gCAP3D: Add gCAP3D installation

source/gcap3d/gCAP3D1.2-v20210722.patch

@@ -0,0 +1,47 @@
+diff --git a/Makefile b/Makefile
+index 8f780a1..d1fd6e7 100644
+--- a/Makefile
++++ b/Makefile
+@@ -1,14 +1,21 @@
+-FFLAGS = -O
++FC = gfortran
++FFLAGS = -O -ffixed-line-length-none
++CC = gcc
+ CFLAGS = ${FFLAGS}
++SACHOME = /opt/sac
+
+-CAP  = cap3D mtdcmp radpttn
++CAP = cap3D cap_dir mtdcmp radpttn
+
+-SUBS = fft.o Complex.o radiats.o grid3d.o futterman.o sacio.o trap.o
++SUBS = fft.o Complex.o radiats.o grid3d.o futterman.o sacio.o trap.o \
++	   nrutil.o jacobi.o eigsrt.o
+
+ all: $(CAP)
+
+-cap3D : %:%.o $(SUBS) cap_sub.o
+-	$(LINK.f) -o $@ $^ -L$(SACHOME)/lib -lsac -lsacio
++cap3D cap_dir: %:%.o $(SUBS) cap_sub.o
++	$(LINK.f) -o $@ $^ -L$(SACHOME)/lib -lsac -lsacio -lm
++
++cap_dir.o: cap3D.c
++	$(COMPILE.c) -DDIRECTIVITY -o $@ $<
+
+ mtdcmp: mtdcmp.o
+ 	$(LINK.f) -o $@ [email protected]
+@@ -16,11 +23,8 @@ mtdcmp: mtdcmp.o
+ radpttn: radpttn.o radiats.o
+ 	$(LINK.c) -o $@ [email protected] radiats.o -lm
+
+-%/mt.all: %/weight.dat
+-	for dp in 10 15 20; do cap3D.pl -G${HOME}/data/models/Glib -H0.2 -P300000/65 -Q0.02 -T50/100 -S2/5/0 -D2/1/0.5 -C0.05/0.3/0.02/0.1 -W1 -X10 -Mcus_$$dp $*; head -1 $*/cus_$$dp.out >> $@; done
+-
+-%/mt.best: %/mt.all
+-	(depth.pl $< $* > $*/depth.ps) >& $@
+-
+ clean:
+-	rm -f $(CAP) *.o
++	rm -f *.o
++
++distclean:
++	rm -f $(CAP)

source/gcap3d/index.rst

@@ -25,3 +25,4 @@ gCAP3D
    :hidden:
 
