Fix: Atomic stat with multi-system (#4370)

<!-- This is an auto-generated comment: release notes by coderabbit.ai
-->
## Summary by CodeRabbit

- **New Features**
	- Enhanced model prediction process with improved batch handling.
- Restructured output data processing for better compatibility during
concatenation.
	- Added new test data files for water tensor dipole simulations.

- **Bug Fixes**
- Improved error handling for file existence checks and bias restoration
in statistics computation.

- **Documentation**
	- Updated function signatures to reflect internal logic modifications.
- Expanded training data systems in configuration for water tensor
training.
<!-- end of auto-generated comment: release notes by coderabbit.ai -->

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Co-authored-by: pre-commit-ci[bot] <66853113+pre-commit-ci[bot]@users.noreply.github.com>

deepmd/pt/utils/stat.py

@@ -546,7 +546,17 @@ def compute_output_stats_atomic(
         ]
         for kk in keys
     }
-    # shape: (nframes, nloc, ndim)
+    # reshape outputs [nframes, nloc * ndim] --> reshape to [nframes * nloc, 1, ndim] for concatenation
+    # reshape natoms [nframes, nloc] --> reshape to [nframes * nolc, 1] for concatenation
+    natoms = {k: [sys_v.reshape(-1, 1) for sys_v in v] for k, v in natoms.items()}
+    outputs = {
+        k: [
+            sys.reshape(natoms[k][sys_idx].shape[0], 1, -1)
+            for sys_idx, sys in enumerate(v)
+        ]
+        for k, v in outputs.items()
+    }
+
     merged_output = {
         kk: to_numpy_array(torch.cat(outputs[kk]))
         for kk in keys

source/tests/pt/water_tensor/dipole/O78H156/type.raw

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source/tests/pt/water_tensor/dipole/O78H156/type_map.raw

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