Merge branch 'release/8.4.0' into main

esmf-org · Oct 24, 2022 · 08b03e5 · 08b03e5
2 parents 69f2aef + 3178f3e
commit 08b03e5
Show file tree

Hide file tree

Showing 78 changed files with 3,307 additions and 12 deletions.
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
@@ -1,3 +1,4 @@
+NUOPC-PROTO-RESULTS
 AsyncIOBlockingProto/PET0.ESMF_LogFile
 AsyncIOBlockingProto/PET1.ESMF_LogFile
 AsyncIOBlockingProto/PET2.ESMF_LogFile
@@ -397,6 +398,7 @@ AtmOcnSelectExternalProto/PET0.ESMF_LogFile
 AtmOcnSelectExternalProto/PET1.ESMF_LogFile
 AtmOcnSelectExternalProto/PET2.ESMF_LogFile
 AtmOcnSelectExternalProto/PET3.ESMF_LogFile
+AtmOcnSelectExternalProto/atmD.so
 AtmOcnSelectExternalProto/atmE.so
 AtmOcnSelectExternalProto/esmApp.stdout
 AtmOcnSelectExternalProto/ocn.so
@@ -674,6 +676,36 @@ DynPhyProto/field_phy_export_adv_PHYEX.nc
 DynPhyProto/field_phy_export_datainit_PHYEX.nc
 DynPhyProto/phy.mod
 DynPhyProto/phy.o
+ESMX_AtmOcnProto/Lumo/liblumo.so
+ESMX_AtmOcnProto/Lumo/liblumo.a
+ESMX_AtmOcnProto/Lumo/lumo.cmake
+ESMX_AtmOcnProto/Lumo/lumo.mod
+ESMX_AtmOcnProto/PET0.ESMF_LogFile
+ESMX_AtmOcnProto/PET1.ESMF_LogFile
+ESMX_AtmOcnProto/PET2.ESMF_LogFile
+ESMX_AtmOcnProto/PET3.ESMF_LogFile
+ESMX_AtmOcnProto/TaWaS/libtawas.so
+ESMX_AtmOcnProto/TaWaS/libtawas.a
+ESMX_AtmOcnProto/TaWaS/tawas.cmake
+ESMX_AtmOcnProto/TaWaS/tawas.mod
+ESMX_AtmOcnProto/build/
+ESMX_AtmOcnProto/esmx.stdout
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/Lumo/liblumo.a
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/Lumo/lumo.cmake
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/Lumo/lumo.mod
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/PET0.ESMF_LogFile
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/PET1.ESMF_LogFile
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/PET2.ESMF_LogFile
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/PET3.ESMF_LogFile
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/TaWaS/libtawas.a
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/TaWaS/tawas.cmake
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/TaWaS/tawas.mod
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/build/
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/externalApp.stdout
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/field_externalImportState_init_sea_surface_temperature.nc
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/field_externalImportState_init_surface_net_downward_shortwave_flux.nc
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/field_externalImportState_sea_surface_temperature.nc
+ESMX_ExternalDriverAPIProto/field_externalImportState_surface_net_downward_shortwave_flux.nc
 ExternalDriverAPIProto/PET0.ESMF_LogFile
 ExternalDriverAPIProto/PET1.ESMF_LogFile
 ExternalDriverAPIProto/PET2.ESMF_LogFile

diff --git a/.gitmodules b/.gitmodules
diff --git a/AsyncIOBlockingProto/Makefile b/AsyncIOBlockingProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AsyncIONonblockingProto/Makefile b/AsyncIONonblockingProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnConOptsProto/Makefile b/AtmOcnConOptsProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnConProto/Makefile b/AtmOcnConProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnCplListProto/Makefile b/AtmOcnCplListProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnCplSetProto/Makefile b/AtmOcnCplSetProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnFDSynoProto/Makefile b/AtmOcnFDSynoProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnIceSimpleImplicitProto/Makefile b/AtmOcnIceSimpleImplicitProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnImplicitProto/Makefile b/AtmOcnImplicitProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnLndProto/Makefile b/AtmOcnLndProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnLndProto/esmApp.runconfig b/AtmOcnLndProto/esmApp.runconfig
@@ -13,6 +13,9 @@ runSeq::
       @1800           # 30min sub cycle driving OCN to show it is parsed ok
         OCN
         @300          # 5min test cycle that does not do anything
+          @@600
+            LND -> ATM  # alarm triggered dummy Connector for testing alarms
+          @@
         @
         LND           # in the 30min sub cycle
       @
@@ -23,9 +26,9 @@ runSeq::
 
 driverAttributes::
   Verbosity = 4609
-  Profiling = 0
+  Profiling = 4096
 ::
 
 ocnAttributes::
-  Verbosity = 0
+  Verbosity = 1
 ::
diff --git a/AtmOcnLogNoneProto/Makefile b/AtmOcnLogNoneProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnMedIngestFromConfigProto/Makefile b/AtmOcnMedIngestFromConfigProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnMedIngestFromInternalProto/Makefile b/AtmOcnMedIngestFromInternalProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnMedPetListProto/Makefile b/AtmOcnMedPetListProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnMedPetListTimescalesProto/Makefile b/AtmOcnMedPetListTimescalesProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnMedPetListTimescalesSplitFastProto/Makefile b/AtmOcnMedPetListTimescalesSplitFastProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnMedProto/Makefile b/AtmOcnMedProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnMirrorFieldsProto/Makefile b/AtmOcnMirrorFieldsProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnPetListProto/Makefile b/AtmOcnPetListProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnProto/Makefile b/AtmOcnProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnRtmTwoTimescalesProto/Makefile b/AtmOcnRtmTwoTimescalesProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnScalarProto/Makefile b/AtmOcnScalarProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 ################################################################################
 

