Syfte

Vad som önskas av ett ett nationellt mikrobiellt övervakningssystem på NGPc

Vad är scopet på GMS project? Nationell smittspårning? Vad vill vi uppnå?

När prover lastas upp till NGP så skall de jämföras med den nationella databasen (cgMLST eller minHash). Jamförelsen skall kunna leda till automatisk fastställande av smittspridning. Dashbord som visar sannolikhet för smittspridning? Visa graden av klustring med något liknande minimum spanning trees eventuellt tillsammans med geografisk information.

NGPc möjligjör är att detta kan göras mellan regioner.

Halfdan: Jasen och Bonsai kan användas för att ta fram data på regional nivå. Frågan är på villket sätt som detta kan komplementeras med en slutlig komponent frö integration på nationell nivå och för sammankoppling md geografisk information.

Vilka begränsningar innebär det att köra systemet på NGP?

Hur skall folk/pieplinen få tillgång till data. Skall alla ha tillgång hela tiden. Skall folk få välja ett urval av prover.

Metadata av intresse

Index och indexeringspipelines används för att kunna spåra och söka metadata och designas för att, i dialog med kliniska arbetsutskott inom GMS huvudprojekt samt SciLifeLab DDLS PMD-DSN, kunna identifiera metadata av intresse för de föreslagna applikationerna

IVDR-relaterade frågeställningar

Versionskontrollerad IVDR dokumentation?

Nödvändiga steg för att säkerställa framtida utveckling

Vad är ett utbrott?

Vilket sätt att jämföra för att definiera outbreak

Hur skall det detekteras?

automatisk flaggning om två eller flera isolat är lika varandra inom och mellan regioner :

Användargränsnsitt?

Utveckla en dashboard (översikt direkt när man loggar in)

Fleranvändar miljö?

Ja, det skall det vara.

Installation miljö

NGPc

Existeradande mjukvaror

Förslag att börja med MRSA och sedan applicera på fler (bakteriella) agens.

JASEN

Bonsai

Bonsai har exporteringsfunktion till LIMS, kan modifieras för exprot till tex Microreact.

Microreact/Nextstrain mer till för överblick, hur ser trenden ut nu. Inte speciellt lämpade för utbrottsanalys.

Bonsai inriktat mot en typ av analys _ Resistens (prevention?) - smittspårning Miroreact annakt fokus, bra för att hantera stora mängder av data.

Microreact

Nextstrain

Pathfinder

??

Samarbete med Swedish Pathogens portal samt FOHM lyftes.

En vision från Per Fahlberg (från Slack)

om nu en massa data kommer in, med information om identifierade mikroorganismer i olika prover, samt har pipelines som kör på molnklustret som mappar fram sån information, så kan vi indexera den datan och skapa rapporter som man sedan kan se i portalerna. Då kan man få en överblick över ev utbrott och spridning

Kontrafråga Markus Johannsson

Så planen är att GMS övervakningssystem ska vara rapporter som dynamiskt genereras när ny data delas? Framför ett interaktivt system i stil med microreact?

Relation till Global smittspårning

Global smittspårning av cloner och likanade. Definiera.

Jasen: Beräkan core genome för sett med rpover. Dyker upp ny mutaiion så får det nytt ID. Nya samma mutationer kan skapa konflikt. Jaen funakr bra lokalt.På NGP med flera olika siter kan det blir problem. Eller inte.

referensdatabas kommer ligga fast på NGP:

Fortfarand problem att synka globalt. Anväanda samma allel nummer.

Kan inte räkna med att saker skall vara likt utanfr NGP.

Använd databasen.Fleranvändarsystem.