    introduction
+   install

source/gcap3d/install.rst

@@ -0,0 +1,127 @@
+安装
+====
+
+:本节贡献者: |田冬冬|\（作者）、
+             |姚家园|\（审稿）
+:最近更新日期: 2021-07-22
+
+----
+
+.. include:: /snippets/install-notes.rst_
+
+1.  下载::
+
+        $ wget http://www.eas.slu.edu/People/LZhu/downloads/gCAP3D1.2.tar
+
+2.  解压::
+
+        $ tar -xvf gCAP3D1.2.tar
+
+    将解压得到的 :file:`gCAP3D` 文件夹移至 :file:`~/src/` 目录下::
+
+        $ mkdir -p ~/src/
+        $ mv gCAP3D ~/src/
+
+
+    .. note::
+
+        gCAP3D 软件包在发布的时候，遗留了一些无用的临时文件，执行如下命令即可清除::
+
+            $ cd ~/src/gCAP3D/
+            $ rm .gmtcommands4 20080418093700/.gmtcommands4
+
+3.  修改编译文件
+
+    gCAP3D1.2（下载于 2021-07-22，软件包中文件的最新日期为 2019-09-17）的 :file:`Makefile`
+    存在一些问题，因而需要做一些小修改方可使用。主要修改如下：
+
+    -   添加 ``FC=gfortran`` 指定使用 gfortran 编译器
+    -   给 ``FFLAGS`` 加上 ``-ffixed-line-length-none`` 使得 Fortran 一行可以超过 72 字符
+    -   添加 ``CC = gcc`` 指定使用 gcc 编译器
+    -   添加 ``SACHOME = /opt/sac`` 指定 SAC 软件的安装路径，用户需根据自身实际
+        情况设置变量 ``SACHOME`` 的值
+
+    -   变量 ``SUBS`` 未指定 Numerical Recipes 相关的一些目标文件名，需在变量 ``SUBS`` 的赋值语句最后加上：
+
+        .. code-block:: makefile
+
+            SUBS = fft.o Complex.o radiats.o grid3d.o futterman.o sacio.o trap.o \
+                   nrutil.o jacobi.o eigsrt.o
+
+    -   ``cap3D`` 规则中 ``-lsac -lsacio`` 后加上 ``-lm``
+    -   ``cap3D`` 规则中增加 ``cap_dir`` 规则，并将 ``cap_dir`` 加到变量 ``CAP`` 中，
+        在 ``cap3D`` 规则后增加 ``cap_dir.o`` 规则：
+
+        .. code-block:: makefile
+
+            cap_dir.o: cap3D.c
+                $(COMPILE.c) -DDIRECTIVITY -o $@ $<
+
+    -   ``clean`` 规则修改为 ``clean`` 和 ``distclean`` 规则，这样可以只删除目标文件，
+        同时保留编译好的二进制命令文件：
+
+        .. code-block:: makefile
+
+            clean:
+                rm -f *.o
+
+            distclean:
+                rm -f $(CAP)
+
+    .. note::
+
+        为了便于用户使用，我们对相关文件做了以上修改，并提供了 patch 文件，供用户使用。
+        下载 patch 文件 :download:`gCAP3D1.2-v20210722.patch`，
+        将其放在 gCAP3D  源码目录下，然后执行如下命令即可修改源码::
+
+            $ cd ~/src/gCAP3D/
+            $ patch < gCAP3D1.2-v20210722.patch
+
+    .. note::
+
+        我们已经将以上 BUG 报告给原作者，在新版本中这些问题可能会得到修复。
+
+4.  进入源码目录并编译::
+
+        $ cd ~/src/gCAP3D/
+        $ make
+        $ make clean
+
+5.  修改环境变量，将 gCAP3D 路径添加到 **PATH** 中::
+
+        $ echo 'export PATH=${HOME}/src/gCAP3D/:${PATH}'>> ~/.bashrc
+        $ source ~/.bashrc
+
+6.  检查安装是否成功
+
+    .. note::
+
+        运行脚本 :file:`cap3D.pl` 中包含了两个绝对路径，需要根据自身实际情况进行修改后
+        才能成功运行：
+
+        -   第 17 行 ``require "$home/Src/cap/cap_plt.pl";`` 中 :file:`cap_plt.pl`
+            的绝对路径需修改为：
+
+            .. code-block:: perl
+
+               require "${HOME}/src/gCAP3D/cap_plt.pl";
+
+        -   第 21 行 ``$green = "$home/data/models/Glib";`` 中的变量 ``$green``
+            是计算的格林函数库的绝对路径。如果不知道如何修改的话，就直接用默认值，
+            并使用如下命令新建这个目录::
+
+                $ mkdir -p ~/data/models/Glib
+
+    终端键入 ``cap3D.pl`` 若出现帮助信息则表示安装成功。
+
+.. note::
+
+    :file:`cap_plt.pl` 脚本的主要修改是在第 6 行之后加上如下语句::
+
+        system "gmtset MEASURE_UNIT inch";
+        system "gmtset PAGE_ORIENTATION portrait";
+
+    - 第一句设置默认单位为英寸（inch）。Lupei Zhu 的 GMT 版本默认使用了 US 单位制，
+      脚本中所有未显式指定单位的值使用的都是 inch。但是，其他人通常使用的都 是 SI 单位制，
+      会将这些未显式指定单位的值使用默认单位厘米（cm）
+    - 第二句设置设置纸张方向为 Portrait 模式