D2), podendo ter recebido outras doses posteriormente.
  • D+: Indivíduos com primeira dose de Janssen (D), podendo ter recebido outras doses posteriormente.
  • R*: Indivíduos com dose R na terceira posição, e D1 presente no registro.
      Indivíduos com dose R na segunda posição, e D1 ausente no registro.
      Indivíduos com dose D (Janssen) na terceira posição, D1 presente no registro, D2 não é Janssen.
      Indivíduos com dose D (Janssen) na segunda posição, D1 ausente no registro, D2 não é Janssen.

Observações:

  • Esta classificação leva em consideração tanto a classificação de dose (ver tratamento de dados) a partir dos dados informados pelo SI-PNI, quanto a ordem da data de aplicação de cada dose para um mesmo registro (ID). No processamento, os dados de cada estado são avaliados separadamente. Desta forma, eventuais registros de indivíduos que tomaram alguma das doses em estados diferentes poderão ser considerados dois registros distintos.
  • Quando a segunda dose aplicada (de acordo com a ordem) é "D", da marca Janssen, porém a primeira dose é de outra marca, considera-se que o indivíduo passa para D2
  • Para o cálculo da cobertura de doses por estado por mês e semana epidemiológica (arquivos doses_cobertura_proporcao_mes.csv e doses_cobertura_proporcao_semana.csv), são filtrados os registros de indivíduos que receberam D2 no mesmo dia ou antes de D1.
  • Os arquivos doses_por_estado.csv e doses_serie_temporal.csv são arquivos para contagem de doses, porém obsoletos.

doses_cobertura_proporcao_mes_ordem.csv

campo descrição tipo
month primeiro dia do mês após a data de aplicação da dose Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup faixa etária (considerando a divisão ag_child) int de 1 a 11
dose dose de acordo com a ordem de aplicação (ler mais abaixo) factor, levels: D1, D2, D3, D4, D5, D1cum, D2cum, D3cum, D4cum, D5cum
n tamanho da população com certa classificação de dose int
first_dose vacina utilizada na primeira dose (se Janssen ou outra marca) factor, levels: "Janssen", "Other"
UF sigla da Unidade Federativa factor

doses_cobertura_proporcao_semana_ordem.csv

campo descrição tipo
week último dia da semana epidemiológica da data de aplicação da dose Date, formato YYYY-MM-DD
agegroup faixa etária (considerando a divisão ag_child) int de 1 a 11
dose dose de acordo com a ordem de aplicação (ler mais abaixo) factor, levels: D1, D2, D3, D4, D5, D1cum, D2cum, D3cum, D4cum, D5cum
n tamanho da população com certa classificação de dose int
first_dose vacina utilizada na primeira dose (se Janssen ou outra marca) factor, levels: "Janssen", "Other"
UF sigla da Unidade Federativa factor

Esta classificação das doses leva em consideração a ordem das datas de aplicações de doses em um mesmo registro, e ignora a classificação de doses de acordo com os dados fornecidos pelo SI-PNI.

Dose Descrição Cálculo
D1 variação do No de individuos com somente uma dose Soma de novas D1 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D1 para D2
D2 variação do No de individuos com duas doses Soma de novas D2 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D2 para D3
D3 variação do No de individuos com três doses Soma de novas D3 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D3 para D4
D4 variação do No de individuos com quatro doses Soma de novas D4 registradas, subtração de indivíduos que passaram de D4 para D5
D5 variação do No de individuos com cinco doses Soma de novas D5 registradas
D1cum total acumulado de individuos com somente uma dose (D1) no tempo t D1 - D2
D2cum total acumulado de individuos com somente duas doses (D2) no tempo t D2 - D3
D3cum total acumulado de individuos com somente três doses (D3) no tempo t D3 - D4
D4cum total acumulado de individuos com somente quatro doses (D4) no tempo t D4 - D5
D5cum total acumulado de individuos com somente cinco doses (D5) no tempo t D5

Tratamento dos dados

Para classificação dos tipos de doses a partir dos dados brutos do SI-PNI, utiliza-se o seguinte dicionário, na seguinte ordem:

Regex Classificação Exemplo
Reforço R "Dose Reforço", "1º Reforço"
1 D1 "1ª Dose", "1ª Dose Revacinação"
2 D2 "2ª Dose", "2ª Dose Revacinação"
3 3 "3ª Dose", "3ª Dose Revacinação"
4 4 "4ª Dose"
5 5 "5ª Dose"
^Dose$ D "Dose"
Adicional DA "Dose Adicional"
Única D "Única"
Inicial D "Dose Inicial"
Outras combinações NA "Revacinação", "Tratamento com uma dose"

São automaticamente excluídos os seguintes casos:

  • Registros com data de aplicação anterior a 17-jan-2021 e posterior à data de extração do banco
  • Pacientes com data de nascimento anterior a 01-jan-1900
  • Registros de indivíduos (ID) com mais de 5 doses
  • Registros com mais de um mesmo tipo de dose por ID
  • Registros de indivíduos (ID) com mais de uma dose na mesma data de aplicação

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