2020 07 01

GMS-NGP-bioinformatik

Antecknare: Jens Persson Werling

Protokoll

1. Dokument och mötesanteckningar laddas upp. Jens tar ansvar för att kicka igång Wikin på det repo där pipelinen utvecklas.

2. Unnamed microbial pipeline döps om till JASEN (Just Another Swedish Epitypification workflow in Nextflow) halv-officiellt tills vidare.

3. Beslut om vidare utveckling för pipelinen tas under zoom-möten där alla har chansen att yttra åsikter.

4. Frågan om visualisering av svar lyftes. För att kunna imponera på folk behövs något annat än en saftig .json. GENSAMs utveckling av frontend/platform möjliggör för att eventuellt köra pipelinen via denna. Utveckling kan komma påbörjas slutet av sommaren.

5. Något verktyg för uträkning av träd för cgMLST behövs mellan pipeline output och visualisering. Oklart kring hur resultat från multipla prov som analyseras av pipelinen ska sammanställas och sättas i relation till varandra. Oklart hur detta senare ska fungera inom tänka NGP-infrastrukturen. Idéer lyftes som t.ex. att låta HCI:n indexera alla resultat från pipelinen och plocka ut information som t.ex. cgMLST-typ, provursprung, datum-spann, etc. Denna information kan sedan användas för att plocka ut relevanta prov för vidare visualisering/analys.

6. Nästa möte 22a juli. Förhoppning om att kunna visa upp något imponerande.