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dataforgoodfr/lichensgo

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47b21c4 · Jan 9, 2025
Jun 20, 2024
Jun 20, 2024
Dec 19, 2024
Nov 6, 2024
Oct 24, 2024
Jun 20, 2024
Oct 24, 2024
Oct 3, 2024
Oct 4, 2024
Dec 19, 2024
Jun 20, 2024
Jan 9, 2025
Dec 19, 2024
Dec 19, 2024
Jun 20, 2024

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Lichens GO

Lichens GO est un projet visant à étudier et comprendre l'écologie des lichens à travers l'analyse et la visualisation de données. En exploitant divers ensembles de données, le projet cherche à fournir des informations sur les facteurs environnementaux affectant les espèces de lichens et leur distribution.

Ce repo a pour objectif de créer un tableau de bord interactif permettant de visualiser et d'analyser les données écologiques des lichens. La version déployée est disponible ici : https://saisie.lichensgo.eu/resultsLG

Architecture technique

Le dashboard est organisé autour de plusieurs composants :

  • Interface utilisateur : Construite avec Dash pour permettre aux utilisateurs de :

    • Sélectionner des zones géographiques d'intérêt
    • Filtrer les données par période et type de lichen
    • Interagir avec les visualisations en temps réel
  • Visualisation des données : Implémentée avec Plotly pour :

    • Afficher la distribution spatiale des lichens sur une carte interactive
    • Générer différents graphiques de distribution des lichens
  • Géolocalisation : Utilisation de GeoPy pour :

    • Retrouver l'adresse de l'observation sélectionnée par l'utilisateur
  • Backend : Intégration avec Django via DjangoDash pour :

    • Gérer les sessions utilisateurs et les droits d'accès
    • Stocker les préférences et les filtres des utilisateurs
    • Assurer la communication avec la base de données

Guide de contribution

Important :

  • Le backend Django est géré dans un dépôt privé séparé
  • Les données de production sont hébergées sur un serveur dédié
  • La version actuelle du repository repose sur un dump de la base de données Contactez mandresyandri ou benoitfrisque pour obtenir les identifiants de connexion à la base de données (.env)

Prérequis

Installation de Poetry

Poetry est notre gestionnaire de dépendances. Voici les deux méthodes d'installation recommandées :

1. Via pipx (méthode recommandée)
# Installation de pipx sous Ubuntu 23.04+
sudo apt update
sudo apt install pipx
pipx ensurepath

# Installation de Poetry
pipx install poetry
2. Via l'installateur officiel

Consultez la documentation officielle pour les instructions détaillées.

Configuration de l'environnement

1. Création de l'environnement virtuel

python3 -m venv .venv
source .venv/bin/activate

2. Gestion des dépendances avec Poetry

# Installation des dépendances
poetry install

# Ajout d'une dépendance
poetry add <package>

# Mise à jour des dépendances
poetry update

Outils de développement

Tests et qualité du code

# Exécution des pre-commit hooks
pre-commit run --all-files

# Exécution des tests avec Tox
tox -vv

Accès aux données

Configuration de la base de données

Prérequis :

poetry add sqlalchemy psycopg2-binary python-dotenv

Utilisation du module de données

import my_data.datasets as df

# Exemple d'utilisation
lichen_ecology = df.get_lichen_ecology()

Jeux de données disponibles

  • get_environment_data
  • get_lichen_data
  • get_lichen_species_data
  • get_observation_data
  • get_table_data
  • get_tree_data
  • get_tree_species
  • get_lichen_ecology

Exemple de sortie

# Aperçu des données d'écologie des lichens
lichen_ecology.head()

Exécution du Dashboard

Pour lancer le dashboard en local, suivez les étapes ci-dessous :

  1. Activez votre environnement virtuel :

    source .venv/bin/activate
  2. Exécutez le script principal :

    # Pour le dashboard
    python -m dashboard.plotly_app
    
    # Pour le tableau de téléchargement des données
    python -m dashboard_plotly_app_download
  3. Ouvrez votre navigateur et accédez à http://localhost:8050 pour consulter le dashboard.

About

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Resources

License

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Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published