Merge pull request #3 from Ckk3/feature/generate-pdfs

New feature: Generate pdfs

.env

@@ -3,4 +3,5 @@ POSTGRES_USER="postgres"
 POSTGRES_PASSWORD="kd&njf%s7@nme$7"
 FLASKAPP_PORT=5006
 APP_PORT=83
-SECRET_KEY=40da743e52d28395796361da56614621fd4b59cd1338dd4587918fb6d8e18106
+SECRET_KEY="40da743e52d28395796361da56614621fd4b59cd1338dd4587918fb6d8e18106"
+MASTER_KEY="passw@rd"

.env.example

@@ -3,4 +3,5 @@ POSTGRES_USER="postgres"
 POSTGRES_PASSWORD="kd&njf%s7@nme$7"
 FLASKAPP_PORT=5006
 APP_PORT=83
-SECRET_KEY=
+SECRET_KEY=
+MASTER_KEY=

.gitignore

@@ -1,3 +1,6 @@
 __pycache__
 .env
-sqlite3.db
+.idea
+flaskapp/app/graphql/mutations/pdfs/tests/pdfs_created_files_test/*
+instance/
+*.db

Makefile

@@ -1,15 +1,24 @@
+build:
+	docker-compose build --no-cache
 run:
-	docker-compose up -d --build
+	docker-compose up --build
 logs:
 	docker-compose logs -f
 seed:
-	docker exec -it mapa_ga_filipelopesmedbr_flaskapp bash -c "FLASK_APP=app/__init__.py && \
+	docker exec -it evolucao_hospitalar_flaskapp bash -c "FLASK_APP=app/__init__.py && \
 	flask seed"
 terminal:
-	docker exec -it mapa_ga_filipelopesmedbr_flaskapp bash
+	docker exec -it evolucao_hospitalar_flaskapp bash
 shell:
-	docker exec -it mapa_ga_filipelopesmedbr_flaskapp bash -c "flask shell"
+	docker exec -it evolucao_hospitalar_flaskapp bash -c "flask shell"
 migrate:
-	docker exec -it mapa_ga_filipelopesmedbr_flaskapp bash -c "flask db upgrade"
+	docker exec -it evolucao_hospitalar_flaskapp bash -c "flask db upgrade"
 makemigrations:
-	docker exec -it mapa_ga_filipelopesmedbr_flaskapp bash -c 'flask db migrate -m "$(m)"'
+	docker exec -it evolucao_hospitalar_flaskapp bash -c 'flask db migrate -m "$(m)"'
+reset_db:
+	docker exec -it evolucao_hospitalar_flaskapp bash -c ' \
+		rm -rf migrations && \
+		rm -rf instance && \
+		flask db init && \
+		flask db migrate -m "Initial migration" && \
+		flask db upgrade'

README.md

@@ -1,10 +1,10 @@
-# O que é um MAPA?
+# Sistema de Evolução Clínica
 
-MAPA de pacientes é uma ferramenta onde colocamos de forma resumida os dados relevantes dos paciente internados para melhorar o seguimento do cuidado.
+Inicialmente criado com a ideia de ser um registro para acompanhamento de pacientes por médicos de um pronto atendimento, o conceito foi migrado ao notar a debilidade de um Hospital de Pequeno Porte em registrar as condutas de seus pacientes. Esse novo escopo visa ser responsável pela melhoria da comunicação e atenção da equipe.
 
-# Sobre o sistema
+## Ambiente de desenvolvimento
 
-O sistema foi criado para viabilizar um mapa simples, como um projeto piloto pessoal para minha prática médiga em uma Policlínica 
+Para desenvolvimento foi criado um ambiente docker que supre as necessidades da construção, entretando para produção será instalado em um computador Windows de baixo custo da unidade que funcionará como servidor.
 
 ### Gerando secret key
 
@@ -27,13 +27,77 @@ make migrate
 
 ```sh
 make migrate
-make comment="update some table" makemigrations
+make m="update some table" makemigrations
 ```
 
