Update index.md

index.md

@@ -276,69 +276,9 @@ The course provides an overview of molecular modeling and simulations methods in
 </details>
 
 <br>
-Окончание курса
+ ----- Окончание курса ------
 <br>
 
-#### Модуль 3. Дизайн структуры белков (2 недели).
-
-<details><summary><ins>Лекция 8</ins> Методы предсказания структры белков.</summary> Моделирование по гомологии. Создание выравнивания. Оценка качества модели. Детекция фолда. Протягивание. Скрытые марковские модели. Нейросети. Физические методы моделирования и предсказания.
-<a href="https://www.dropbox.com/s/3qiewrq9ahzczcw/Lecture8-9.ppt?dl=0">Слайды лекции.</a> <a href="https://example.com">Видеозапись.</a>
-</details>
-     
-<details><summary><ins>Семинар 8</ins> Знакомство с программами Modeller и AlphaFold.</summary> Знакомство с программой Modeller. Построение структурных моделей по гомологии с с известными структурами.  
-<a href="workshops/Modeller">Протокол семинара.</a>
-</details>
-
-<details><summary><ins>Самостоятельная работа 8</ins></summary> 
-см. описание семинара
-</details>
-
-
-<details><summary><ins>Лекция 9. </ins> Методы дизайна структуры белков.</summary> Физические принципы организации белков. Водородные связи, гидрофобные взаимодействия, взаимодействия ароматических аминокислот. Понятие воронки фолдинга, парадокс Левинталя, расплавленная глобула. Однодоменные и многодоменные белки. Эмпирические функции свободной энергии белков. Создание мутантных белков, термостабильных белков. Предсказание влияния аминокислотных замен. De novo дизайн белков. Подходы к оптимизации структуры. Мультимасштабные подходы. Пример подходов в программе Rosetta. Примеры искусственно созданных белков.
-
-<a href="https://www.dropbox.com/s/3qiewrq9ahzczcw/Lecture8-9.ppt?dl=0">Слайды лекции.</a>
-</details>
-     
-<details><summary><ins>Семинар 9</ins> Знакомство с программой Rossetta.</summary> 
-<a href="workshops/Rosetta">Протокол семинара.</a>
-</details>
-
-<details><summary><ins>Самостоятельная работа 9</ins></summary> 
-см. описание семинара
-</details>
-
-
-
-
-#### Модуль 6. Принципы квантовых расчетов (1 неделя).
-
-
-<details><summary><ins>Лекция 11</ins> Основы квантово-химических расчетов.</summary> Квантовая механика. Стационарное уравнение Шредингера для электрона. Волновые функции. Орбитали атома водорода. Приближение Борна-Оппенгеймера. Спин. Фермионы и принцип Паули. Ab initio подходы. Метод Хартри-Фока. ЛКАО. Молекулярные орбитали. 
-Базисы и базисные функции. Методы учета корреляций электронов. Полуэмпирические методы. Теория функционала плотности (DFT). DFT функционалы и базисы. Методы расчета возбужденных состояний и спектральных характеристик. Методы расчета переноса заряда, теория Маркуса. Методы КМ/ММ. Квантовая МД. Методы расчета парциальных зарядов, заряды по Малликену, RESP. Методы расчета торсионных потенциалов. Программы![image](https://user-images.githubusercontent.com/397204/118412488-f7021c80-b6a2-11eb-8d53-11ce5b3f3b86.png)
-
-<a href="https://www.dropbox.com/s/f1urrwbyg2j73ec/Lecture10.ppt?dl=0">Слайды лекции.</a> 
-</details>
-     
-<details><summary><ins>Семинар 11</ins> Знакомство с программой NWCHEM</summary> 
-<a href="workshops/NWChem">Протокол семинара.</a>
-</details>
-
-<details><summary><ins>Самостоятельная работа 11</ins></summary> 
-см. описание семинара
-</details>
-
-<!-- <details><summary><ins>Лекция 12</ins> Различные подходы.</summary> Методы функционала плотности (DFT). Методы расчета спектральных характеристик. Моделирование химических реакций. Моделирование переноса заряда. Методы КМ/ММ.
-<a href="https://example.com">Слайды лекции.</a> <a href="https://example.com">Видеозапись.</a>
-</details> -->
-     
-<!--<details><summary><ins>Семинар 12</ins> Работа с программой NWCHEM</summary> 
-<a href="https://example.com">Протокол семинара.</a>
-</details>-->
-
-<!--<details><summary><ins>Самостоятельная работа 12</ins></summary> 
-ЗДЕСЬ БУДУТ ДЕТАЛИ ЗАДАНИЯ
-</details> -->
-
 
 ### Assessment