Skip to content

Meeting notes

Jump to bottom
Halfdan Rydbeck edited this page Oct 10, 2024 · 9 revisions

2024_10_XX (inte vecka 43, kanske 45, kolla höstlov)

2024_10_10

Närvarande: Halfdan, Jenny, Paula, Olivia, Mårten

Örebro: Fortsätter med frontend/backend.

Linköping:

  1. Undersöker hierarkisk klustring (efter förslag från Lund). Enterobase implementation är bra start

  2. Lägger till postnummer i JASEN (eller får någon i JASEN-teamet att göra det)

  3. Testa implementering (när MIMOSA är på GMS-git, nästa vecka - mail/slack)

2024_09_18

Meeting Örebro, Linköping, Lund

  • How Mimosa can access clustering distances

The plan for Mimosa is to build a cluster tree that grows with submitted samples? Newly submitted samples are positioned in the clustertree. It is not realistic to cluster too many samples. A similarity cutoff could be specified. If samples are identical/very similar and outbreak warning is indicated.

The clustering will be indicative and needs validation with more accurate clustering possibly with Bonsai.

Agnostic approach?

  • Mimosa access Bonsai API

Access Bonsai API through http://ip-adress:8001/docs.

Bonsai använder Grapetree för att visualisera clustring

An issue is that Bonsai will not store any clustering information. A set of samples can be provide to the custer API for clustering. A cluster tree in Newick formmat wil be returned.

  • Add clustering functionality to Jasen?

Could possibly use Jasen output directly

Can still use Bonsai for quality check. Can add comments that can later be accessed by API.

Hierarcical clustering, nomenclatur??

Entrobase hieracical clustering, funkar isåfall bara för cgmlst data

Gjorde Public Health England för 5 år sedan med snp data. Skapa mumericclustre(?). Är adressen identisk så är det inga skillnader. Sträng med integers som man kan filtrera på.

https://enterobase.warwick.ac.uk/

Add clustergroup in Jasen ?

Hierarkisk clustering är på väg in i Jasen. Inom ett halvår kan Hierrkisk klustring vara på plats

  • Linköping kolla på
    • Kolla Jasen repot och se hur det är upplagt
    • Nextflow DSL2 används
    • Kolla hur Enterobase gör klustring

2024_08_22

Meeting in Örebro

Att:Paula, Jenny, Olivia, Mårten, Halfdan (on zoom)

  • Status Bonsai Bonsai is running in Linköping now. Clustering not working (same in Örebro). Halfdan continues to liase with Lund to resolve clustering and the best practice to share data between Bonsai and MIMOSA.

  • Framtida "GMSprojekt" med MRSA och espla där all data kommer att skickas till NGP. Förbereda för detta i MIMOSA.

  • Olivia made a short demo of the front-end of MIMOSA.

  • Hur skapas alerten? Mailas ansvariga? Var sker detta? Direkt till feedback till den som laddar upp. Distansmått?

2024_06_20

Linköping: Setting up the link between JASEN and Bonsai. Markus/Lund noted that the LIMS-ID is missing, this may cause some problems. Bonsai merges LIMS-ID and sample ID to guarantee the uniqueness of this key. Halfdan will talk with Markus later today. Will ask about if/how Bonsai calculates closest samples automatically when new sample is added. Have created a real data test-set with samples from QCMD.

Örebro: Utökad anpassning för olika agens i front-end. Lagt på export-funktion.

Clone this wiki locally