fixed names in .Deprecated statements

R/annotations.R

@@ -177,7 +177,7 @@ annotations <- function(proteins = NULL, wide = FALSE, ...){
 #'
 #' @noRd
 import_omnipath_annotations <- function(...){
-    .Deprecated('import_omnipath_annotations')
+    .Deprecated('annotations')
     annotations(...)
 }
 
@@ -216,7 +216,7 @@ annotation_resources <- function(dataset = NULL, ...){
 #'
 #' @noRd
 get_annotation_resources <- function(...){
-    .Deprecated('get_annotation_resources')
+    .Deprecated('annotation_resources')
     annotation_resources(...)
 }
 

R/complexes.R

@@ -59,7 +59,7 @@ complexes <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_omnipath_complexes <- function(...){
-    .Deprecated('import_omnipath_complexes')
+    .Deprecated('complexes')
     complexes(...)
 }
 
@@ -96,6 +96,6 @@ complex_resources <- function(dataset = NULL){
 #'
 #' @noRd
 get_complex_resources <- function(...){
-    .Deprecated('get_complex_resources')
+    .Deprecated('complex_resources')
     complex_resources(...)
 }

R/complexes_genes.R

@@ -90,6 +90,6 @@ complex_genes <- function(
 #'
 #' @noRd
 get_complex_genes <- function(...){
-    .Deprecated('get_complex_genes')
+    .Deprecated('complex_genes')
     complex_genes(...)
 }

R/enz_sub.R

@@ -67,7 +67,7 @@ enzyme_substrate <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_omnipath_enzsub <- function(...){
-    .Deprecated('import_omnipath_enzsub')
+    .Deprecated('enzyme_substrate')
     enzyme_substrate(...)
 }
 
@@ -104,7 +104,7 @@ enzsub_resources <- function(dataset = NULL){
 #'
 #' @noRd
 get_enzsub_resources <- function(...){
-    .Deprecated('get_enzsub_resources')
+    .Deprecated('enzsub_resources')
     enzsub_resources(...)
 }
 

R/interactions.R

@@ -150,7 +150,7 @@ omnipath_interactions <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_omnipath_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_omnipath_interactions')
+    .Deprecated('omnipath_interactions')
     omnipath_interactions(...)
 }
 
@@ -238,7 +238,7 @@ pathwayextra <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_pathwayextra_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_pathwayextra_interactions')
+    .Deprecated('pathwayextra')
     pathwayextra(...)
 }
 
@@ -284,7 +284,7 @@ kinaseextra <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_kinaseextra_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_kinaseextra_interactions')
+    .Deprecated('kinaseextra')
     kinaseextra(...)
 }
 
@@ -329,7 +329,7 @@ ligrecextra <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_ligrecextra_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_ligrecextra_interactions')
+    .Deprecated('ligrecextra')
     ligrecextra(...)
 }
 
@@ -370,7 +370,7 @@ post_translational <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_post_translational_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_post_translational_interactions')
+    .Deprecated('post_translational')
     post_translational(...)
 }
 
@@ -428,7 +428,7 @@ dorothea <- function(dorothea_levels = c('A', 'B'), ...){
 #'
 #' @noRd
 import_dorothea_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_dorothea_interactions')
+    .Deprecated('dorothea')
     dorothea(...)
 }
 
@@ -474,7 +474,7 @@ tf_target <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_tf_target_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_tf_target_interactions')
+    .Deprecated('tf_target')
     tf_target(...)
 }
 
@@ -524,7 +524,7 @@ transcriptional <- function(dorothea_levels = c('A', 'B'), ...){
 #'
 #' @noRd
 import_transcriptional_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_transcriptional_interactions')
+    .Deprecated('transcriptional')
     transcriptional(...)
 }
 
@@ -599,7 +599,7 @@ mirna_target <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_mirnatarget_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_mirnatarget_interactions')
+    .Deprecated('mirna_target')
     mirna_target(...)
 }
 
@@ -642,7 +642,7 @@ tf_mirna <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_tf_mirna_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_tf_mirna_interactions')
+    .Deprecated('tf_mirna')
     tf_mirna(...)
 }
 
@@ -685,7 +685,7 @@ lncrna_mrna <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_lncrna_mrna_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_lncrna_mrna_interactions')
+    .Deprecated('lncrna_mrna')
     lncrna_mrna(...)
 }
 
@@ -732,7 +732,7 @@ small_molecule <- function(...){
 #'
 #' @noRd
 import_small_molecule_protein_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_small_molecule_protein_interactions')
+    .Deprecated('small_molecule')
     small_molecule(...)
 }
 
@@ -802,7 +802,7 @@ all_interactions <- function(
 #'
 #' @noRd
 import_all_interactions <- function(...){
-    .Deprecated('import_all_interactions')
+    .Deprecated('all_interactions')
     all_interactions(...)
 }
 
@@ -853,7 +853,7 @@ interaction_resources <- function(dataset = NULL){
 #'
 #' @noRd
 get_interaction_resources <- function(...){
-    .Deprecated('get_interaction_resources')
+    .Deprecated('interaction_resources')
     interaction_resources(...)
 }
 

R/intercell.R

@@ -176,7 +176,7 @@ intercell <- function(
 #'
 #' @noRd
 import_omnipath_intercell <- function(...){
-    .Deprecated('import_omnipath_intercell')
+    .Deprecated('intercell')
     intercell(...)
 }
 
@@ -350,7 +350,7 @@ intercell_resources <- function(dataset = NULL){
 #'
 #' @noRd
 get_intercell_resources <- function(...){
-    .Deprecated('get_intercell_resources')
+    .Deprecated('intercell_resources')
     intercell_resources(...)
 }
 
@@ -665,7 +665,7 @@ intercell_network <- function(
 #'
 #' @noRd
 import_intercell_network <- function(...){
-    .Deprecated('import_intercell_network')
+    .Deprecated('intercell_network')
     intercell_network(...)
 }
 
@@ -1261,7 +1261,7 @@ intercell_categories <- function(){
 #'
 #' @noRd
 get_intercell_categories <- function(...){
-    .Deprecated('get_intercell_categories')
+    .Deprecated('intercell_categories')
     intercell_categories(...)
 }
 
@@ -1325,7 +1325,7 @@ intercell_generic_categories <- function(){
 #'
 #' @noRd
 get_intercell_generic_categories <- function(...){
-    .Deprecated('get_intercell_generic_categories')
+    .Deprecated('intercell_generic_categories')
     intercell_generic_categories(...)
 }
 

R/resources.R

@@ -94,7 +94,7 @@ resources <- function(
 #'
 #' @noRd
 get_resources <- function(...){
-    .Deprecated('get_resources')
+    .Deprecated('resources')
     resources(...)
 }