Оповещение
Методичку предлагается читать с конца. Идея — в том, чтобы ее разделы выстраивались в хронологическом порядке, по мере их добавления, и наиболее свежие сразу оказывались на виду, а наиболее старые как наиболее фундаментальные, как и полагается, оказывались в фундаменте. Как видно из истории коммитов, методичка — пока в очень и очень черновом варианте, и со временем может быть полностью переписана.
p1m— это просто.ortho, понятное дело, это ортопедия, травматология и ортопедия, ортопедическая хирургия и все такое.
Авторы: ПВЖ.
Редакторы: ПВЖ, ССС.
Везде по умолчанию предпочитаем стандартное американское написание, так же как и в контролируемом словаре MeSH, хотя возможны обоснованные отступления.
Цитата оттуда на этот счет:
Spelling:
American rather than British spelling is preferred: thus Anesthesia rather than Anaesthesia. Occasionally this leads to difficulties. For example, Amoeba is used rather than Ameba because that form of the name is preferred in taxonomical nomenclature' Nevertheless, when we name the disease, we say Amebiasis rather than Amoebiasis.
То же касается грамматики, произношения и других аспектов английского языка: для единообразия предпочитаем и здесь стандартный американский английский (Common US English).
Случайно оказалось, что Кирен Хили пришел к пугающе похожей организации рабочего процесса на ту, к которой пришли и мы в p1m-ortho, что изложил в своем небольшом пособии.
-
СТМЗ: средство трансляции медицинских знаний. Работа с БД.
Ответственные: ПВЖ, САС (?), НТМ (?).
Планируется.
-
Git/GitHub 2: тоньше, глубже, мощней. Документация рабочего процесса.
Ответственные: ПВЖ, ССС (?), САС (?), ЭБД (?).
Планируется.
-
Эффекты и их оценки. Значение для чуть менее, чем всей нашей клинической науки.
Ответственные: САС.
Планируется.
-
Git/GitHub: основы. Применение в написании тезисов.
Ответственные: ССС.
Состоялся 01.02.2019.
-
Studying a Study and Testing a Test Ричарда Ригелмена в 5-м издании.
-
CDC Principles of Epidemiology, веб-издание.
Введение в эпидемиологию от CDC (Centers for Disease Control and Prevention — Роспотребнадзор в США).
-
Biostat Handbook доктора Джона Макдоналда.
-
Более ядреное «Введение в теорию вероятностей и матстатистику» от доктора Хоссейна Пишро-Ника.
-
Cochrane Handbook 5.1 и главы из черновой редакции 6-го издания — важное чтение! чтобы получить доступ, потребуется регистрация на сайте Кокрейна, и лучше сразу сделать ее, потому что она потребуется также и для доступа к кокрейновским специализированным регистрам исследований.
-
Руководство MECIR.
Методологические стандарты Кокрейна по (а) проведению и (б) написанию систематических обзоров литературы.
Четко предписывают, что обязательно должно быть в качественном сисобзоре.
-
PRISMA с расширениями.
Доступно на EQUATOR Network.
-
CONSORT с расширениями.
Доступно на EQUATOR Network.
-
STROBE с расширениями, в том числе RECORD.
Доступно на EQUATOR Network.
-
Справочная документация к поисковому интерфейсу PubMed.
См. историю коммитов для файла METHOD.md в интересующем репозитории. См. например для этого репозитория: https://github.com/p1m-ortho/xk-p1m-ortho-method/commits/master/METHOD.md.
Конкретно для этого репозитория, предназначенного для ведения методического пособия по p1m-ortho, история коммитов METHOD.md отражает изменения, происходящие с самим предметом этого методического пособия, а именно с организацией работы самого p1m-ortho. Данная методичка уже суммирует их в обобщенном виде (иначе говоря, предмет изучения в нашей методичке — сайт p1m-ortho, в истории коммитов файла METHOD.md для этой методички — изменения, происходящие с p1m-ortho). Так же по аналогии и для других репозиториев в p1m-ortho.
Все правки по методам для некоторого репозитория, очевидно, необходимо вносить туда же, в METHOD.md этого самого репозитория.
Язык разметки текста. Почитайте где-нибудь в Интернете.
