Created GapFiller.py #52 #126

src/refinegems/classes/gap_fill/GapFiller.py

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+"""_summary_
+"""
+
+__author__ = "Famke Baeuerle, Gwendolyn O. Döbel and Carolin Brune"
+
+############################################################################
+# requirements
+############################################################################
+
+from abc import ABC, abstractmethod
+
+############################################################################
+# variables
+############################################################################
+
+############################################################################
+# classes
+############################################################################
+
+class GapFiller(ABC):
+
+   def __init__(self) -> None:
+      self.full_gene_list = None
+      self._statistics = dict()
+
+   @abstractmethod
+   def load_gene_list(self):
+      pass
+
+   def get_missing_genes(self, model):
+
+      geneps_in_model = [_.id for _ in model.genes]
+
+      return [_ for _ in self.full_gene_list if _ not in geneps_in_model]
+
+   def fill_model(self, model):
+      pass
+
+   def calculate_stats(self):
+      pass
+
+   def report(self):
+      pass
+
+
+class KEGGapFiller(GapFiller):
+   pass
+
+class BioCycGapFiller(GapFiller):
+   pass
+
+class GeneGapFiller(GapFiller):
+   pass
+
+############################################################################
+# functions
+############################################################################