以Kmean为出发,进行粗略基因型分型脚本HapClass
- 20230907第一次提交
graph LR
A[原始数据]
B[进行迭代计算优化]
C[预估聚类中心数]
D[基因分型结果]
A-->B-->C-->D
利用vcftool软件进行vcf数据的切割(给大佬磕头)Project website: https://vcftools.github.io/
需要R包pheatmap;getopt;stringr
本脚本进行轻代码化处理
##将自己原始vcf文件放在目录下
sh go.sh [原始vcf] [染色体] [起始位置] [终止位置]
#结果在rusult文件夹中