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/ATM-D/Makefile b/AtmOcnSelectExternalProto/ATM-D/Makefile
@@ -57,7 +57,7 @@ include $(ESMFMKFILE)
 atmD.mk:
 
 atmD.so: atmD.o
-	$(ESMF_CXXLINKER) -shared -o $@ $<
+	$(ESMF_F90LINKER) $(ESMF_SO_F90LINKOPTS) $(ESMF_F90LINKPATHS) $(ESMF_F90LINKRPATHS) -o $@ $< $(ESMF_F90ESMFLINKLIBS)
 	mv $@ lib$@
 	rm -f $<
 

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/ATM-E/Makefile b/AtmOcnSelectExternalProto/ATM-E/Makefile
@@ -57,7 +57,7 @@ include $(ESMFMKFILE)
 atmE.mk:
 
 atmE.so: atmE.o
-	$(ESMF_CXXLINKER) -shared -o $@ $<
+	$(ESMF_F90LINKER) $(ESMF_SO_F90LINKOPTS) $(ESMF_F90LINKPATHS) $(ESMF_F90LINKRPATHS) -o $@ $< $(ESMF_F90ESMFLINKLIBS)
 	rm -f $<
 
 # -----------------------------------------------------------------------------

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/ATM-E/atmE.F90 b/AtmOcnSelectExternalProto/ATM-E/atmE.F90
@@ -23,7 +23,7 @@ module atmE
 
   private
 
-  public SetServices
+  public SetVM, SetServices
 
   !-----------------------------------------------------------------------------
   contains
@@ -249,6 +249,15 @@ subroutine Advance(model, rc)
 
 end module
 
+! External access to SetVM
+subroutine SetVM(comp, rc)
+  use ESMF
+  use atmE, only: SetVMModule => SetVM
+  type(ESMF_GridComp) :: comp
+  integer, intent(out) :: rc
+  call SetVMModule(comp, rc)
+end subroutine
+
 ! External access to SetServices
 subroutine SetServices(comp, rc)
   use ESMF

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/Makefile b/AtmOcnSelectExternalProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 # Need a variable that contains only a comma for some of the operations below
 COMMA := ,

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/OcnModelC/Makefile b/AtmOcnSelectExternalProto/OcnModelC/Makefile
@@ -80,7 +80,7 @@ ocn.mk:
 
 # - build everything (including dependencies) into a single shared object
 ocn.so: ocn.o $(DEP_CMPL_OBJS)
-	$(ESMF_CXXLINKER) -shared -o $@ $< $(DEP_LINK_OBJS) $(DEP_SHRD_PATH) $(DEP_SHRD_LIBS)
+	$(ESMF_CXXLINKER) -shared -o $@ $< $(DEP_LINK_OBJS) $(DEP_SHRD_PATH) $(DEP_SHRD_LIBS) $(ESMF_CXXLINKPATHS) $(ESMF_CXXESMFLINKLIBS)
 	rm -f $<
 
 # -----------------------------------------------------------------------------

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/OcnModelC/ocn.F90 b/AtmOcnSelectExternalProto/OcnModelC/ocn.F90
@@ -26,7 +26,7 @@ module ocnC
 
   private
 
-  public SetServices
+  public SetVM, SetServices
 
   !-----------------------------------------------------------------------------
   contains
@@ -312,6 +312,15 @@ subroutine Advance(model, rc)
 
 end module
 
+! External access to SetVM
+subroutine SetVM(comp, rc)
+  use ESMF
+  use ocnC, only: SetVMModule => SetVM
+  type(ESMF_GridComp) :: comp
+  integer, intent(out) :: rc
+  call SetVMModule(comp, rc)
+end subroutine
+
 ! External access to SetServices
 subroutine SetServices(comp, rc)
   use ESMF

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/buildSubs.csh → AtmOcnSelectExternalProto/buildSubs.sh b/AtmOcnSelectExternalProto/buildSubs.csh → AtmOcnSelectExternalProto/buildSubs.sh
@@ -14,6 +14,7 @@ cd ..
 
 cd ATM-D
 make distclean; make
+cp libatmD.so ../atmD.so
 cd ..
 
 cd ATM-E

diff --git a/AtmOcnSelectExternalProto/cleanSubs.csh → AtmOcnSelectExternalProto/cleanSubs.sh b/AtmOcnSelectExternalProto/cleanSubs.csh → AtmOcnSelectExternalProto/cleanSubs.sh
diff --git a/AtmOcnSelectProto/Makefile b/AtmOcnSelectProto/Makefile
@@ -24,6 +24,9 @@ endif
 
 include $(ESMFMKFILE)
 
+# strip quotes around the ESMF_INTERNAL_MPIRUN value
+ESMF_INTERNAL_MPIRUN := $(shell echo $(ESMF_INTERNAL_MPIRUN))
+
 ################################################################################
 # Convert specified options in to macros
 ifneq (,$(findstring A,$(ATM)))