-## Utilizando o alembic no 
+## Utilizando o alembic no ambiente de desenvolvimento
 
 ```sh
+# Abrindo terminal no container flask
+make terminal
 flask db init
 flask db migrate -m "Initial migration"
 flask db upgrade
+```
+
+## Ambiente de produção
+
+Orientações para instalação de todo o sistema em Windows
+
+### instalando dependências
+
+Instalamos o [python](https://www.python.org/downloads/) e o [node](https://nodejs.org/en/download/). Após isso ié necessário [criar um ambiente virtual](https://docs.python.org/pt-br/3/library/venv.html#creating-virtual-environments) e o [yarn] que será necessário para criar a build React:
+
+```sh
+npm install --global yarn
+```
+
+### Realizando a build React
+
+```sh
+cd flaskapp/app/templates/reactapp
+yarn
+yarn build
+```
+
+### Rodando aplicação completa
+
+```sh
+cd flaskapp
+# criando ambiente virtual
+python -m venv path/to/myenv
+# ativando o ambiente virtual
+myenv/Scripts/activate
+FLASK_APP=app/__init__.py
+FLASK_DEBUG=false
+pip install -r requirements.txt
+gunicorn --bind 0.0.0.0:5000 wsgi:app --daemon
+```
+
+### Rodando ao inicializar Windows 7
+
+Salvar arquivo `C:\Users\(username)\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup\run_internment.bat`:
+
+```bat
+@echo off
+cd C:\path\to\project
+myenv/Scripts/activate
+FLASK_APP=app/__init__.py
+FLASK_DEBUG=false
+gunicorn --bind 0.0.0.0:5000 wsgi:app --daemon
+```
+
+# Como rodar os testes
+### Entre no diretorio /app/app
+```cd /app/app```
+### Agora rode os teste utilizando esse comando
+```pytest /app/app/graphql/mutations/pdfs/tests/```
+
+### O resultado é pra ser parecido isso:
+```
+root@d956c3253006:/app/app# pytest /app/app/graphql/mutations/pdfs/tests/
+========================================================================================== test session starts ==========================================================================================platform linux -- Python 3.8.15, pytest-7.1.3, pluggy-1.0.0
+rootdir: /app/app
+plugins: anyio-3.6.1
+collected 819 items
 ```

docker-compose.yml

@@ -1,19 +1,20 @@
 version: "3"
 services:
   flaskapp:
-    container_name: mapa_ga_filipelopesmedbr_flaskapp
+    container_name: evolucao_hospitalar_flaskapp
     restart: always
     build:
       context: ./flaskapp
       dockerfile: Dockerfile
-    environment:
-      - SECRET_KEY=${SECRET_KEY}
     volumes:
       - ./flaskapp:/app
+    environment:
+      - SECRET_KEY=${SECRET_KEY}
+      - MASTER_KEY=${MASTER_KEY}
     ports:
       - "${FLASKAPP_PORT}:5000"
   nginx:
-    container_name: mapa_ga_filipelopesmedbr_nginx
+    container_name: evolucao_hospitalar_nginx
     restart: always
     build:
       context: .

flaskapp/Dockerfile

@@ -12,7 +12,7 @@ RUN pip3 install -r requirements.txt
 COPY . .
 
 ENV FLASK_APP=app/__init__.py
-ENV FLASK_ENV=development
+ENV FLASK_DEBUG=true
 
 EXPOSE 5000
 

flaskapp/app/__init__.py

@@ -1,42 +1,145 @@
-from app.routes.auth import auth as auth_blueprint
-from app.routes.main import main as main_blueprint
-from flask_autocrud import AutoCrud
-from flask_login import LoginManager
-from flask import Flask
+from .env import InstitutionData
+from .graphql import query, type_defs, mutation
+from flask import Flask, request, jsonify, send_from_directory
 from flask_migrate import Migrate
+from ariadne import graphql_sync, make_executable_schema
 from flask_scss import Scss
-from app.models import db
-from app.models import User
+from ariadne.constants import PLAYGROUND_HTML
+from app.models import db, Cid10, Config, Diet, Drug, DrugKindEnum, FluidBalance, NursingActivity, RestingActivity, State
+from flask_cors import CORS
+from app.serializers import ma
+from flask import Blueprint, render_template
+
 import os
 
 app = Flask(__name__)
-app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = 'sqlite+pysqlite:///db.sqlite3'
+app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = 'sqlite:///local.db'
 app.config["SQLALCHEMY_TRACK_MODIFICATIONS"] = False
 app.config['AUTOCRUD_METADATA_ENABLED'] = True
 app.secret_key = os.getenv('SECRET_KEY')
 
 db.init_app(app)
+ma.init_app(app)
+CORS(app)
 
-
-# AutoCrud(app, db)
 migrate = Migrate(app, db)
 Scss(app, static_dir='app/static/css', asset_dir='app/assets/scss')
 
-login_manager = LoginManager()
-login_manager.init_app(app)
 
+main = Blueprint('main', __name__)
+
+
+@app.route('/templates/reactapp/build/<path:path>')
+def send_report(path):
+    return send_from_directory('templates/reactapp/build', path)
+
+
+@main.route('/<path:path>')
+def index(path):
+    return render_template('reactapp/build/index.html')
+
+
+schema = make_executable_schema(type_defs, [query, mutation])
+
+
+@app.route("/api/v1/graphql", methods=["GET"])
+def graphql_playground():
+    '''
+    Create a GraphQL Playground UI for the GraphQL schema
+    '''
+    # Playground accepts GET requests only.
+    # If you wanted to support POST you'd have to
+    # change the method to POST and set the content
+    # type header to application/graphql
+    return PLAYGROUND_HTML
 
-@login_manager.user_loader
-def load_user(user_id):
-    return db.session.query(User).get(user_id)
+# Create a GraphQL endpoint for executing GraphQL queries
+
+
+@app.route("/api/v1/graphql", methods=["POST"])
+def graphql_server():
+    data = request.get_json()
+    success, result = graphql_sync(
+        schema, data, context_value={"request": request})
+    status_code = 200 if success else 400
+    return jsonify(result), status_code
+
+
+app.register_blueprint(main)
+
+'''
+Comandos flask cli
+'''
 
