微共线性(Microsynteny)三个及以上物种比对问题

[sdhzwpz]

作者你好，我发现你在多序列微共线性模块展示了graph，peach以及cacao之间的共线性，最终绘图则是用peach和cacao都去和grape比对，那能否最终绘图能否用peach比对grape，再用grape比对cacao再用cacao比对一条其他物种的染色体这种线性的可视化方式呢，如果现在可以实现能否附一下具体步骤？万分感谢

[tanghaibao]

@sdhzwpz

wiki里面有三个物种的范例，不知道你有没有试过：
https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)#macrosynteny-getting-fancy

[13476018526]

唐老师好，就是我尝试使用下面这行代码更换微共线的参考时（当然示例中建议是最好是单一参考），all.blocks中的新加的第三列值都是NA，这可能于更换了参考有关，宏观的共线性是可以更换参考的，但是微共线绘制的时候，对于哪些细节值得注意，帮助完成更换参考的操作呢
python -m jcvi.formats.base join AU9XY.sunup.i1.blocks sunup.chrx.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > all.blocks