Чтобы успешно сделать docker-compose up необходимо создать файл .env и заполнить его часть связанную с настройками DB(см .env.example). Затем необходимо выполнить вручную миграции
docker-compose exec nodejs npx sequelize db:migrate
Если настройки были указаны верно, можно увидеть работу приложения по адресу localhost(127.0.0.1).
При разворачивании проекта из Git после клонирования выполнить npm i. Создать MYSQL базу под проект. Создать и внести настройки в файл .env. Выполнить миграции:
npx sequelize db:migrate
После проект можно запустить npm start в режиме разработки или npm run production в продакшн.