Chain.jl #28
Chain.jl #28
Conversation
Codecov ReportAttention: Patch coverage is
Additional details and impacted files@@ Coverage Diff @@
## main #28 +/- ##
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+ Coverage 86.09% 86.72% +0.63%
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Files 23 24 +1
Lines 985 1047 +62
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+ Hits 848 908 +60
- Misses 137 139 +2 ☔ View full report in Codecov by Sentry. |
| @@ -1,5 +1,5 @@ | |||
| """ | |||
| Residue(atoms::AbstractVector{<:Atom}, range::UnitRange{Int}) | |||
| Residue(atoms::AbstractVector{<:Atom}, range::UnitRange{Int}) | |||
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Aqui por algum motivo você tirou um espaço e a identação está errada.
| @@ -31,6 +31,9 @@ julia> residues[5].chain | |||
| julia> residues[8].range | |||
| 52:58 | |||
|
|
|||
| julia> mass(residues[1]) | |||
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Não sei se aqui vai dar erro, mas testes com números de ponto flutuante (floats) em jldoctest são dor de cabeça, porque se qualquer algarismo variar o teste falha. Os jldoctests comparam exatamente o output gerado com o output esperado, e comparações de igualdade de floats nunca funcionam bem (teria que usar uma comparação aproximada).
| @@ -0,0 +1,146 @@ | |||
| HEADER PDBTools.jl - 144 atoms 22-Nov-24 | |||
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Este PDB ainda tem 1 modelo só e um segmento só. Arrisco dizer que podemos ter problemas nos casos em que isso não é assim.
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não reparei se isto mudou no arquivo
| @test name(chains[3]) == "C" | ||
| @test index.(filter(at -> resname(at) == "ASP" && name(at) == "CA", chains[1])) == [2] | ||
| @test length(findall(at -> resname(at) == "GLN", chains[1])) == 17 | ||
| @test mass(chains[1]) == 353.37881000000016 |
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Comparações de floats tem que sempre ser feitas com aproximadamente (\approx + TAB gera o símbolo de aproximadamente - ou isapprox(x,y).
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corrigir este teste da massa para usar approx
| julia> ats = read_pdb(PDBTools.CHAINSPDB); | ||
|
|
||
| julia> chains = collect(eachchain(ats)) | ||
| Array{Chain,1} with 3 chains. |
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Isto não tínhamos mudado para ˋtypeof(chain)ˋ na função, de forma que aparece ˋVector{Chain}ˋ no ˋshowˋ?
| """ | ||
| Chain(atoms::AbstractVector{<:Atom}, range::UnitRange{Int}) | ||
|
|
||
| Creates a Chain data structure. It contains two fields: `atoms` which is a vector of |
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não acho que faça sentido descrever o conteúdo dos campos da estrutura (sâo internos).
| Base.length(chains::EachChain) = sum(1 for chain in chains) | ||
| Base.firstindex(chains::EachChain) = 1 | ||
| Base.lastindex(chains::EachChain) = length(chains) | ||
| # Base.reverse(chains::EachChain) = reverse(chains) |
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tem um arquivo "chains.pdb" e outro "protein_test.pdb". Não sei qual dos dois você quer manter, mas em todo caso chame ele de "chains.pdb", para deixar claro que é o que é usado nos testes das chains.
Add the capacity of iterating over chains in a pdb file with PDBTools.