RNA-seq

首先识别数据是否为链特异性测序，从而选择不同的参数（STAR除外，软件可以自动识别）

1.文章里是否提及

2.rseqc工具判断

安装

conda install -c bioconda rseqc  
#singularity pull docker://clinicalgenomics/rseqc:4.0.0

运行

infer_experiment.py -r genome.bed -i input.bam
#singularity run ~/rseqc_4.0.0.sif infer_experiment.py -r genome.bed -i input.bam

bed get from gtf file:

wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred
wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToBed
chmod u+x gtfToGenePred genePredToBed
gtfToGenePred genes.gtf genes.genePred
genePredToBed genes.genePred genes.bed

结果判断

1. 反向链特异性测序 fr-firststrand 【理解为 reverse forward 】

This is PairEnd Data
Fraction of reads failed to determine: 0.0176
Fraction of reads explained by "1++,1--,2+-,2-+": 0.0727
Fraction of reads explained by "1+-,1-+,2++,2--": 0.9097

2. 正向链特异性测序 fr-secondstrand 【理解为 forward reverse】

This is PairEnd Data
Fraction of reads failed to determine: 0.0276
Fraction of reads explained by "1++,1--,2+-,2-+": 0.9611
Fraction of reads explained by "1+-,1-+,2++,2--": 0.0113
fr-secondstrand。"1++,1--,2+-,2-+"，意思就是read1在+链，相对的gene也同样在+链上，而read2在+链，相对的gene在-链上。

fr-firststrand。“1+-，1-+，2++，2--”这种，也就是read1在+链，相对的gene其实是在-链（reverse）。这种就是“fr-firststrand”，

1++: 这表示第一读序（read 1）的方向与参考基因组的正链方向相同。

1--: 这表示第一读序（read 1）的方向与参考基因组的负链方向相同。

2+-: 这表示第二读序（read 2）的方向与参考基因组的正链方向相反。

2-+: 这表示第二读序（read 2）的方向与参考基因组的负链方向相反

链特异性数据 软件参数设置

https://rnabio.org/module-09-appendix/0009/12/01/StrandSettings/