Составить из трех частей. Без точки в конце
Заголовок, пустая строка и тело. Заголовок совсем коротко, в пределах
50 символов описывает, в чем суть внесенных в файл изменений.
Пустая строка — так принято.
Тело расширенно описывает изменения. Если комментарий — короткий,
только заголовка будет достаточно.
Разнести автоматически на два поля. Без точки в конце
GitHub делает именно это: при подаче коммита он предлагает поле
для заголовка и поле для тела коммита. Тогда разделительная пустая
строка — не нужна. Точка в конце заголовка — тоже не нужна.
Длинные строчки (более 72 символов) разбивайте переносами — вот как
здесь. Потому что, если строчка будет длинной, она не влезет в экран,
и тогда придется его прокручивать по горизонтали. А это неудобно.
Поставить глагол в инфинитив. Без точки в конце
То есть что делать и что сделать, и только так. Такова конвенция.
- С учетом того, что русские буквы в названии не используем, возникает необходимость записать кириллицу латиницей — транслитерировать. Как? Очень просто: как в загранпаспорте РФ.
- Здесь три простые причины.
- (1) Ровно такой же системой пользуется Библиотека Конгресса США (и так же — PubMed) — за одним исключением: Ъ у них '', а не IE.
- (2) Собственно фамилии совпадают с заграном.
- (3) Журналы часто хотят транслитерацию именно такую.
- А, ну и еще рентгенологи на снимках пишут также. Короче, вариантов нет — пользуйтесь этой системой. В частности «я» — это «ia», «ю» — это «iu», мягкие и твердые знаки опускаем, т. к. кавычки и апострофы в названиях не используем.
- Часто приходится сталкиваться с необходимостью обозначить в названии страну, город или тип выполняемой работы (тезис, статья, доклад, обзор и т. д.). На этот счет уже есть установленный список сокращений, который рекомендую использовать.
- Во всяком случае, я использую и буду использовать именно его, и пусть эти сокращения не вызывают у вас вопросов.
- Страны — используем 2-буквенные коды стандарта ISO 3166 alpha-2. Или просто в любом поисковике написать (страна + 3166). Но 2-буквенный код.
| Страна | ISO 3166-1 alpha-2 |
|---|---|
| Россия | RU |
| США | US |
| Англия | GB |
- И так далее.
- Полезная особенность стандарта ISO 3166-1 alpha-2 — в том, что часть кодов в нем выделена для использования на усмотрение пользователей. Что мы и будем делать! Полужирным выделены коды, публикуемые впервые.
| Русский | Английский | ISO 3166-1 alpha-2 |
|---|---|---|
| Весь мир | Worldwide | AA |
| Обзор литературы | Review | XR |
| Работа по методологии | Methodologic research | QM |
| Клиническое исследование | Clinical study | XC |
| Тезис | Abstract | XA |
| Диссертация | Thesis | XT |
| Статья в журнале | Journal article | XJ |
| Доклад | Presentation | XP |
| Организация | Business administration | XB |
| Обучение | Klassenführung | XK |
| Программное обеспечение | Software | XS |
| Частное | Private | ZZ |
| В работе | In progress | XI |
| Отложено | Deterred | XD |
| Поисковый запрос | Query | QS |
| Каталог со ссылками | Umbrella directory | XW |
| Устаревшее | Deprecated | XX |
| Несортированная литература (не рекомендуется) | Unsorted literature (not recommended) | XL |
| Экспертное заключение | Expert report | XE |
| История болезни | Medical record | XM |
| Серая литература | Gray literature | XG |
| Собрано несистематически, не проследить на блок-схеме | Flowless | XF |
| Протокол | Protocol | QP |
- Кроме стран также нередко возникает необходимость упомянуть в названии город. Тогда я пользуюсь сокращениями ИАТА — международные коды-обозначения аэропортов. Или см. в поисковике по (город + код IATA).
- Еще по поводу сокращений. Есть обширнейший словарь сокращений слов под названием LTWA ISSN. Им пользуются, например, при сокращении названий журналов. Какое-нибудь Int J Surg — это по этому словарю. Когда в каком-то названии хотите сократить слово, пользуйтесь и вы этим словарем.
