Análisis de Mutantes Sólidos de Solanum Tuberosum Gr. Phureja

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Grupo de Investigación BIOMOLC
Semillero de Agrigenómica

Universidad Distrital Francisco José de Caldas

Instalación

• Para las principales distribuciones basadas en Debian y en Arch Linux.

  • Distribución basada en Debian (Ubuntu, Linux Mint, Pop OS!, etc)

    sudo apt install make git curl

  • Distribución basada en Arch (Manjaro, Crystal, etc)

    sudo pacman -Syyu make git curl

  Esas son las dependencias básicas que permitirán automatizar la instalación de las otras dependencias y programas necesarios.

  git clone https://github.com/quinterol/BIOMOLC-PhurejaMutante.git Pipeline_Phureja
  cd Pipeline_Phureja
  make install

Uso

Agregar los archivos SRA dentro de ./data/sra para hacer uso de la herramienta, para ello con make se puede acceder a todas las opciones.

• Limpieza y Filtrado

  make trim

• Alineamiento

  make align

• DEA: Análisis de Expresión Diferencial

  make dea

• SNPs: Llamado de variantes

  make snp