-app.register_blueprint(main_blueprint)
-app.register_blueprint(auth_blueprint)
 
 @app.cli.command("seed")
 def seed():
     """Seed the database."""
-    user_1 = User(username="medico", password="senha@123".encode('utf-8'))
-    db.session.add(user_1)
-    db.session.commit()
-    print(user_1)
+    import csv
+
+    # cadastrando lista de Cid10
+    with open(os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'assets', 'CID-10-DATASUS.csv'), 'r', encoding='ISO-8859-1') as file:
+        csvreader = csv.reader(file, dialect='excel', delimiter=';')
+        next(file)
+        for row in csvreader:
+            cid10 = Cid10(code=row[0], description=row[4])
+            db.session.add(cid10)
+
+    # cadastrando lista de Estados
+    with open(os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'assets', 'ESTADOS-UF.csv'), 'r') as file:
+        csvreader = csv.reader(file, delimiter=',')
+        next(file)
+        for row in csvreader:
+            state = State(ibge_code=int(row[0]), name=row[1], uf=row[2])
+            db.session.add(state)
+
+    # Adicionando configurações das instituições
+    configs = [
+        Config(key='institution_name',
+               value=InstitutionData.NAME[0]),
+        Config(key='institution_cnes', value=InstitutionData.CNES[0]),
+        Config(key='institution_director', value=InstitutionData.DIRECTOR[0]),
+        Config(key='institution_cnpj', value=InstitutionData.CNPJ[0]),
+    ]
+    db.session.bulk_save_objects(configs)
+
+    # Adicionando algumas medicações iniciais
+    drugs = [
+        Drug(name='Dipirona 500mg/mL 2ml', usual_dosage='1g (1 ampola) no momento', usual_route='Intramuscular', comment='Dose pediátrica: (20-25mg/kg/dose), dica: Dividir o peso em kg por 20 é a quantidade em ml a sr administrada EV/IM', kind=DrugKindEnum.oth),
+        Drug(name='Diclofenaco 25mg/ml 3m', usual_dosage='75mg (1 ampola) no momento', usual_route='Intramuscular', kind=DrugKindEnum.oth),
+        Drug(name='Dexametasona 4mg/2,5ml', usual_dosage='10mg (1 ampola) no momento', usual_route='Intramuscular', kind=DrugKindEnum.oth),
+        Drug(name='Nebulização 1ml de adrenalina + 5ml de SF 0,9% + 10 gotas de Ipratrópio 0,25 mg/mL', usual_dosage='1g (1 ampola) no momento', usual_route='Inalatória por via nasal', comment='Zhang L, Sanguebsche LS. The safety of nebulization with 3 to 5 ML of adrenaline (1:1000) in children: An evidence based review. Jornal de Pediatria. 2005;81(3):193–7.  ', kind=DrugKindEnum.oth),
+        Drug(name='Ceftriaxona 1g', usual_dosage='1g 12/12h', usual_route='Endovenoso', comment='Dose pediátrica usual: (50mg/kg/dose) 12/12h', kind=DrugKindEnum.atb),
+        Drug(name='Oxigênio', usual_dosage='Cateter nasal 3L/min se SpO2 < 92%', usual_route='Nasal', kind=DrugKindEnum.oth),
+        Drug(name='Oxigênio', usual_dosage='Cateter nasal 3L/min', usual_route='Nasal', kind=DrugKindEnum.oth),
+    ]
+    db.session.bulk_save_objects(drugs)
+    # Adicionando algumas atividades de enfermagem iniciais
+    nursing_activities = [
+        NursingActivity(name='Aferir sinais vitais 6/6h'),
+        NursingActivity(name='Monitoração multiparamétrica contínua(cardioscopia, pressão arterial, saturação de O2'),
+        NursingActivity(name='Balanço hídrico'),
+    ]
+    db.session.bulk_save_objects(nursing_activities)
+    # Adicionando algumas atividades de descanso
+    resting_activities = [
+        RestingActivity(name='Repouso absoluto, cabeceira elevada 30°, atenção para lesões por pressão. Variar decúbito a cada 2h'),
+        RestingActivity(name='Repouso relativo'),
+    ]
+    # Adicionndo alguns tipos de dieta
+    diets = [
+        Diet(name='Dieta livre'),
+        Diet(name='Dieta branda, para diabéticos (sem carboidratos simples)'),
+        Diet(name='Dieta branda, para hipertensos (hipossódica)'),
+        Diet(name='Dieta branda, para hipertensos e diabéticos'),
+        Diet(name='Dieta pastosa'),
+        Diet(name='Dieta líquida'),
+        Diet(name='Dieta zero')
+    ]
+    # Adicionndo algumas descrições de Balanço hídrico
+    fluid_balance_description = [
+
+    ]
+
+    # Enviando informações para o banco
+    db.session.commit()