- При написании названий месяцев я пользуюсь традиционными англоязычными сокращениями, чего и вам желаю: Jan, Feb, Mar, Apr, May, Jun, Jul, Aug, Sep, Oct, Nov, Dec — по первым трем буквам.
- Мы строго придерживаемся следующих правил: в названиях файлов, репозиториев, проектов и т. д. использовать только латинские буквы, цифры, дефис и нижнее подчеркивание.
- Никаких других символов (никаких пробелов, русских букв, точек, запятых, кавычек и так далее).
- В остальном ориентируйтесь на тот формат названий, что использую я (@pussiatoday).
Git — 👍. Word — 👎.
SQL — 👍. Excel — 👎.
R Markdown — 👍. PowerPoint — 👎.
Эпидемиологический словарь под ред. Джона Ласта. Ред. русского издания — Василий Власов. Рекомендую всем эту книжку на случай, когда встречается очередной зарубежный термин и возникает вопрос, как его лучше перевести на русский. Правда, как показывает практика, там бывает не все.
Беда, беда с этими опросниками.
Не забудьте, прежде чем приступать к клиническому исследованию, проверить, а не сделано ли оно уже, а если сделано, то, может, его реплицировать?
Что это означает? На самом деле, ряд вещей. Желающие ознакомиться с классическим определением могут сделать это в пункте 1.2.2 кокрейновского справочника. В частности это означает, что важно не только что (какие статьи) нашли, но и где нашли (откуда их взяли).
При изучении статей старайтесь составить себе представление, в первую очередь, не о том, что получили, а что делали (как набирали пациентов, что это были за пациенты, как их распределяли на группы, что затем с ними делали, по каким шкалам все же оценивали результаты, кто выбыл из исследования, а кто дошел до конца, чтобы сложился последовательный рассказ; представляйте, как бы это выглядело, если бы сами присутствовали при этом). В этом принципиальная важность.
И еще такой момент. Не стоит задача просто перевести статью. Перевести статью не роскошь. Стоит задача сложить ясное представление о том, чем занимались (см. выше) люди на другом конце шарика и что они обнаружили (какие цифры).
Наша наука складывается из (а) работы с литературой и (б) работы с клиническим материалом. Принципиально литература — в приоритете, так как из нее складывается представление о том, что известно, а что нет, что требует уточнения — по сути, формирует предпосылки к проведению той иной клинической работы и определяет ее новизну. С другой стороны, всем желающим заниматься наукой предстоит выступать на конференциях, и на конференциях выступают уже обычно с каким-то клиническим материалом. С чем именно, определимся, но прежде, чем приступать к сбору материала, вам предстоит собрать литературу по этой области и ознакомиться с ней.
Каждый будет копать свою тему, но потом будет делиться накопанным с остальными. В конечном счете, все должны владеть всем. Так что пересечения будут, и этого не избежать. Это обыкновенное распределение зон ответственности.
Структура любого научного исследования: цель (какой вопрос у нас возник), актуальность (чего это вдруг он возник), методы (что планировали делать и что фактически делали, чтобы ответить на него), результаты (что получилось), обсуждение (что мы на этот счет думаем). При этом если в методах мы определяем общий шаблон данных, которые хотели получить — условно говоря, создаем названия полей пустой таблицы, которую хотим заполнить,— и планируем, как именно эти данные будем собирать и как заполнять таблицу, то в результатах мы, условно говоря, приводим эту заполненную таблицу, а уже в обсуждении рассказываем, как, на наш взгляд, полученные результаты помогают ответить на вопрос, который изначально у нас был (достигнута ли цель). Ну и в довершение всего — список литературы, и могут быть какие-то приложения. Вот общая структура всякой научной работы. В частности обзор литературы — самая настоящая работа.
Хорошее исследование — это всегда планирование, много планирования. Очень много изнурительного планирования.
http://www.testingtreatments.org/wp-content/uploads/2012/09/TT_2ndEd_English_17oct2011.pdf.
В русском переводе (в хорошем русском переводе): http://www.testingtreatments.org/wp-content/uploads/2018/05/TT-RU_2nd_ed_cover_copyright_fullbook2018.pdf.
И есть даже аудиокнига: https://m.soundcloud.com/user-300012405.
А также еще на 14 языках. http://www.testingtreatments.org.
Расслабьтесь.