2020 07 22

Agenda GMS-NGP-bioinformatik

Närvarande: Jonas Björkman, Isak Sylvin, Tanja Slotte, Olov Svartström, Jesper Werling, Sofia Stamouli, m.fl.

IS presenterade NextFlow skelettet presenterades som mer eller mindre klart
JW såg till att lägga upp relevant information på githubens wiki
SS har avslutat flera output->json skript
JB konfirmerade att han är på "standby" för att skapa en image av pipeline när sådan behövs. Listan av dependencies sköts i dagsläget genom conda, vilket förmedlades.
Visualiseringsverktyget JB föreslog finns inte tillgängligt tills vidare.

Gruppen klubbade igenom att namnet JASEN beslutades att vara namnet vi ger verktyget/pipelinen tills vidare.
Gruppen beslutade att resistensdatabasen resFinder kommer användas tills vidare. Beslut togs att val av resFinder/VFDB/CARD ska höjas till GMS gruppen.
Gruppen beslutade att cgMLST databasen från ridom ska användas tills vidare. Utöver detta togs även databasen från pubMLST upp, samt möjligheten att självgenerera databaser genom chewbccas senaste utveckling.
Intresse för att själva vara delaktiga i skapandet av en cgMLST databas gjordes tydligt, speciellt av JW. Även JB och IS instämmande. Punkten bordlagdes för att implementeras senare, gissningsvis i ett annat projekt.
Komplikationer kring val av tröskelvärden för SNP togs upp. Värden bör utgå från data, vilket är bristfälligt.
Tekniska replikat bör kunna identiferas genom GMS data (6x20), som bör ha 0 varians.
Gällande att identifiera prover med biologisk bakgrund anmälde JB att han skulle djupdykt efter ett svar tom nästa möte.
Tills vidare kommer MultiQC och godtyckligt relevant verktyg (e.g. NextStrain) användas för visualisering. Även förslag på att använda GrapeTree togs upp.

Tekniska problem med Projektplace. JB kommer titta på det och eventuellt återkomma med lösning.