Análisis de Mutantes Sólidos de Solanum Tuberosum Gr. Phureja

Grupo de Investigación BIOMOLC
Semillero de Agrigenómica

Universidad Distrital Francisco José de Caldas

Instalación

Para las principales distribuciones basadas en Debian y en Arch Linux.
- Distribución basada en Debian (Ubuntu, Linux Mint, Pop OS!, etc)
```
sudo apt install make git curl
```
- Distribución basada en Arch (Manjaro, Crystal, etc)
```
sudo pacman -Syyu make git curl
```
Esas son las dependencias básicas que permitirán automatizar la instalación de las otras dependencias y programas necesarios.
```
git clone https://github.com/quinterol/BIOMOLC-PhurejaMutante.git Pipeline_Phureja
cd Pipeline_Phureja
make install
```

Uso

Agregar los archivos SRA dentro de ./data/sra para hacer uso de la herramienta, para ello con make se puede acceder a todas las opciones.

Limpieza y Filtrado
```
make trim
```
Alineamiento
```
make align
```
DEA: Análisis de Expresión Diferencial
```
make dea
```
SNPs: Llamado de variantes
```
make snp
```