Skip to content

Commit

Permalink
Add files via upload
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
shelkmike authored Dec 21, 2023
1 parent 409e27c commit a1f4ae6
Showing 1 changed file with 2 additions and 8 deletions.
10 changes: 2 additions & 8 deletions dot_plot_like_in_BLAST.py
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -42,19 +42,13 @@
import plotly


#Сначала проверяю, есть ли "blastn" и "makeblastdb" в $PATH. Если нет, то напишу об этом на экран и закончу работу.
#Сначала проверяю, все ли нужные программы доступны. Все проблемы запишу в список l_unavailable_files_and_folders, и потом напечатаю его. Если пользователь допустил ошибки ещё и в командной строке, то напечатаю оба списка проблем (недоступные программы и ошибки в командной строке) сразу.
l_unavailable_files_and_folders = []
if shutil.which("blastn") is None:
l_unavailable_files_and_folders.append("\"blastn\" is not in $PATH")
if shutil.which("makeblastdb") is None:
l_unavailable_files_and_folders.append("\"makeblastdb\" is not in $PATH")

if shutil.which("blastn") is None:
sys.exit("Error: \"blastn\" is not in $PATH. Before running Dot_plot_like_in_BLAST, please add the path to the folder with blastn using the command like: \nexport PATH=\"/home/tools/BLAST+/bin/\":$PATH")
if shutil.which("makeblastdb") is None:
sys.exit("Error: \"blastn\" is not in $PATH. Before running Dot_plot_like_in_BLAST, please add the path to the folder with blastn using the command like: \nexport PATH=\"/home/tools/BLAST+/bin/\":$PATH")


#делаю парсинг аргументов командной строки. Можно было бы использовать argparse, но когда я делаю это без библиотек, то больше возможностей для того, чтобы сделать интерфейс таким, какой мне нравится.

s_command_line = " ".join(sys.argv) #команда, которой запущен Dot_plot_like_in_BLAST, в одну строку.
Expand All @@ -81,7 +75,7 @@
s_path_to_the_output_folder = "./Dot_plot_like_in_BLAST__results" #Путь к выходной папке.


s_version_of_Dot_plot_like_in_BLAST = "1.3"
s_version_of_Dot_plot_like_in_BLAST = "1.4"


l_errors_in_command_line = [] #список ошибок в командной строке. Если пользователь совершил много ошибок, то Dot_plot_like_in_BLAST напишет про них все, а не только про первую встреченную.
Expand Down

0 comments on commit a1f4ae6

Please sign in to comment.